中国食品发酵工业研究院创建于1955年2月，1999年7月由原国家轻工业部直属事业单位转制为国有大型科技型企业，2002年进入中国轻工集团公司，成为国务院国资委管理的中央企业二级单位。是北京市科委认定的高新技术企业，是科学技术部、国务院国资委和中华全国总工会认定的“国家第三批创新型试点企业”；是国家级“国际科技合作基地”，是北京市科委认定的北京市科技研究开发机构、北京市“食品生物技术国际科技合作基地”。

1954年，成立轻工业部上海工业试验所、食品工业部上海科学研究所。

1955年，在北京成立第一轻工业部发酵工业科学研究所。

1960年，轻工业部食品工业科学研究所中的食品室与轻工业部发酵工业科学研究所合并，在北京成立轻工业部食品发酵工业科学研究所。

1969年底，轻工业部食品发酵工业科学研究所奉命江西搬迁江西，更名为“轻工业部食品发酵工业科学研究所、江西食品发酵工业科学研究所”。

1979年，国务院批准迁回北京，恢复轻工业部食品发酵工业科学研究所。

1986年7月，经国务院学位委员会批准成为第三批硕士学位授予单位。

1995年，根据中央机构编制委员会办公室1995年1月19日《关于中国轻工总会所属事业单位机构编制的批复》，单位更名为中国食品发酵工业研究所。

1999年7月，根据科学技术部《关于印发国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构转制方案的通知》，该所转为中央直属大型科技企业。

2002年，进入中国轻工集团公司，成为国务院国资委管理的中央企业二级单位。

2003年4月，被北京市科委认定为北京市科技研发机构。

2013年，研究院迁入新落成的研发总部基地——北京朝阳区酒仙桥中路。

2024年11月17日上午，中国食品发酵工业研究院与四川美宁食品有限公司共建联合研究院揭牌仪式在四川遂宁举行。

据2017年8月研究院官网显示，研究院设有9个研究发展部，开设传统食品代谢机理实验室、稳定同位素食品分析实验室、分子生物学评价实验室、电子仿生评价和功能性评价等专业实验室；拥有2个独资子公司、1个控股子公司。

研究发展部：食品工程研究发展部、发酵工程研究发展部、传统发酵（酿酒）工程研究发展部、食品安全研究发展部、标准信息研究发展部、功能肽产业化研究发展部、国际合作与贸易部、特殊医用配方食品合作研究开发中心、技术产品服务部

独资子公司：北京东光兴业科技发展有限公司、北京食发科贸有限公司、发酵行业生产力促进中心

控股子公司：广东中食营科生物科技有限公司

根据2016年12月研究院官网显示，中国食品发酵工业研究院有职工631人，其中博士36人、硕士94人、本科180人、高级职称28人、副高级职称101人。

学术带头人：蔡木易、张五九、宋全厚、程池

据2017年8月研究院官网显示，研究院是国家工信部消费品司、青海省科技厅和福建晋江市政府等国家和地方政府部门的技术支撑单位，与国家风险评估中心建立战略合作关系，成为贵州茅台、江苏洋河和珠江啤酒3家上市公司的发起人股东，参与福建雪津啤酒、上海金枫酒业等企业的股份制改造和股权投资。

围绕食品生物技术和食品质量安全领域，研究院开展了国际科技合作，与日本东京大学、千叶大学、美国哈佛大学医学院、澳大利亚阿德莱德大学、德国柏林酿造学院、慕尼黑工业大学、捷克布拉格化学工程学院、罗马尼亚加拉茨大学和欧盟经济研究署等国际知名大学和研究机构建立了合作研究伙伴关系。

2023年3月15日，在第二十六届中国国际食品添加剂和配料展览会上，帝斯曼与中国食品发酵工业研究院达成战略合作。双方将共建“营养健康原料标准化联合研究中心”。

据2017年8月研究院官网显示，研究院拥有6个国家级平台、1个国家级研究中心、1个工信部示范中心、1个北京市工程技术研究中心。

国家级平台：研究院拥有国家食品质量监督检验中心、国家轻工业食品质量监督检测中心、全国食品与发酵工业信息中心、中国工业微生物菌种保藏管理中心、全国食品发酵标准化中心、国际培训中心

