周起元（1571年－1626年），字仲先，号绵贞，
福建海澄（今
福建厦门海沧后井村）人。
周起元（1571年～1626年），字仲先，号绵贞，福建
漳州府海澄县（今
福建省厦门市海沧区后井村）人。万历二十八年（1600年）乡试第一，翌年中进士。授
江西浮梁（今
景德镇市）知县。值豪强阴谋吞书院，起元执法，坚决抵制，终于保住书院。历知浮梁、南昌，以廉惠著称。
万历三十八年（1610年），周起元选授御史赴京待命，拟任湖广道御史。时值朝廷考核京官，这是关系官员升迁降黜的大事，是党争的焦点。御史
刘国缙怀疑
郑继芳的假信出自周起元、
李邦华、李炳恭、
徐缙芳、
徐良彦的手笔，于是称他们为“五鬼”，
郑继芳也被列入奏疏中。周起元愤怒了，上疏自我表白。滞留两年才得任命。
恰巧太仆少卿
徐兆魁因为攻击东林党人被
钱春弹劾，周起元也上疏弹劾他。奸诈小人刘世学这人，是诚意伯刘荩臣的堂祖父，上疏诋毁
顾宪成。周起元很气愤，极力驳斥他的荒谬。刘荩臣于是攻击周起元，更加诋毁顾宪成。周起元再次上疏极力辩论，他的同僚
翟凤翀、
余懋衡、
徐良彦、
魏云中、
李邦华、
王时熙、潘之祥也轮流逐条辩论。皇帝将要下令逮捕刘世学，刘世学于是逃走了。
万历四十一年（1613年），告假家居的原国子祭酒
方从哲，不经廷议由
中旨起官为吏值京周起元正察之际来京，无端被卷入党争旋涡，滞留两年才得任命。部左侍郎。依明制高级官员的任命，须经内阁大臣协议而后才由朝廷下旨。周起元以为
方从哲起官有违“祖训”，且其为人“性柔懦，不能任大事”，上疏反对。因此，得罪了联成一气支持
方从哲的齐、楚、浙诸党。同年七月，
吏部尚书赵焕按年例调御史孙振基、
王时熙、
魏云中为外官，均未经
都察院协议。周起元又参与上疏反对。结果获扣除薪俸之处分。
不久，周起元奉命巡按陕西，随即调为广西参议，分守右江道。周起元治粤西，遵循理学大师
周敦颐治南安、
陆九渊治荆门的办法，以“尊重德性”为上。时柳州灾荒，百姓纷纷聚众抢粮闹事，地方官以为盗贼蜂起，力主镇压。周起元采取安抚、赈灾的办法，终于平息了骚乱。因治粤西政绩，升迁为四川副使。尚未起任，辽阳被清兵攻破，前方告急，又改任通州参政。
天启三年（1623年），召入为太仆少卿。初，
刑部侍郎邹元标和左都御史
冯从吾创办首善书院，其目的是传播濂洛之学，改变士俗。周起元既回京，也时常造访书院。但由于书院传播道学，且时常指摘朝政，所以忌恨者也不少。时
兵科给事中朱童蒙便上疏请求禁止，并诋毁。周起元便起而上疏为书院辩解，为
邹元标抗争。由于书院得到人们的拥护和
邹元标正直的威望，
朱童蒙失败，被贬为苏松分守参政。
翌年，任
右佥都御史，巡抚苏松十府，是时大水泛滥，起元上疏请浚江河，但朝廷不许。时吴中税监李实素贪横，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”
前因攻击首善书院而外迁苏松为分守参政的
朱童蒙，恰也在周起元巡按域内。
朱童蒙离开京师更加骄横，“每行道辄鞭挞数十人，血肉狼藉”。又曾非法击毙漕卒，吴民恨之入骨。周起元得到吴民控诉，勃然大怒，说：“天子命我抚民察吏，可坐视此等虐吾民耶？”于是上疏弹劾。结果
朱童蒙投奔
魏忠贤门下，调回京师为太常寺卿，而周起元却削职为民。当周起元打点行装归里时，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。
天启六年（1626年）二月，魏忠贤欲杀
高攀龙、
周顺昌、
缪昌期、
黄尊素、李应升、
周宗建六人，取实空印疏，令其党
李永贞、
李朝钦诬起元为巡抚时乾没帑金十余万，日与攀龙辈往来讲学，因行居间。矫旨下令缉捕。缇使至漳州，士民大惊，又传闻退赃即可赎身，于是父老在四城门设了木柜，号召投钱。不数日钱满，士民如数交迄，缇使也为之感动。周起元被押解至京，落于都指挥佥事
许显纯之手。许“略晓文墨，性残酷”，
杨涟等十余人皆死其手。周起元身受严刑，屈打成招，同年九月，因肌肉糜烂致死。吴士民及其乡人无不垂涕者，后人称周起元、
高攀龙等七人为“后七君子”。
大型历史人文纪录片《
周起元》于2017年 4月 25日上午正式开拍。该片由海沧电视台、厦门文广影音有限公司、央视纪录国际传媒有限公司联合策划创作，讲述海沧海洋文明先驱周起元与海上丝绸之路的故事，于8月底在
央视纪录频道首播。