分子动能（kinetic energy of molecules），物理学术语，是物体内部大量分子做无规则运动所具有的能量。

物体内部大量分子做无规则运动所具有的能量叫分子动能。

微观上主要影响分子动能的因素为有物体内部分子的数量，种类，运动速度；分别在宏观上对应物体的质量，种类，温度。据公式=（n为分子数量；m为单个分子质量；为分子运动速度）当物体的分子数量增加时，总动能便增加，其宏观上体现在，物质质量的增加；同理当单个分子质量变化时，分子动能也会变化，并与其成正比，在宏观上的体现就是物质种类的变化；当平均分子运动速度变化时，分子动能成平方倍变化，宏观上的温度就会随之变化。

注意，不能说宏观上的变化导致了分子动能的变化，而是说微观上的分子性质或运动速度的变化导致了分子动能的变化，并且导致了宏观上物体性质的变化。

分子动能就是一物体的内能的一部分（分子受到的力，四种基本力：弱核力、电磁力、引力、强力。）；动能主要是指一物体因受到外力影响产生运动 而具有的能，所以从这方面来看，他们的区别就在于受的力不同。他们的不同还有一个是微观的，一个是宏观的，动能包括分子动能，他们是属于层次的关系。

物体中分子热运动的速率大小不一，所以各个分子的动能也有大有小，而且在不断改变。在热现象的研究中，我们关心的是组成系统的大量分子整体表现出来的热学性质，因而重要的不是系统中某个分子的动能大小，而是所有分子动能的平均值。这个平均值叫做分子热运动的平均动能。

物质的温度是它的分子热运动的平均动能的标志。

对于不同种分子，即使在相同温度下，平均动能也不一定相同，还与分子的自由度有关。