厦门事件，日本称“南清事件”，是1900年8月24日，日军以东本愿寺布教所发生火灾为借口，公然派兵登陆厦门的事件。

19世纪中叶，日本成为军国主义国家。日本利用《马关条约》霸占台湾后，随即以台湾为基地，展开“对岸经营”，以图南进福建之举。对日本而言，厦门已成为其“北守南进”政策的要地，以及日据“台湾总督府”控管福建的一个重要据点。明治30年代（1897—1906），日本人治台稍有余裕，为呼应国内南进之举，台湾总督府以台湾为基地，积极展开对对岸福建的侵略部署。日本在厦门所占的经济地位远不如英美德各国，因此只有采取军事手段，武力占领厦门。

从1900年6月上旬开始，日本以必要时保护侨民为借口，由常备舰队派遣“须磨”、“筑紫”两艘军舰，巡弋于包括澳门以北、舟山群岛以南地区的华南海域，兼防台澎沿海。6月7日，“须磨”号因华北有警备任务，改派“和泉”号防护巡洋舰来到中国，与“筑紫”号一道，以厦门港为母港，巡弋华南海域。6月23日，日本海军大臣训令两舰：一艘应尽可能碇泊于厦门，另一舰可伺机泊于厦门、澎湖岛或与台湾通电方便的地点。此时，由于当地风传3000日本兵将由台湾来到厦门，使厦门形势顿时有些混乱。

6月23日，清政府厦门当局召开驻厦各国领事会议，宣布“厦门现下虽未发生任何事态，但为预防万一，必须采取充分防卫措施，保护外国人等”，并告知“清政府也向厦门派遣了一艘炮艇（已进了港口），并将大量的步枪、弹药、粮食等卸存陆地；与此同时还增加了守备兵力……进行炮台的防御准备等。为防万一事态发生以及防止人心骚乱……希望停止外国军舰进港。”但置若罔闻的日军，又于8月1日增派火力强大的“高千穗”号巡洋舰到厦门作为主力战舰，训令舰长武井久成指挥其他两舰，并令“和泉”号停泊厦门港。

义和团运动波及到华南的福建省后，山县有朋内阁认为这是把福建地区置于势力范围之内，实行南进政策的好机会。8月10日，日本内阁会议秘密决定出兵厦门。在日本政府内，由陆军大臣桂太郎、海军大臣山本权兵卫强力支持，得以秘密进行占领厦门计划书。这份计划书，即由台湾总督儿玉源太郎和后藤新平负责策划，其后日军一系列行动，均按儿玉总督的指示行事。山本权兵卫根据8月10日阁议的决定，向“和泉”、“高千穗”两舰舰长发出了训电。

日本内阁攻占厦门的决定终于获得天皇的敕许。8月23日，陆军大臣桂太郎向台湾总督儿玉源太郎发出了准备向厦门派遣台湾驻屯兵的命令。自此，攻占厦门的阴谋，日本内阁与台湾总督府之间已协调一致。随后，海军大臣马上指派海军上校广濑胜比古前往厦门，协调攻占厦门各部的军事行动。广濑胜比古在前往厦门途中奉命转道台湾，向总督儿玉详细告知内阁的意见，“其主旨即为督促厦门占领”。儿玉为其占领厦门后加强统治，派台湾民政长官后藤随同海军上校广濑前往厦门。

1900年8月24日凌晨1时，就在日方下达备战令后第二天，日本在厦门的东本愿寺布教所发生火灾。该寺是1896年由日僧水谷魁耀等租用山仔顶街一间民居改建的，全称“真宗大谷教本愿寺布教所”，其实是一间简陋的民房。中国地方官员及时率人将火扑灭，“仅焚去正厅三椽”。日本驻厦门领事馆接到火灾报告，未经调查即发表声明，称此事系中国义和团“拳匪”所为，是针对日本的破坏行为。以此为借口，待命于港口军舰上的海军陆战队约100人接到命令，马上登陆厦门岛，赶赴火灾现场。随后，“和泉”舰向驻鼓浪屿领事馆派出陆战队一个小队，加强保卫力量。25日，由“高千穗”舰派出海军陆战队一个小队强占厦门军事高地虎头山，架起两门快炮直指提督衙门，名曰“保护帝国臣民”，并声称将于28日4点开炮。26日，又派遣两个小队保护东亚书院。

