过去的辖区包含五岛群岛全部地区，在大合并中，下五岛地区的富江町、玉之浦町、三井乐町、岐宿町、奈留町与
福江市合并为
五岛市，上五岛地区的新鱼目町、上五岛町、有川町、奈良尾町、若松町5町合并为新上五岛町，因此南松浦郡仅辖
新上五岛町1町。在
令制国时期，属于
肥前国松浦郡的一部份。
1876年：
废藩置县后，经过多次整并，松浦郡成为
长崎县的一部份。
1878年：松浦郡被分割为
东松浦郡、
西松浦郡、
北松浦郡、南松浦郡四郡。
1889年04月01日：实施町村制，南松浦郡下辖：福江村、奥浦村、崎山村、本山村、大滨村、桦岛村、久贺岛村、富江村、玉之浦村、三井乐村、岐宿村、奈留岛村、若松村、日之岛村、青方村、滨之浦村、鱼目村、北鱼目村、有川村、奈良尾村。（20村）
1919年10月01日：福江村改制为福江町。（1町19村）
1922年09月01日：富江村改制为富江町。（2町18村）
1932年10月17日：有川村改制为有川町。（3町17村）
1933年11月03日：玉之浦村改制为玉之浦町。（4町16村）
1940年11月03日：三井乐村改制为三井乐町。（5町15村）
1941年04月01日 ：青方村改制为青方町。（6町14村） 1941年04月03日：岐宿村改制为岐宿町。（7町13村）
1943年12月08日：奈良尾村改制为奈良尾町。（8町12村）
1954年04月01日：福江町、奥浦村、崎山村、本山村、大滨村合并为
福江市，并脱离南松浦郡。（7町8村）
1956年06月01日：青方町和滨之浦村合并为上五岛町。（7町7村） 1956年09月25日：若松村和日之岛村合并为若松町。（8町5村） 1956年09月30日：鱼目村和北鱼目村合并为新鱼目町。（9町3村）
1957年03月31日：桦岛村被并入福江市。（9町2村） 1957年11月03日：奈留岛村改制并改名为奈留町。（10町1村） 1957年11月01日：久贺岛村被并入福江市。（11町）
2004年08月01日：（1町） 福江市、富江町、玉之浦町、三井乐町、岐宿町、奈留町合并为
五岛市。 有川町、上五岛町、若松町、新鱼目町、奈良尾町合并为
新上五岛町。