北京食品科学研究院2011年2月17日正式挂牌成立，北京食品科学研究院由二商集团下属中国肉类食品研究中心、
北京市食品研究所、北京市食品酿造研究所三家研究机构通过战略重组而成。
北京食品科学研究院将研究开发部、检测部、环境工程部作为运营主体，以
中国食品杂志社、培训部、产业部为依托，开展食品科学基础及应用研究、产品开发、食品检测、环境工程评价及国内外
食品科技人员培训等方面的工作，是国内首家集科研、检测、培训、环保、成果转化、期刊出版为一体的综合性食品科研机构。研究院以打造“国内领先，国际知名”科研基地为目标，对内立足二商、服务二商，促进集团产品结构调整、产业升级，为集团由资源投入驱动型发展模式向科技创新驱动型发展模式转变，实现由“二商制造”向“二商智造”转变；对外面向社会、服务政府，设
博士后科研工作站、
国家肉类加工工程技术研究中心、
国家肉类食品质量监督检验中心、北京市食品质量监督检测二站、三站、国家农产品加工技术研发体系畜产品加工专业委员会、国家肉类加工技术研发分中心、国家大豆加工技术研发分中心、亚太地区肉类科技培训中心、中国菌种保藏委员会工业微生物中心站酿造分站、中国调味品协会技术研究发展中心、建设项目环境影响评价中心等机构。
研究院的培训部，常年承担着亚太地区肉类科技培训中心管理工作，接受企业定向委托培训，同时每年承担数批“南南合作”项目国际培训任务，为国内外输送了大批食品行业技术人才。
北京食品科学研究院将以“领学术科研之先，创
食品科技之新”为崇高使命，为打造一个“国内领先、国际知名”科研基地的宏伟目标而不懈努力!
研究院以“提升民生品质，引领行业发展”为使命，主要承接国家科技计划、公益性行业科研专项等国内外政府专项资金支持项目、编制食品类标准，积极应对各类国家食品安全突发事件，多年来出色地完成了国家质检总局、国家工商总局等交给的各项任务，特别是北京奥运会、国庆六十周年期间以及历届国家大型政治会议期间的食品安全检测和特殊食品供应，为保障国家食品安全做出了突出贡献！在食品产业中具有较强的科技引领和带动作用。
研究院现有职工289人，其中享受国务院特殊津贴专家3人、教授级高工和高级职称占20%、中级职称占50%，硕士以上学历科研人员占90%。研究院特聘中国工程院院士李宁教授担任学术委员会主任，建立了遍及国内外食品及相关领域的顶尖专家顾问团队。多年以来承担国家及省部级重点攻关课题1000余项，取得重大科研成果1500余项，国家发明专利近500项，获得部市级以上重大科学技术奖300余项，先后向国内外企业提供技术服务万余项。
研究院主办发行了《食品科学》、《中国酿造》、《肉类研究》、《中国食品》和《天下美食》五种期刊，其中《食品科学》和《中国酿造》是中文核心期刊和
中国科技核心期刊，《食品科学》还是中国权威学术期刊、
百种中国杰出学术期刊、中国精品科技期刊、中国期刊方阵双效期刊和
国家自然科学基金资助重点学术期刊。