准种的概念最初是在研究地球上早期生命进化时针对相关而不同的核酸克隆而提出的。后来在研究噬菌体Qβ的RNA时发现，所谓的“野生型“Qβ噬菌体仅占15%，其余85%均是不同的变异株，而且在体外复制的Qβ噬菌体变异株RNA也具有异质性。由此将准种的概念引入病毒学。RNA病毒基因组的突变率，是每个复制周期、每个位点有10-3～10-5个核苷酸替换。在宿主的选择压力作用下，将产生许多突变株，其中有一个或几个占优势的突变株，叫做病毒的准种。

1971年Manfred Eigen在研究大分子进化模型时第1次提出病毒准种的概念。随着遗传学、生化学、免疫学等埘病毒研究的不断深入，尤其是对RNA病毒的变异率、基因重组、免疫逃避等的深入了解，准种的概念逐渐完善。日前，病毒学家公认的病毒准种概念如下：

病毒准种是受遗传变异、竞争及选择作用影响的高度相关但不完全相同的变异株和重组基因组组成的动态种群。这一概念强调准种遗传学上既高度相关又不完全相同，且准种处于不断变化之中，影响准种变化的因素主要是遗传变异、竞争性生长及选择作用。选择作用是准种进化的主要动力，这里体现了准种概念与达尔文进化论的结合。

准种被定义为一个种群内各变异体围绕着一个或几个优势序列的均衡分布。病毒是复杂的、动态分布的，是一致的顺序、自我连续的整体，类似于集中在原有的序列上的一朵云，这个云就是准种。植物病毒的准种是由一个优势基因型和一系列占很小比例的相关变异体组成。准种中的各种序列变异类型的组成和比例都是一些可能的生物学和进化功能的暗示。在进化过程中，准种中比例很小的序列类型在特定选择压力下也可能变为主要序列变异类型。因此保持一个大的准种变异水平可以使病毒在选择压力下，变成有选择性优势的病毒类型。

最常用于植物病毒准种遗传结构特征分析的方法是将适应于某一特定寄主的病毒在不同寄主或不同抗性水平或类型的品种上分别连续传递，由于寄主适应性或瓶颈效应的改变导致了病毒准种遗传结构的变化。如植物寄主种类的改变或经昆虫介体连续传播后会导致柑橘速衰病毒、玉米线条病毒、葡萄扇叶病毒及小麦线条花叶病毒准种遗传结构的变化。

植物病毒所具有的准种结构是作物品种抗性丧失的主要原因之一。如将MSV通过摩擦接种连续传递到抗性品种上后，会得到一个致病力较强的分离物，可能是病毒准种在耐病的环境中，新的突变有较强的适应能力。这种在同一分离物内不同致病型的序列变异类型共存的现象已在甜菜曲顶病毒及李痘病毒中被报道过。

Schneider和Roossinck首先对植物病毒的准种变异特征进行了系统研究。将烟草花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)和豇豆退绿斑驳病毒(CCMV)这3种具有共同进化联系的病毒侵染同种寄主植物后分别分析其准种变异水平，结果发现这3种病毒准种变异水平与其寄主范围是相对应的。这表明病毒的准种特征具有重要的进化暗示，如黄瓜花叶病毒准种的高度多样性可以使其较易地适应新的选择压力进入新的生境，造成更大的危害。这说明，病毒的准种变异水平是由病毒与寄主互作控制的。

(一)克隆法

1、克隆+RFLP：将病毒的某一段基因序列进行PCR扩增，然后进行T载体克隆，尽可能获得较多的克隆，对克隆质粒可以进行限制性内切酶列酶切，得到不同长度的DNA片段即限制性片段长度多态性(RFLP)，不同的准种有不同的RFLP图谱。解放军302医院研究HBVS基因的准种情况，设计S基因的特异引物，扩增获得1400bp的DNA片段，将这一DNA片段克隆到T载体中，获得了近30个克隆，以EcoRI/XhoI进行酶切，结果发现每一例病人中至少5种以上的RFLP表现形式，即5种以上的准种存在。

2、克隆+序列分析：将病毒的某一段基因序列进行PCR扩增，然后进行T载体克隆，尽可能获得较多的克隆，对克隆质粒可以进行序列分析，直接得到DNA的核苷酸序列。

(二)单链构像多态性分析(sscp)

应用非对称PCP，获得单股DNA，然后分析单股DNA在非变性凝胶中的电泳速度。在特定条件下，DNA片段的电泳速度由其构像所决定。病毒基因组的每一变异导致结构的改变，因此在电泳时各变异株的电泳速度不同，可在凝胶上出现不同的条带，每一个条带代表一个准种。此法相对简单，能测出群体中大于5%的准种。日本学者Entomoto首先用此法研究HCV的准种，己成为分析HCV准种的最主要的手段之一。

(三)异源双链凝胶转移分析法

其方法是：PCR特异扩增目的序列，制备探针并标记，探针与同源序列杂交做参照，探针与异源序列杂交作电泳分析，最后放射自显影观察结果。

(四)温度梯度凝胶电泳法：

HCVRNA经RT—PCR扩增后获得其DNA链，其间可形成杂合子，此种杂合子又称异种复制子，它是一个由野毒株序列和一个或二个变异株序列所组成，这些杂交子含有错配子。由于错配导致杂交子的稳定性下降，因此在温度梯度凝胶电泳时，杂交子在特定的位点融化。不同的变异株在RT—PCR过程中形成不同的杂交子，而不同的杂交子的稳定性各不相同，从而导致各变异株不同的电泳特点。

