太康七年（286年），司马歆的父亲扶风武王
司马骏去世，他的兄长
司马畅继承扶风王的爵位（后改封为顺阳王），司马畅请求朝廷分割他封国的土地给司马歆。太康十年（289年）十一月，晋武帝下诏封司马歆为新野县公，食邑一千八百户，礼仪与县王相同。司马歆虽然少年富贵，却能自身谨慎履行道义。他的母亲太妃臧氏去世时，服丧超过礼制，因孝而闻名。后官拜
散骑常侍。
永宁元年（301年）正月，赵王
司马伦篡位，任命司马歆为
南中郎将。三月，齐王
司马冏发动义兵讨伐司马伦，在各州郡传送
檄文，司马歆不知该听从谁。司马歆所宠幸的王绥说：“赵王司马伦亲近而强大，齐王司马冏疏远而弱小，公应追随赵王司马伦。”参军孙洵对众人大声说：“赵王司马伦凶虐叛逆，天下应当共同讨伐他，大义灭亲，是古代圣明的法则。”司马歆认同孙洵的说法，于是派孙洵去见司马冏，司马冏迎上去拉着孙洵的手说：“使我能成就大的节操的，是新野公司马歆。”司马冏进入洛阳，司马歆亲披甲胄，率领部下为司马冏作向导。司马歆因为有功，被晋封为新野郡王，食邑两万户。升任
使持节、都督荆州诸军事、镇南大将军、开府仪同三司。
司马歆将赴任所，与司马冏同车去拜谒陵墓，趁机劝司马同说：“成都王
司马颖是至亲，共同建立大功勋，如今应留下他参与辅佐朝政。如果不行，应当剥夺他的兵权。”司马冏不听从。
太安元年（302年）十二月，河间王
司马颙向晋惠帝上表，说司马冏欲伺机篡权，心中无君，与司马歆、司马颖、范阳王
司马虓会集洛阳，请求晋惠帝废黜司马冏，使之归还府第。同年，长沙王
司马乂攻杀司马冏，司马歆恐惧，主动与司马颖结交。
司马歆治政严厉苛刻，各少数民族都很怨恨。
太安二年（303年）五月，
义阳蛮人
张昌在江夏举兵反叛，司马歆上表朝廷请求讨伐张昌。当时司马乂执政，与司马颖有矛盾，怀疑司马歆与司马颖合谋，便不让司马歆出兵讨伐张昌，张昌的人马日益强盛。当时
孙洵担任
从事中郎，对司马歆说：“古人有言，一天姑息养奸，能造成几代人的忧患。公担负着王室藩篱屏障的重任，处在辅佐朝廷的重要位置上，上呈表章就行动，有什么不可以！而使奸邪凶虐滋长蔓延，灾祸难于预测，这难道能叫作支撑王室镇抚中原吗！”司马歆将要出兵，王绥又说：“张昌这一类小贼寇，偏将裨将就足以制服他们，用不着违反皇帝命令，亲临战场！”司马歆于是收兵。张昌攻打
樊城，司马歆出兵抵御他，军队溃败，被张昌杀害。朝廷追赠他为骠骑将军，谥号庄王。
房玄龄等《晋书》：①“歆虽少贵，而谨身履道。”；②“居丧过礼，以孝闻。”；③“歆为政严刻，蛮夷并怨。”
侄子：司马劭，司马歆兄长之子，因司马歆无子，故以司马劭作为司马歆的继承人，袭封新野王的爵位。永嘉末，被
汉赵将领
石勒所杀。