中国孔庙保护协会于1995年9月，由山东曲阜、首都北京、浙江衢州、黑龙江哈尔滨、江苏苏州、四川德阳多家孔庙共同发起成立。
设立背景
孔庙，作为祭祀纪念先师孔子的重要场所，是历代崇孔尊儒的产物。是被历史物化了的儒家思想和传统文化，内涵深邃，积淀丰富。为了尊崇、祭祀的需要，孔子祠庙也随着孔子地位的提高和儒家学派的发展而增扩崇隆。
最早的孔庙是孔子故乡的曲阜孔庙，始建于公元前478年，经历代扩建形成雄伟壮观的规模，占地面积14万平方米，东西三路布局，前后九进院落，有殿阁厅堂门坊一百余座，成为孔庙之祖庭。至唐贞观二年（628）孔子被尊为“先圣”，四年（630）诏全国各州县学校皆建孔子庙。于是，孔子庙遍及全国各地，并且远涉东南亚等地。
有资料显示，世界各地孔庙多达2000余座，国内约1600余座；目前保存较好的约300余座，分属于各级文物保护单位，形成一个独具文化特色的孔庙群体。孔庙、文庙建筑，根据它祭祀纪念的功能的不断发展和完善，形成了一套完整的礼仪制度，与我国其他的宗庙、祀堂、宗教等祭奠祈拜等古建筑类型相比较有着不同的特点。最为突出的是它的文化教育内涵。
孔庙、文庙作为中国主要传统文化的载体，独具特色的建筑艺术风格，丰富的文化内涵和保存众多的文化艺术真品的所在，其延展的思想渗透到了人类文化的各个领域。
理事成员
顾问：孔德懋 马希桂
名誉会长：张柏 孔祥林 陈传平
会长：孔德平（曲阜市文物旅游局党组书记、局长）
秘书长：李超英（北京孔庙和国子监博物馆副馆长）
副秘书长：王明暲（四川省富顺县文物保护管理所所长）
张晓旭（苏州碑刻博物馆副馆长）
李智（北京雅德国际孔子文化传播中心主任）
孔德铭（曲阜市文物旅游局家谱中心主任）
楚鲁鹏（曲阜市文物旅游局办公室主任）
团体会员
副会长单位：
南京夫子庙（南京夫子庙秦淮风光带管理局）
番禹学宫 （广州农讲所纪念馆）
平遥学宫 （平遥县学宫博物院）
杭州孔庙 （杭州市文物保护管理所）
组织章程
第一章 总 则
第一条：本协会名称：中国孔庙保护协会
（英文：Confucius Temple Protection Association of China 缩写： CTPAC ）
第二条：本协会的性质是由中国各地孔庙（文庙）、书院以及孔庙配祀人物之庙宇、纪念馆的管理机构和管理者自愿联合组成的非营利的行业性、学术性的社会组织。
第三条：本协会宗旨是：高举
邓小平理论伟大旗帜，在中国共产党的领导下，遵守宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚，保护、研究、开发利用孔庙及其它儒家纪念建筑，弘扬民族优秀传统文化，为社会主义两个文明建设服务。
第四条：协会自觉接受国家文物局和国家民政部的业务指导和监督管理。
第五条：协会驻址：山东省曲阜市孔庙，秘书处：北京孔庙。
第二章 业务范围
第六条：协会的业务范围：
（一）认真宣传贯彻执行《文物保护法》，协助各级政府做好文物保护工作；
（二）开展各种专题调研、向有关部门提供文物保护意见和建议；
（三）组织会员单位开展保护修复、陈列展览、宣传讲解等学术和业务研讨活动；交流工作经验；
（四）协调各单位间的文化和业务交流，举办流动展览；
（五）接待世界各地前来拜谒和瞻仰孔子或进行儒学研究考察的团体和个人；
（六）与世界各地孔庙及儒学组织建立联系，发展友谊，加强交流；
（七）进行其他有助于孔庙及儒家纪念建筑保护、发展的事业。
第三章 会 员
第七条：协会会员包括团体（单位）会员和个人会员。
第八条：团体会员
（一）团体会员资格：全国各地孔庙（文庙）、书院以及孔庙配祀人物的专祀庙宇、纪念馆等管理机构；
（二）拥护本协会章程；
（三）有加入本协会的意愿；
（四）能履行会员义务。
第九条：团体会员入会程序：
（一）向协会提交入会申请，填写中国孔庙保护协会调查表和入会申请表；
（二）经常务理事会讨论批准；
（三）由协会授权机构（秘书处）发给会员证。
第十条：团体会员享有以下权利：
（一）本协会的选举权、被选举权和表决权；
（二）参加协会活动；
（三）获得本协会服务的优先权；
（四）对协会工作的批评建议权和监督权；
（五）会员单位的负责人为本会理事，并随会员单位人事变更而变更；
