北京市疾病预防控制中心，于2000年6月正式组成的市级卫生事业单位。总部位于东城区地坛公园北侧，占地面积2.2万平方米，建筑面积4.3万平方米。

承担全市传染病、慢性非传染性疾病、地方病、学生常见病、公共卫生突发事件应急处理、消毒及病媒生物防制、食品、化妆品、涉水产品、一次性卫生用品等与健康密切相关的生活用品的卫生学检测评价及卫生毒理学测试、劳动卫生和职业病防治、射线防护、从业人员健康体检、建设项目预防性卫生学评价、健康教育等预防医学领域各项工作。

承担预防医学各学科的科学研究；承担全市卫生防病信息的统计、分析。与首都医科大学共建公共卫生与家庭医学学院，承担预防医学各专业的本科教学工作。北京市预防医学会、首都预防医学杂志、北京市艾滋病检测中心、北京性病艾滋病防治协会等机构也设在中心。

已成为国家实验室认可委员会认证的检测实验室；卫生部、市卫生局认定的保健食品、化妆品、涉水产品、消毒产品、食品添加剂、化学品毒性鉴定(甲级)检测机构、建设项目职业病危害评价（甲级）单位；农业部认定的农药登记卫生杀虫剂药效试验单位；质量技术监督局首批向社会公告的室内空气质量检测单位；联合国全球监测系统放射性核素监测站；世界卫生组织流感病毒监测项目在北京地区设立的实验室以及国家疾病预防控制中心认证的北京市艾滋病确认实验室，是向社会提供公正数据的第三方检测机构。检测水平和检测质量得到社会各界的好评与公认。

党委书记：宋卫萍

主任：王全意

纪委书记：王勇

副主任：张小霞、庞星火、贺晓新、刘晓峰、佟颖、于建平、杨鹏

现有大型仪器设备800余台，价值7000余万元；实验室用房6480平方米；专业技术人员400余人，其中高、中级人员占总数的61.8%，博士、硕士70多人。

北京市疾病预防控制中心、北京市预防医学研究中心成立以来，在市委、市政府、市公共卫生工委、市卫生局的正确领导和社会各方面的大力支持下，认真贯彻“三个代表”的重要思想，继往开来，与时俱进，已初步建立起集疾病预防与控制、检测检验与评价、应用研究与指导、技术管理与服务、健康教育与促进为一体的疾病预防控制体系，各项工作出现了生机勃勃的发展势头。

北京疾控中心迁建项目项目位于宋庄镇双埠头村，总建筑面积约为12.45万平方米，包括综合业务楼、全球健康中心、微生物检测服务楼等9个单体。

项目主要增加了实验用房等核心功能用房面积，健康教育体验中心、菌毒种库、应急物资储备库等业务、保障用房面积，以及按公共设施配建指标增加了人防、车位面积。

2022年10月16日消息，北京市疾控中心迁址新建，全市各级疾控机构仪器设备配备总体达标率均高于国家标准。

2023年1月5日，市疾控中心新址建设项目宣布开工建设，将于2025年7月完工，预计2025年底投用。

2023年6月8日上午，通州区建设工程“安全生产月”启动仪式在北京疾控中心迁建项目施工现场举行。

2021年1月12日，北京市疾控中心发布《网约车出租车运营期间疫情防控管理规范》。《规范》明确，网约车出租车如不遵守疫情防控要求，必要时将采取熔断机制及相关处罚措施。

2020年9月8日，被评为全国抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2020年12月，被评为“全国科普工作先进集体”。

2021年3月15日，被北京市委办公厅、北京市人民政府办公厅授予“北京市扶贫协作先进集体”称号。

2021年4月1日，被首都绿化委员会办公室和北京市人力资源和社会保障局评为“2020年度首都全民义务植树先进单位”。

2021年6月，北京市疾病预防控制中心党委被中共中央授予“全国先进基层党组织”称号。

2021年10月，被表彰为“第六届全国专业技术人才先进集体”称号。

2022年4月，入选北京冬奥会、冬残奥会突出贡献集体表彰名单。

2022年4月，荣获2022年首都劳动奖状。

2022年4月，拟表彰为“北京冬奥会、冬残奥会北京市先进集体”。

2022年4月，入选北京2022年冬奥会、冬残奥会北京市先进集体名单。