尽管HBV属于DNA病毒，但HBV复制过程中存在RNA复制中间子，HBVDNA多聚酶具有逆转录酶的活性而缺乏校正功能，使HBVRNA中间体逆转录为DNA的过程中出现错配，导致HBV准种的产生。发现HBVS，C，X及S基因均可发生核苷酸错配，因此HBV准种复杂而繁多。S基因的突变可以导致HBsAg抗原决定蔟发生改变，出现HBsAg阴性的HBV感染，或出现截短性HbsAg，这种截短性HBsAg具有反式激活功能。HBVC基因的突变导致HBeAg的缺失，或HBcAg的产生不完整，这些都导致HBV的清除障碍，造成HBV的持续感染，可能是乙型肝炎慢性化的原因之一。HBVX基因的表达产物是HBX蛋白，该蛋白具反式激活作用，与HBV致肝细胞癌密切相关。HBX基因同样有准种存在。刘妍等的研究显示两例HBV感染者的7个克隆中有5个克隆出现缺失突变，7个克隆均存在点突变。进一步研究显HBX基因的缺失突变(8-20bp)者其反式激活作用降低，但在HBV致病作用的影响如何仍不清楚。HBVP基因准种的存在可能影响DNA多聚酶的活性，也可能影响药物的疗效，拉米夫定治疗后部分患者出现YMDD变异，影响拉米夫定的效果就是一个典型的例子。

1、HBV基因的准种研究发现了HBV基因存在各种不同类型的基因突变，包括缺失突变，插入突变，碱基颠换突变等，这些突变存在HBV各种不同的基因中，对HBV的发病机制有了更深入的了解。

2、HBV基因准种的研究有利于对HBV全序列的重新认识。GenBank收录的HBV全序列有200多株，但这些都是分段克隆的，然后根据重叠部分的序列，人工拼接完成HBVDNA的核苷酸全序列。由于HBV准种的存在，这些拼接完成HBVDNA的核苷酸全序列可能来自不同的准种，因此可能在自然界并不存在。要想得到这种自然界存在的HBVDNA全序列，只有通过设计特异性引物，做长距离的PCR扩增，一次性获得全长的HBVDNA，这才是自然界存在的HBVDNA序列。

3、HBV基因准种的研究有助于研究和了解HBVDNA形成的原因及与临床表现和转归之间的相互关系。机体的免疫压力及抗病毒药物的选择压力在HBV准种形成过程中的地位和作用，HBVDNA准种的形成与急性HBV感染的慢性化，慢性HBV感染的临床转归之间的关系等。

4、HBV准种的研究对于HBV防治研究的未来将产生不可估量的影响。HBV准种的变化以及某些准种在某些特定人群成为优势种群会给HBV的防治带来严重影响，以往的检测手段不再有效，献血员的筛选不再有效，输血的安全性受到威胁；根据HBV流行株构建的基因疫苗的免疫预防的覆盖率将会渐渐缩小，免疫预防不再保护大部分易感人群；抗病毒治疗有效药物的筛选的结果使抗药病毒株成为优势种群，常规的抗病毒药物不再有效，那时HBV的防治将更加困难。因此必须加紧对HBV准种的研究。

HCV准种的研究已涉及HCV基因的各个区，连最保守的5’NC也发现有准种存在。

1、5’NC区：Martell等研究肝移植患者移植前后HCV的准种变化，发现此区尽管保守，但移植前后皆呈准种分布，移植后准种数量下降。由于此区是HCV的复制起点，含有内源性核糖体进入位点（1RES），此区的变异是激活还是抑制HCV的复制值得进一步研究。

2、C区：Kurosald等用SSCP分析C区也呈准种分布。在HCV慢性感染者，准种数目及变异度皆不断变化。ALT高者变化更明显。Hayashi等研究HCV慢性者C区变化时发现肝功能正常组C区变异较低且多为同义突变，而肝功能异常组则变异率高，推测C区变异与肝功能异常关系密切。Christie等研究发现，C区能引起人体细胞免疫反应，存在细胞毒性T细胞(CTL)的攻击表位，CTL之所以不能清除病毒，C区存在不同的准种现象可能是原因之一。

3、高变区(HVR)：HCV高变区包括HVR1和HVR2，位于包膜蛋白E2区。对HVR1区研究发现，此区有能诱导出中和抗体的表位，在体液免疫的强大压力下不断变异，逃避免疫监视。Shimizu等动态观察一慢性HCV感染患者14年，发现其感染后产生的杭体可中和当时的病毒，但5年后此抗体不再能中和变异病毒，血液中这种抗体渐渐消失，新的株特异性抗体出现。HVR1和HVR2可能是T细胞免疫攻击的主要靶抗原表位，该部位变异大，感染后极易发生免疫逃避，造成HCV持续感染。

4、NS5A区；Enomoto等报告在1b型HCVNS5A区有一个干扰素敏感性决定区(1SDR)，当该区发生变异时，可产生对于扰素敏感的变异株。

5、NS5B区：此区编码RNA多聚酶。Nelson等对40例患者进行研究，发现此区相对保守，75%的突变为同义突变，这些突变与RNA聚合酶的活性有无关系需要进一步研究。