伯克制度是中国清末以前新疆回部实行的官制，主要通行于维吾尔（回人及塔兰奇）、柯尔克孜、塔吉克等族地区。伯克原为回鹘官职，唐宋时已见于史籍。明清时期，西域天山南路的世俗官僚称为伯克。中亚一些城市的统治者也自称伯克。

“伯克”一词是突厥语音译，古代汉文献中译作“孛阔”、“孛可”、“别乞”、“别吉”等。其语源说法不一，一说源于波斯语，一说汉语中的“匐”即是“伯克”的异音。古代维吾尔族中，“伯克”这一称号一直被沿用，系世袭地方官吏或头人们的通称。清代以前，伯克“惟序坐次以相统属，无服色崇卑之别。亦无贡赋、养廉额数，均视其所辖回民之多寡贫富，恣意索取，不知抚恤。”大小和卓统治回部期间，“凡所需粟、布、牲畜以及力役，不论人丁地亩，任意摊派。司事之大小伯克、酋目、阿浑（阿訇）等，上行下效，苛派侵渔，回民仍不免逃避流离。”

在平定大小和卓的过程中，清廷开始任命各城伯克，以鄂对为阿克苏的阿奇木伯克、霍集斯为和阗阿奇木伯克，给三品顶戴。乾隆二十四年（1759年）闰六月，乾隆皇帝下谕酌议回部官制：

舒赫德等奏称：“阿克苏系回部大城，村庄甚多。旧系伯克密喇卜等管理。今虽不必准以内地官制，而品级职掌，宜为厘定，庶足以辨等威而昭守信”等语。所奏甚是。著照所请，以阿奇木伯克为三品，伊沙噶伯克为四品，噶匝纳齐伯克为五品。将应升人员，奏请补授。其小伯克密喇卜等，为六七品，俟缺出拣选补授。其余各城俱一体办理。……此等回人，虽承办公事有官职大小之殊，皆系朕之臣仆。将来如阿奇木等大伯克，或令其轮班入觐，酌给官俸。其小伯克等，或所定租赋内，通融支给亦可。”

从此，伯克制度便在除哈密、吐鲁番以外的南疆维吾尔地区普遍确立、沿袭，遂形成清代在新疆的一种官吏制度。据《西域图志》、《西域见闻录》和《回疆志》等记载，这一时期南疆各维吾尔地区所设伯克名目达35种之多，并仿内地官吏分别厘以三品至七品不等的品级。最高者为阿奇木伯克，大都由哈密、吐鲁番王族及先前归附清军的有功伯克担任，分别管理当地城乡大小事务，设立公署，并设伊什罕伯克以佐之。其下复设各种伯克分任田赋、租税、水利、匠役（手工业）、商务、军事、交通、宗教等诸务，各有专司。其中，管理伊斯兰教务者达5种，即哈孜伯克（教法官，总管一切刑名事务）、茂特色布伯克（教习经典、整饬教务、领导礼拜）、帕察沙布伯克（按教法监督刑罚的法官之一）、拉雅哈孜伯克（办理穆斯林财产词讼事务）和斯帕哈孜伯克（办理民事纠纷）。各城的伯克初无固定名额，视城市大小和事务繁简而定其额。其任免升调，规定三品至五品的伯克，由本城大臣提名报送喀什噶尔参赞大臣复审，奏报军机处审批；六、七品伯克，年终汇奏参赞大臣补放。大小伯克在任期内，可根据自己的品级、职掌，领得养廉地亩和称作“燕齐”的种地奴仆。如三品伯克拨付200帕特玛（一帕特玛约合四石五斗）籽种地，种地奴仆100名；四品伯克拨付150帕特玛籽种地，奴仆50名，五品伯克拨付100帕特玛籽种地，奴仆30名；六品伯克拨付50帕特玛籽种地，奴仆15名，七品伯克拨付30帕特玛籽种地，奴仆8名。

在天山以北的伊犁，清廷也任命了伯克管理维吾尔移民塔兰奇事务。

另外，对有军功者则可豁免一切田赋与差徭。伯克们对维吾尔族群众的剥削压迫十分残酷，多次激起农民的武装反抗。

光绪十年（1884年），新疆改建行省，清朝政府废止了维吾尔地区的伯克制度，废除了伯克制，代之以州县制，仅保留级别较高的阿奇木伯克、伊沙噶伯克头衔。被裁撤的伯克充当了汉地“乡绅”的角色，有人仍在州、县衙门做书吏等差事。

清代新疆的各级伯克官职有三十余种，品级为三品到七品，员额共270人左右。其中阿奇木伯克、伊沙噶伯克、商伯克、哈子伯克、密喇布伯克、明伯克在各大城普遍设置，员额占伯克总数的七成左右。在地域上，人口密集的喀什噶尔、叶尔羌、和阗所置伯克最多，而拜、赛喇木等小城仅设伯克六人。