呼和浩特博物院，国家一级博物馆，该机构成立于2021年4月7日，将呼和浩特博物馆与将军衙署博物院合并后正式更名为呼和浩特博物院。

1989年，呼和浩特博物馆建馆。清·和硕恪靖公主府为其馆址。

2009年，呼和浩特博物馆评为国家二级博物馆。

2010年，内蒙古博物馆旧址划归呼和浩特博物馆。为白马馆址。

2021年4月7日，机构改革后，呼和浩特博物馆与将军衙署博物院合并后正式更名为呼和浩特博物院。

2023年2月16日，呼和浩特博物院正式合并组建，下辖呼和浩特博物馆、昭君博物院、将军衙署博物院、丰州故城博物馆、公主府博物馆、五塔寺博物馆。5月17日，联合发起成立内蒙古黄河流域博物馆馆际联盟。

2024年5月18日国际博物馆日，获评第五批国家一级博物馆。

截至2023年2月，呼和浩特博物院下辖六个馆区，分别为：呼和浩特博物馆、昭君博物院、将军衙署博物院、丰州故城博物馆、公主府博物馆、五塔寺博物馆。

呼和浩特博物馆前身为内蒙古博物馆旧址，位于新华大街44号，是呼和浩特市历史地标性建筑之一，建于1957年，是自治区级文物保护单位。占地面积12000平方米，建筑面积5400平方米，展览面积3650平米。2010年正式划归呼和浩特博物馆。

昭君博物院是由国家重点文物保护单位王昭君墓和匈奴历史博物馆、中国古代和亲文化馆等场馆纪念设施组成，是呼和浩特市集文物收藏、研究、展示、教育和游览于一体的专题性博物院，是全面展示“昭君出塞”佳话和昭君文化的特色博物馆，国家三级博物馆。

绥远城将军衙署是清代绥远城主体建筑之一,坐落于绥远城西街东端（今新城区新华大街31号），座北朝南，共有六进院，132间房屋。建于清乾隆二年（1737年）至四年（1739年）间。是第六批全国重点文物保护单位，国家AAA级旅游景区。2017年7月31日，经过文物本体保护工程、周边环境综合整治工程、文物展陈提升设计一体化工程的施工，重新对外开放。

丰州故城博物馆地处呼和浩特市东郊，在丰州故城西北坊建立，占地100亩，是集文物保护、研究、展示和社会教育于一体的综合博物馆。丰州故城博物馆依托全国重点文物保护单位丰州故城及万部华严经塔，全方位反映辽金元时期呼和浩特地区的民族融合、文化交融、建筑艺术、社会经济发展等状况。

公主府博物馆（清·和硕恪靖公主府）是康熙皇帝六女儿和硕恪靖公主出嫁后所建府邸。始建于清康熙四十二年（1703）。原占地面积六百余亩，现存占地面积1.8万平方米，主体建筑4800平方米。1922年绥远省政府在此创办“国立归绥师范学校”，历时六十余年。1989年成为呼和浩特博物馆馆址。

五塔寺博物馆以全国重点文物保护单位金刚座舍利宝塔和复原的清代慈灯寺为依托，展示寺庙建筑艺术特点、佛教造像艺术，诠释呼和浩特古建筑渊源和民族交融带来的文化繁荣景象。

2021年6月29日，呼和浩特博物院党支部获评呼和浩特市先进基层党组织。

2024年5月，获评国家一级博物馆。