厦门港要塞炮台所有大炮皆脱去炮衣，炮口分别直指鹭江日本军舰、鼓浪屿领事馆和虎头山日军炮兵阵地。而因“福建互保”停泊于厦港的清军主力战舰“海筹”、“海琛”和“玄凯”号等三艘军舰也生火起锚，炮口直指日军“高千穗”、“和泉”两舰（“筑紫”已调开厦门）。厦门道台延年一面致电福州汇报，一面向英美法等国领事求援。英美领事致函日本驻厦门领事上野专一，要求日本撤兵。但上野称“帝国臣民正濒危殆叵测，本领事即饬派水兵自行保护……兵回船之事，当俟时局稍定”。

这时，正在赶往厦门途中的后藤新平接到报告，立刻电令“高千穗”舰长：“海军的兵力即便一时足够占领厦门，却无法永久守住厦门。此时不管海军兵力多寡，向总督（指台湾总督）请求派遣陆军才是上策。”根据后藤的建议，8月27日下午，“高千穗”舰长与厦门领事上野联名电告台湾总督儿玉，请求派遣陆军增援。儿玉在收到电报第二天，将部分驻台守备军编组混成支队，并任命土屋光春统率各支队步兵二中队搭乘“宫岛丸”当日启航基隆，其余各队则预订于29日上午出发。

24日上午接到日本领事通告后，美国领事随即展开调查，得知着火处为日本僧侣租住当地的老房子，三天前还与中国房主发生过争执，在着火前一晚日本人也已经将财物转移走了。因此，领事们完全有理由相信起火不是偶然，也并非暴徒所为。得知日本从台湾派遣军队乘军舰开往厦门，又将派大部队增援的消息，英国反应强烈，担心日本坐大华南，影响其对长江流域这一势力范围的控制。于是，英国联合美、法两国公使向日本外相青木周藏发出抗议，指出义和团在厦门对“日侨并无任何粗暴的行动”，要求说明出兵厦门的理由。青木无言以对。进而日本驻福州领事丰岛舍松也紧急报告青木说：“美国领事会访本馆谓：厦门事件根本无土匪袭击之迹象，本愿寺起火时，国内外人民共赴救火亦亲眼目击当时情形，而日本却登陆海军，实令人不可思议。英国领事则说：日军登陆厦门岂非失策？此外法国与俄国领事也表示深不以为然。”

英美法的联合施压，特别是英美作为日本重要的财政援助国，使日本内阁不得不考虑行动的问题。随即山县有朋总理大臣在外交大臣官邸召开会议，与青木周藏外务、桂太郎陆军、山本海军各大臣，大山岩参谋总长协商应对危机之策。28日，由陆、海军大臣分别致电有关方面取消陆军出兵。

28日，后藤新平抵达厦门，并立即召集“和泉”、“高千穗”两舰舰长及上野领事召开紧急军事会议，拟定陆军部队到达后的行动计划。会议决定8月31日拂晓进攻厦门，并拟定于8月30日中午，向厦门提督杨岐珍发出最后通牒，限他于8月31日凌晨3时回复。会后，后藤将准备情况电告儿玉。

28日晚些时候，从东京发来电报，陆军大臣桂太郎向上野领事和儿玉转达陆军中止攻占厦门的行动。攻占厦门将被无限期延缓。根据儿玉秘书官的记录，儿玉“手拿电报，半晌没有出声，一副无限感慨的样子。身子一动不动，陷入沉思，不一会儿热泪终于夺眶而出”。而后藤也表示“慨叹慨叹”，“不忍缄默”，随即给日本中央发电，认为中央政府的动摇是受到美国领事们的干涉与歪曲事实，“使我帝国错失良机”，而“今后恐再无此等良机”。实际上，在日本国内，在野的元老伊藤博文闻悉日本已进军厦门，认为“将与英国发生祸端，如此日本须负破坏东西和平之责，且将陷于受列强指责之窘境”，极力反对。内阁本就左顾右盼、犹豫不决，外务大臣仅认为“帝国在厦军事行动并无任何障碍且占领该地符合帝国利益”，并无特别决心，在接获伊藤之反对意见后立即发生了变化。伊藤的怀柔论战胜了山县的强硬论，内阁被动摇了。日本驻中国各地的领事（包括福州领事）对厦门事件也多持反对意见，主张同各国一致行动，说服中央不可鲁莽。

