根据1985年《中共中央关于科学技术体制改革的决定》精神，北京市于1990年10月30日设立了北京市自然科学基金（以下简称市基金）。其宗旨是根据北京市科技、经济和社会发展的需要，加强和发展相应的基础性研究，发现和培养人才，以促进北京市科学技术进步，持续不断地支持首都经济和社会发展。

北京市自然科学基金设立20年来，依托首都良好的社会经济条件，在北京市科委、市财政局等政府部门的大力支持以及首都广大科技人员的倾心相助下，致力于发展首都的基础性研究，致力于在基础性研究的层面上为首都的建设和发展服务，致力于人才培养和队伍建设，致力于为基础性研究营造良好的环境和氛围，致力于弘扬科学基金制的精神、形成自身的优势和特色。在力求提高资助项目的研究水平和为首都服务的水平上，开拓创新，进行了积极的探索和实践。建立了自由申请平等竞争制度、同行专家评审民主裁决制度、回避制度与保密制度、项目管理制度等，制定了一系列基金管理办法，对项目执行过程进行监督与规范，建立了项目基金、自然科学专著出版基金、对外合作交流活动基金、会长基金的项目资助体系。经过四届北京市自然科学基金委员会的不懈努力，北京市自然科学基金与科技部、国家自然科学基金委员会、北京市教育委员会等管理部门建立了密切的联系，基金的作用和管理水平不断得到提高，影响逐步扩大。

20年来，北京市自然科学基金共受理基金申请项目33338项，资助申请项目3459项，资助经费总额34931.95万元。作为首都科技创新体系的重要组成部分，北京市自然科学基金得到了北京市政府的大力支持，基金规模从成立之初的150万元发展到2010年的5000万元。北京市自然科学基金在开展有限目标引导下的基础性研究，进一步引导中央机构在京科技优势为首都的建设和发展服务，促进中央单位与市属单位的合作，努力提高本市基础性研究的创新能力和学术水平，营造良好的学术氛围，培养和造就一批优秀青年科技人才等方面发挥了越来越重要的作用，成为基金规模较大、资助强度最高，具有较大影响力的地方科学基金之一。