元世祖至元十三年（1276年），
阆州升格为保宁府，下辖阆中、
南部、
苍溪、
西水、
奉国、
新井、
新政七县，府治阆中。至元二十年（1283年），奉国并入苍溪，西水、新井、新政并入南部。
明太祖洪武六年（1373年），
剑州划入保宁府，剑州下辖
梓潼。洪武九年（1376年），剑州并入
阆中，
广元州、
巴县、
通江、梓潼划入保宁府，广元州下辖
昭化。洪武十年（1377年），
苍溪、
南部并入阆中，昭化并入广元州。洪武十三年（1380年），复置苍溪、南部、剑州，梓潼再次划入剑州，广元州复置绵谷、昭化，昭化划入保宁府。洪武二十二年（1389年），广元州降为县，绵谷并入
广元。
明武宗正德九年（1514年），巴县升格为州，通江再次划入巴州。正德十一年（1516年），从巴州分置
南江，仍隶巴州。保宁府下辖阆中、南部、苍溪、广元、昭化、剑州、梓潼、巴州、通江、南江二州八县，其中剑州下辖梓潼，巴州下辖通江、南江。
中华民国二年（1913年），临时大总统袁世凯颁布《划一现行各省地方行政官厅组织令》、《划一现行各道地方行政官厅组织令》、《划一现行各县行政官厅组织令》和《省官制》、《道官制》、《县官制》，将府、州、厅全部改县，保宁府被废。
元世祖至元十三年（1276年）至至元二十年（1283年），辖阆中、
南部、
苍溪、
西水、
奉国、
新井、
新政七县。
明太祖洪武六年（1373年）至洪武九年（1376年），辖阆中、
南部、
苍溪、剑州、梓潼一州四县。
明太祖洪武九年（1376年）至洪武十年（1377年），辖阆中、
南部、
苍溪、梓潼、广元州、昭化、巴县、通江一州七县。
明太祖洪武十年（1377年）至洪武十三年（1380年），辖阆中、梓潼、广元州、巴县、通江一州四县。
明太祖洪武十三年（1380年）至洪武二十二年（1389年），辖阆中、
南部、
苍溪、
剑州、梓潼、广元州、绵谷、昭化、巴县、通江二州八县。