（六）入会自愿，退会自由，会员有退出协会的权利。
第十一条：团体会员履行下列义务：
（一）执行协会的决议；
（二）维护协会的合法权益；
（三）完成协会交办的工作；
（四）按规定交纳会费；
（五）向协会提出信息资料，反映情况等。
第十二条：个人会员入会
（一）个人会员资格：从事孔庙保护管理的工作人员；热心孔庙保护工作并做出积极贡献的各界人士；
（二）拥护本会章程；
（三）有加入本协会的意愿；
（四）在孔庙保护管理工作或业务研究中有一定影响。
第十三条：个人会员入会程序
（一）个人提出入会申请；
（二）经二位以上会员推荐（包括团体会员）；
（三）经常务理事会批准；
（四）经理事会通过；
（五）由协会授权机构（秘书处）颁发会员证书。
第十四条：个人会员享有下列权利
（一）享有本协会的选举权、被选举权和表决权；
（二）参加协会活动；
（三）获得本协会服务的优先权；
（四）对协会工作的批评建议权和监督权。
第十五条：个人会员履行下列义务
（一）执行协会的决议；
（二）维护协会的合法权益；
（三）完成协会交办的工作；
（四）按规定交纳会费；
（五）向协会提出信息资料，反映情况等。
第十六条：团体会员、个人会员退会应书面向协会申请，并交回会员证。
第十七条：没有特殊原因，团体会员、个人会员1年内不交会员费或不参加本协会活动视为自动退会；副会长以上团体会员单位应主动承担协会发展职责，如本年度无会员单位承办年会，应由副会长以上会员单位轮流承办，对无故一年内不参加协会相关活动的，取消副会长单位职格。
第十八条：团体会员、个人会员如有严重违反本章程的行为，经常务理事会决定，理事会通过，予以除名或勒令退会。
第四章 组织机构和负责人产生、罢免
第十九条：本协会的最高权利机构是会员代表大会，会员代表大会的职权是：
（一）制定和修改章程；
（二）选举和罢免理事；
（三）审议理事会的工作报告和财务报告；
（四）决定终止事宜；
（五）审议经费决算；
（六）决定其他重大事宜。
第二十条：会员大会（或会员代表大会）须有2/3以上的会员（或会员代表）出席方能召开，其决议须经到会会员（或会员代表）半数以上表决通过方能生效。
第二十一条：会员大会（或会员代表大会）每届3年（会员大会或会员代表大会每届最长不超过5年）。因特殊情况需提前或延期换届的，须由理事会表决通过，报业务主管单位审查并经社团登记管理机关批准同意。但延期换届最长不超过1年。
第二十二条：理事会是会员大会（或会员代表大会）的执行机构，在闭会期间本协会开展日常工作，对会员大会（或会员代表大会）负责。
理事：1、凡会员孔庙的法人代表均为理事。2、因工作调动，不再是孔庙法人代表，仍热心关心孔庙保护工作，可以保留理事职务。3、对孔庙有研究的社会各界人士，向协会提出申请经审批可以任理事。
第二十三条：理事会的职权是：
（一）执行会员大会（或会员代表大会）的决议；
（二）选举和罢免会长、副会长、秘书长；
（三）筹备召开会员大会（或会员代表大会）；
（四）向会员大会（或会员代表大会）报告工作和财务状况；
（五）决定会员的吸收或除名；
（六）决定设立办事机构、分支机构、代表机构和实体机构；
（七）决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；
（八）领导本协会各机构开展工作；
（九）制定内部管理制度；
（十）需理事会决定的其它事项。
第二十四条：理事会须有2/3以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事2/3以上表决方能生效。
第二十五条：理事会每年至少召开一次会议；情况特殊的，也可以提前或推迟。
第二十六条：协会设立常务理事会（理事人数较多时，可设立常务理事会）。常务理事会由理事会选举产生，在理事会闭会期间行使第十八条与第二十三条第一、三、五、六、七、八、九项的职权，对理事会负责（常务理事人数不超过理事人数的1/3）。
常务理事：为便于工作，原则上每省设一常务理事，由保护管理工作业绩突出的会员孔庙法人代表担任。
第二十七条：常务理事会须有2/3以上常务理事出席方能召开，其决议须经到会常务理事2/3以上表决通过方能生效。
第二十八条：常务理事会至少半年召开一次会议；情况特殊的也可采用通讯形式召开。
