中国科学院大学药学院为
中国科学院大学二级学院之一，是经2013年3月28日中国科学院大学第六次校长办公会审议通过并发文批复，于2014年1月16日正式揭牌成立的首批国科大专业学院（校发字〔2013〕55 号）。学院承担中国科学院大学药学和中药学学科建设任务和研究生教育培养职能。
学院率领国科大其他四个药学学位点（昆明植物所、成都生物所、广州生物院和新疆理化所）共同参与药学和中药学学科和学位点建设及评估工作。在教育部组织的第四轮学科评估和药学合格性评估，以及国科大组织的专业学位合格三项评估中评估结果分别为：A+、优秀和A。
2018年来，国科大药学院深入实施教育部“科教结合协同育人行动计划”，先后与国内11所高校（
复旦大学、
上海大学、
中国药科大学、
南京中医药大学、
上海科技大学、
南昌大学、
中国科学技术大学、
江西中医药大学、
安徽中医药大学、
沈阳药科大学、
遵义医科大学）签订战略合作协议，共建科教联盟，共享科教资源。