根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发〈吉林省机构改革方案〉的通知》（厅字〔2018〕106号）， 吉林省水利厅（以下简称省水利厅）是
吉林省政府组成部门，为正厅级。
主要职责
（一）负责保障水资源的合理开发利用。拟订全省水利战略规划和政策，起草有关地方性法规规章草案，组织编制全省水资源战略规划、江河湖泊流域综合规划、防洪规划等重大水利规划。
（二）负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹和保障。组织实施最严格水资源管理制度，实施水资源的统一监督管理，拟订全省水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。负责重要江河、区域以及重大调水工程的水资源调度。组织实施取水许可、水资源论证和防洪论证制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水利行业供水和乡镇供水工作。
（三）按规定制定水利工程建设有关制度并组织实施，负责提出水利固定资产投资规模、方向、具体安排建议并组织指导实施，按规定权限审批、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，提出水利资金安排建议并负责项目实施的监督管理。
（四）指导水资源保护工作。组织编制并实施
水资源保护规划。指导饮用水水源保护有关工作，指导地下水开发利用和地下水资源管理保护。组织指导
地下水超采区综合治理。
（五）负责节约用水工作。组织节约用水政策的贯彻落实，组织编制节约用水规划并监督实施，组织制定有关标准。组织实施用水总量控制等管理制度，指导和推动节水型社会建设工作。
（六）指导水文工作。组织实施水文水资源监测，负责水文站网建设和管理。组织实施江河湖库和地下水监测。发布水文水资源信息、情报预报和水资源公报。按规定组织开展水资源、水能资源调查评价和水资源承载能力监测预警工作。
（七）指导水利设施、水域及其岸线的管理、保护与综合利用。组织指导水利基础设施网络建设。指导重要江河湖泊及河口的治理、开发和保护。指导河湖水生态保护与修复、河湖生态流量水量管理以及河湖水系连通工作。
（八）指导监督水利工程建设与运行管理。组织实施具有控制性的和跨市（州）的水利工程建设与运行管理。指导水利工程建设与运行管理，指导监督工程安全运行，组织工程验收有关工作，督促指导地方配套工程建设。
（九）负责水土保持工作。拟订
水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告。 负责建设项目水土保持监督管理工作，指导全省重点水土保持建设项目实施。
（十）指导农村水利工作。组织开展大中型灌排工程建设与改造。指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。协调牧区水利工作。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。指导农村水能资源开发、小水电改造和水电农村电气化工作。
（十一）指导水利工程移民管理工作。拟订水利工程移民有关政策并监督实施，组织实施水利工程移民安置验收、 监督评估等制度。指导监督水库移民后期扶持政策的实施。
（十二）负责重大涉水违法事件的查处，协调跨市（州）水事纠纷，经省政府授权仲裁跨市（州）水事纠纷，指导水政监察和水行政执法。指导水利建设市场的监督管理，组织实施水利工程建设的监督。
（十三）开展水利科技和外事工作。组织开展水利行业质量监督工作，拟订水利行业的技术标准、规程规范并监督实施。办理国际河流有关涉外事务。
（十四）负责落实综合防灾减灾规划相关要求，组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。承担水情旱情监测预警工作。组织编制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度及应急水量调度方案，按程序报批并组织实施。承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作。承担台风防御期间重要水工程调度工作。
（十五）承担水利行业领域的安全生产管理职责，指导督促企事业单位加强安全管理，依照有关法律、法规的规定履行安全生产监督管理职责，开展监管执法工作。
（十六）完成省委、省政府交办的其他任务。
（十七）职能转变。省水利厅应切实加强水资源合理利用、优化配置和节约保护。坚持节水优先，从增加供给转向更加重视需求管理，严格控制用水总量和提高用水效率。坚持保护优先，加强水资源、水域和水利工程的管理保护，维护河湖健康美丽。坚持统筹兼顾，保障合理用水需求和水资源的可持续利用，为经济社会发展提供水安全保障。
现任领导
内设机构
根据上述职责，省水利厅设12个内设机构：
（一）办公室（行政审批办公室）。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担政策调研、信息、保密、信访、政务公开、新闻发布工作。
根据国家有关水行政和渔业管理工作的方针、政策和法律、法规，负责水行政和渔业管理方面有关行政审批事项的受理和审批工作；负责组织协调行政审批事项的勘查、论证、审核等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；负责行政审批专用章的使用管理；负责行政审批事项的行政复议和行政应诉；负责法律、法规、规章规定应由水行政和渔业部门承担的其他行政审批事项。
（二）人事处。
负责机关和直属单位的人事、劳动工资和机构编制管理工作；负责教育培训和人才队伍建设。
（三）规划计划财务处。
拟订全省水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；负责水工程建设规划同意书制度的组织实施；审核全省水利项目建议书、可行性研究报告和初步设计；负责提出年度投资计划建议，负责水利投资计划下达和管理；负责国际河流防护工程项目管理；承担水利资金、省级国有资产的监督管理；组织协调省级水利部门预算和财务管理；承担协调水利价格工作；监督水利规费收缴并负责使用管理；负责厅机关财务工作；承担水利统计工作。