第二十九条：名誉会长、顾问、会长（会长单位法人代表担任）、副会长（副会长单位法人代表担任，原则上按大区设置）、秘书长必须具备下列条件：
（一）坚持党的路线、方针、政策，政治素质好；
（二）在本业务领域内有较大影响；
（三）会长、副会长、秘书长最高年龄不超过70周岁，秘书长为专职（特殊情况可兼职）；
（四）身体健康，能坚持正常工作；
（五）未受过剥夺政治权利的刑事处罚；
（六）具有完全民事行为能力；
（七）在孔庙保护管理工作中有突出贡献，具有较强研究能力，在国内外具有一定影响。
第三十条：协会会长、副会长、秘书长如超过最高任职年龄的，须经理事会表决通过，报业务主管单位审查并社团登记管理机关批准同意后，方可继续任职。
第三十一条：会长、副会长、秘书长任期三年。会长、副会长、秘书长任期最长不得超过两届，因特殊情况需延长任期的，须经会员大会（或会员代表大会）2/3以上会员（或会员代表）表决通过，报业务主管单位审查并经社团登记管理机关批准同意后方可任职。
第三十二条：本协会法定代表人不兼任其他协会的法定代表人。
第三十三条：会长行使下列职权：
（一）召集和主持理事会（或常务理事会）；
（二）检查会员大会（或会员代表大会）、理事会（或常务理事会）决议的落实情况；
（三）代表协会签署有关重要文件；
（四）终决协会本身其它事项。
第三十四条：秘书长行使下列职权：
（一）主持办事机构开展日常工作，组织实施年度工作计划；
（二）协调各分支机构、代表机构、实体机构开展工作；
（三）提名副秘书长以及各办事机构、分支机构、代表机构和实体机构主要负责人，交理事会或常务理事会决定；
（四）决定办事机构、代表机构、实体机构专职工作人员的聘用；
（五）处理其他日常事务。
第五章 资产管理、使用原则
第三十五条：本协会经费来源：
（一）会费；
（二）捐赠；
（三）政府资助；
（四）在核准的业务范围内开展活动或服务的收入；
（五）利息；
（六）其他合法收入。
第三十六条：本协会按照国家有关规定收取会员会费。
第三十七条：本协会经费必须用于本章程规定的业务范围和事业的发展，不得挪作它用。
第三十八条：本协会建立严格的
财务管理制度，保证会计资料合法、真实、准确、完整。
第三十九条：本协会配备具有专业资格的会计人员。会计不得兼任出纳，会计人员必须进行会计核算，实行会计监督。会计人员调动工作或离职时，必须与接管人员办清交接手续。
第四十条：本协会的资产管理必须执行国家规定的
财务管理制度，接受会员大会（或会员代表大会）和财政部门的监督。资产来源属于国家拨款或者社会捐赠、资助的，必须接受审计机关的监督，并将有关情况以适当方式向社会公布。
第四十一条：本协会换届或更换法定代表人之前必须接受社团登记管理机关和业务主管单位组织的财务审计。
第四十二条：本协会的资产，任何单位、个人不得侵占、私分和私用。
第四十三条：本协会专职工作人员的工资和保险、福利待遇，参照国家对事业单位的有关规定执行。
第六章 章程的修改程序
第四十四条：对本协会章程的修改，须经理事会表决通过后报会员大会（或会员代表大会）审议通过。
第四十五条：本协会修改的章程，须在会员大会（或会员代表大会）通过后15日内，经业务主管单位审查同意，并报社团登记管理机关核准后生效。
第七章 终止程序及终止后的财产处理
第四十六条：本协会完成宗旨或自行解散或由于分立、合并等原因需要注销的，由理事会或常务理事会提出终止动议。
第四十七条：本协会终止动议须经会员大会（或会员代表大会）表决通过，并报业务主管单位审查同意。
第四十八条：本协会终止前，须在业务主管单位及有关机关指导下成立清算组织，清理债权债务，处理善后事宜。清算期间，不开展清算以外的活动。
第四十九条：本协会经社团登记管理机关办理注销登记手续后即终止。
第五十条：本协会终止后的剩余财产，在业务主管单位和社团登记管理机关的监督下，按照国家有关规定，用于发展与本协会宗旨相关的事业。
第八章 附 则
第五十一条：本章程的解释权属本协会的理事会。
第五十二条：本章程自社团登记管理机关核准之日起生效。
所获荣誉
2023年11月30日，民政部发布2023年全国性社会组织评估等级公告，中国孔庙保护协会被评为4A级全国性社会团体。