国家级研究中心：中德发酵酒品质与安全联合研究中心

工信部示范中心：食品生产企业质量安全检测技术示范中心

北京市工程技术研究中心：北京市蛋白功能肽工程技术研究开发中心

据2017年8月研究院官网显示，研究院承担了国家高技术研究发展计划（863计划），国家 “十五”攻关计划项目，国家“十一五”支撑计划项目，国家科技基础平台项目，国家科技部社会公益类项目，国家科技部国际合作项目；国家科技部科研院所技术 研究开发专项资金项目，北京市科委国际合作项目；国家商务部援培训班、国家商务部中小企业市场开拓资金批准立项目等；承担制定国家标准，行业标准的任务， 承担国家质检总局、国家工商总局、国家食药局下达的任务，国家认监委项目等。取得了800余项国家项目和部项目重工业要科研成果，其中56项获国家级奖励，123项获部级奖励，获得专利30余项；累计完成国家标准350余项，行业标准260余项，军标20项。

据2017年8月研究院官网显示，研究院拥有流式细胞仪、稳定同位素比质谱仪、离子色谱仪、氨基酸分析仪、生物安全柜、高通量测序仪、生物大分子分析仪、电子鼻、电子舌、台式扫描电镜、质构仪、差示扫描卡路里仪、台式控温型水分活度仪、快速粘度分析仪、凝胶成像系统、多功能读板机、高效液相色谱、蒸汽灭菌锅等先进的食品加工、分析检测、分子生物学评价和电子仿生评价（智能感官分析）等大型仪器设备。

《食品与发酵工业》

《食品与发酵工业》创刊于1970年，多次获得国家和部级奖；是全国中文重点核心期刊、国家优秀科技期刊，2002年获评“百种中国杰出学术期刊”称号，2003年、2005年又分别获得第二届和第三届国家期刊奖。加入了中国期刊全文数据库（CNKI）、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中文科技期刊数据库（VIP），并与美国化学文摘（CA）、英国食品科技及工艺文摘（FAST）、RCCSE中国核心学术期刊、英国国际农业与生物科学研究中心CABI、毒理学中心（TOXICOLOGY CENTER）及日本、东欧十几个国家和地区的相关刊物建立了交换关系。

据2017年8月中国工业微生物菌种保藏管理中心官网显示，中心保藏各类工业微生物菌种资源11000余株，300000余份备份，主要包括：细菌、酵母菌、霉菌、丝状真菌、噬菌体和质粒，涉及食品发酵、生物化工、健康产业、产品质控和环境监测等领域，提供标准菌株、生产菌株和益生菌等资源，以及芽孢悬液、霉菌孢子悬液和质控微生物等菌种产品。

据2017年8月研究院官网显示，研究院拥有1个博士后工作站、1个一级学科硕士点、1个二级学科硕士点。学科点形成了工业微生物资源研究与利用、传统发酵食品微生物代谢及全生命周期控制技术的研究与应用、食品生物制造安全技术与质量科学标准化工程、现代生物技术在健康食品工程领域的应用及营养机制研究、功能食品及发酵食品的生物制备与健康应用评价五个学科方向。

博士后工作站：企业博士后工作站

一级学科硕士点：轻工技术与工程

二级学科硕士点：发酵工程

据2017年8月研究院官网显示，研究院实施博士引进和人才梯队建设计划，建立了博士科研基金、青年科学基金等。拥有正高级研究生导师12人，副高级导师2人，助理导师10余人。培养了100多名硕士研究生毕业参加工作。

研究院标识由其英文简称“IF”的艺术图案构成，外围是长方形的边框，边框左上角与右下角为圆弧。

企业使命：开发共性关键技术、推动产业升级、提供全面服务、奉献营养健康食品

经营理念：以人为本、科技领先、创新发展、服务一流

企业精神：诚信、专业、创新、奋进