西方列强也决定以武力逼迫日本退兵。29日，英国”伊西思“号巡洋舰进入厦门港；30日午后，该舰陆战队约60名于厦门登陆。30日，德舰也进入厦门港。31日，美国”卡斯蒂勒“号舰进入厦门港。尔后，法、俄等国军舰也相继到来，很快地改变了局势。30日晚，日方首先将驻守厦门东亚书院的陆战队分队撤到领事馆并撤回军舰。翌日，儿玉和后藤逼迫内阁重新开战不成，命令日军将架于虎头山的大炮搬回军舰。

日本政府“厦门占领计划”最终在中外势力压迫下以失败告终。但为了面子，日本政府“索令清廷偿赔之数事：第一、道台之处分；第二、损害之赔偿；第三、令出将来警戒之告交；第四、正定租界”。9月6日，清廷做出《厦门事件赔款之决定》，表面对日本政府所提“四条皆诺之”，但实际上除了兑现“松本书记生，日吉警部得偿回慰问银一千五百弗（一弗约华银一元），其他日本人被伤者，赔还八百七十弗”外，其他“三件尚未能遽了”。而划定租界之事以“尚有细则甚多，明年来春议决”；“官吏免黜”以“日本新任公到任后再”处理等推托。

9月7日，在厦门岛上的日本海军陆战队同英国海军陆战队一道同时撤回军舰。中国方面随即在市区配置官兵，并派兵保护各国领事馆。后藤新平和上野专一也先后离开厦门。9月9日，增派的日军全部撤离厦门。在列强的调停下，福建地方官同日本领事一起开展了对纵火事件的调查，由中国方面逮捕了11名无赖下狱，厦门道台延年就此事给日本领事送达了一份谢罪书。

厦门东本愿寺分教堂的纵火案，实际上是日本阴谋策划攻占厦门的导火索。梁华璜于《成功大学历史系历史学报》刊载的《台湾总督府和厦门事件》、尾崎秀真载于《台湾时报》昭和12年（1937年）10月号的《台湾四十年史话》中，根据台湾总督府属下“台湾史料编纂委员会”提供的线索，都认为乃该寺僧侣高松誓和日本浪人千叶久之助二人所为。

登陆计划终止后，日本政府立即召回了驻厦门领事上野，大有中央将责任推给下面的趋势，上野被视为此次事件的“替罪羊”；台湾总督儿玉源太郎也顺势以“误解”中央训令为由请求辞职。然而不久，上野又归任原职，并长期主管厦门领事事务。儿玉的辞职也多次被内阁驳回，最终还由天皇下达了“不允将军之辞意”的指示。

由于日本占领厦门的军事谋略的挫败，引起明治皇室成员近卫笃麿公爵和其组织“国民同盟会”的强烈不满。9月24日，“国民同盟会”发出宣言“举国一致解决满洲问题”。尔后，随着事态的发展，山县有朋内阁于1900年9月26日倒台。

日本撤兵后，闽浙总督特派洋务局长杨文鼎前往英、美两国领事馆表达谢意。为了让当地官员不要与其他国家太过亲近，撤兵后的日本政府不仅派福州领事拜会闽督、将军、布政使等人，屡屡重申日本“并无他意”，还特派驻墨西哥公使室田赶往福建，辅助领事处理好善后事宜。

此后，为防止再次出现某国企图独占鼓浪屿事件，美国领事巴詹声主张将鼓浪屿划为各国的公共租界，得到其他国家领事的支持。1901年，清政府采纳了他的提议，与驻鼓浪屿各国领事多次谈判磋商后，于1902年1月10日签署《厦门鼓浪屿公共地界章程》和《厦门鼓浪屿公共地界规例》两份文件。厦门正式成为万国公共租界。鼓浪屿西角的燕尾山炮台也随之被剥夺海防要塞的作用，工部局将炮台“军转民”，改为“鼓浪屿信号所”，大炮改为“号炮”。