兼性寄生菌（Facultative parasite）是真菌的一种，是以腐生为主要营养方式，同时也可寄生的种类，一般情况下真菌在生活中所需要的有机物质都依赖于自然界的其他生物。从死有机体中吸取养料的真菌叫做腐生菌。能侵害活的有机体、而不能生活在死有机体上的真菌叫做绝对寄生菌。但寄生和腐生并不是绝对的，在一定条件下，一些真菌既能侵害活有机体又能生活在死有机体上，这种真菌就叫做兼性寄生菌。

以腐生为主要营养方式，同时也可寄生的种类为兼性寄生菌。如蜜环菌，在自然界，蜜环菌腐生于枯木上，在腐生条件下完全可以完成其生活史。同时，又可寄生于兰科植物天麻。由于蜜环菌与天麻的互利生存关系，也可以将其收入共生菌类。

兼性寄生菌的繁殖方式包括无性生殖、有性生殖和准性生殖。无性生殖是指不经过两性细胞的结合便产生新的个体。生殖方法有：

无性生殖在兼性寄生菌的繁衍和传播上起重要作用。有性生殖有游动配子配合、配子囊接触交配、配子囊交配、性孢子配合和体细胞配合等形式。有的兼性寄生菌在质配后立即进行核配。

已知兼性寄生菌很多种类都是重要的食用菌，例如灵芝、茯苓、蜜环菌等等。

兼性寄生菌也能造成农作物疾病，根部真菌大多为兼性寄生菌，常见的有腐霉菌、疫霉菌、座坚壳菌、蜜环菌、茄丝核菌、镰孢菌、齐整小丝核菌等。

例如荔枝斑点病、大豆镰刀菌根腐病、香龙血树尖枯病、白兰花盾壳霉叶斑病、葡萄房枯病、葡萄穗轴褐枯病、苹果树腐烂病、葡萄自腐病、苹果树腐烂病等其致病菌都是兼性寄生菌。

还有家蚕的真菌病原大多为兼性寄生菌，具有寄生和腐生的能力。其中寄生适应性较强的依次有白僵菌、绿僵菌（莱氏野村菌）、粉拟青霉、黑僵菌（金龟子绿僵菌）和曲霉菌等。