（四）水政水资源处。
拟订全省水利法制建设规划；组织起草水利（渔业）地方性法规和省政府规章草案，拟订相关政策；负责指导水政、渔政、水行政执法工作；指导全省水利行政许可工作并监督检查；协调处理和依法仲裁市（州）和部门间的水事纠纷；承办相关行政复议、行政应诉和普法教育；负责水资源管理、配置和保护；组织指导水资源调查、评价和监测；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用和水资源论证制度；组织指导跨地区的水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织指导计划取水工作；组织编制水资源保护、饮用水水源保护、城市供水水源规划；组织审定江河湖库纳污能力，提出限制排污总量意见；指导入河排污口设置与管理；指导城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发；组织指导地下水资源开发利用和城市规划区地下水资源管理保护；指导全省水文工作。
（五）建设与管理处。
指导全省水利（渔业）工程建设管理工作；监督省级重点工程及江河堤防、城市防洪、水库、水力发电工程等防洪工程（不含应急度汛、地方水电项目）的建设管理；负责水库日常运行的监督管理；拟订全省水库、湖库有关建设与管理相关制度和技术标准并监督实施；负责全省水利工程建设招标投标管理；指导全省水利工程建设的质量监督；监督管理全省水利建设市场；负责水利工程勘察设计、施工、监理、工程质量检测单位和招标代理机构的行业监督管理；指导水利工程建设项目及运行管理的执法监督。
（六）农村水利与水土保持处。
组织协调全省
农田水利基本建设；指导农村饮水安全、节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理；指导农村水利社会化服务体系建设；承担全省水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审核有关建设项目水土保持方案并监督实施。
（七）科学技术处。
拟订全省水利水产科学技术发展规划；组织重大水利、水产科研和推广工作；组织拟订全省水利行业技术质量标准和水利工程规程、规范并监督实施；承办水利行业对外经济、技术合作与交流；会同有关部门办理国际河流的涉外事务；组织指导全省水利信息化工作。
（八）吉林省渔业局（中华人民共和国吉林省渔政局）。
拟订全省渔业发展的政策、规划、计划并组织实施；指导渔业标准化生产和健康养殖；负责渔业水域生态环境和水生野生动植物保护；组织水产品质量安全的监督管理；指导水生动植物的防疫检疫和病害防控工作；负责渔业执法、监察和渔政队伍建设工作；组织、指导渔业基础设施建设与管理；指导水产技术推广和水产品加工流通；承办重大涉外渔事纠纷处理工作，协调处理重大渔事纠纷；承担水产综合统计，发布水产信息。承担渔船检验和渔政、渔港监督管理以及代表国家处理渔业涉外事务的职能。
（九）审计与稽察处。
组织实施水利内部审计监督制度；负责厅机关及直属单位的审计工作；负责全省水利投资使用和管理情况的审计和审计调查；负责监督水利建设和经济活动违纪违规问题的整改；组织实施全省水利工程建设项目稽察制度；负责对国家和省投资及参与投资的全省水利建设项目进行全过程稽察；对水利工程建设过程中违规、违纪事件进行调查、处理、处罚。
（十）安全监督管理处。
指导全省水利（渔业）行业安全生产工作；组织开展水利工程建设和水库、水电站等水利工程安全监督检查；负责调查处理并协调解决重大水利安全事故；履行法规规定的行政许可职责中涉及安全的有关事项。
（十一）节水处（省节约用水办公室）。
负责全省节约用水工作；拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准；组织指导用水定额的编制和管理工作；组织拟订年度用水计划并监督实施；组织实施建设项目节水设施“三同时”管理制度；指导节水器具的推广，监督节水设施的安装和使用；指导和推动节水型社会建设；承担吉林省节约用水办公室的具体工作。
（十二）老干部处。
负责机关离退休干部管理服务工作；指导直属单位的离退休干部工作。
机关党委。负责机关和在长直属单位的党群工作。
人员编制
省水利厅机关行政编制76名。其中：厅长1名、
副厅长3名，省政府防汛抗旱指挥部副总指挥1名（副厅长级）；处级领导职数29名（含总工程师、机关党委专职副书记各1名）。机关工勤人员事业编制7名。
直属单位
吉林省水库移民管理局
吉林省水文水资源局（吉林省水环境监测中心、吉林省中小河流水文监测系统建设管理中心）
吉林省农村水利建设管理局（吉林省水利规费中心、吉林省大安灌区管理局、吉林省节水灌溉工程项目信息系统建设管理中心）
吉林省水土保持局（吉林省水土保持监测总站）
吉林省水利工程质量监督中心站（吉林省水利建设与管理站）
吉林省地方水电局（吉林省地方水电培训中心）
吉林省水旱灾害防御中心
吉林省水利水电勘测设计研究院（吉林省水利水电规划院）
吉林省水利科学研究院（吉林省水利水电工程质量检测中心、吉林省灌溉试验中心站）
吉林省水土保持科学研究院（吉林省水土保持技术推广站）
吉林省沙河水库管理局
吉林省水利水电勘测设计审查总站（吉林省水资源监控能力建设管理中心）
吉林省水资源服务中心
吉林省水利厅重点项目建设管理办公室（吉林省中部城市引松供水工程建设管理局、吉林省西部地区河湖连通供水工程建设局）
吉林省水利宣传中心（吉林省水利信息中心）
吉林省河务局（吉林省松花江干流治理工程建设管理局）
吉林省水利厅机关服务中心
吉林省老龙口水库管理局
吉林水利电力职业学院
所获荣誉
2019年12月，吉林省水利厅农村水利水电处获得“全国水利系统先进集体”荣誉称号。
2020年1月7日，荣获2019年水利行业节水机关。
2020年12月，入选2019-2020年节约型公共机构示范单位名单。