呼和浩特博物馆于1989年建馆，2023年2月呼和浩特博物院合并组建为副处级单位，实行博物馆“总分馆”制，呼和浩特博物馆为六所分馆之一。

和硕恪靖公主府，建于清康熙中期以后，是康熙皇帝六女儿恪靖公主在清康熙三十六年（1697年）下嫁喀尔喀蒙古土谢图汗孙敦多布多尔济后所建的府邸。

清雍正十三年（1735年），公主去世后，其子及其后裔仍袭居府邸直至清亡。

民国十二年（1923年），绥远第一师范入驻公主府，自此成为师范学校校址长达66年。在此期间，师范学校为教学需要对公主府连续进行了重大改造，原花园、马场等改建为农场，殿堂门窗和墙体全部改制。文革期间，原府园内附属建筑、殿堂所有雕饰等被毁，公主府风貌再遭严重破坏。

1989年，呼和浩特市政府批复建立呼和浩特市博物馆，师范学校分期向呼和浩特市文物事业管理处移交公主府。

1990年，公主府辟为呼和浩特市博物馆。同年3月20日，呼和浩特博物馆成立。

1991年8月，呼和浩特博物馆正式开馆。

白马馆位于内蒙古博物馆旧址，是呼和浩特市历史地标性建筑之一，建于1957年，是自治区级文物保护单位。因其顶端有白骏马凌空奔腾的造型，被市民称为“大白马博物馆”，占地面积12000平方米，建筑面积5400平方米，展览面积3650平米。2010年正式划归呼和浩特博物馆，2013年12月开始向社会公众免费开放。

2014年12月31日，原内蒙古博物馆更名为呼和浩特博物馆并对外开放；2015年8月，因消防、安防等工程续建，临时闭馆；2016年5月，该馆再次向公众免费开放，同时推出“中国古代蒙元文化展览”。

2023年2月，呼和浩特博物院合并组建为副处级单位，实行博物馆“总分馆”制。六个分馆为：呼和浩特博物馆、将军衙署博物馆、昭君博物院、公主府博物馆、五塔寺博物馆、丰州故城博物馆。

乘坐63、85路公交车到新华小学站；

乘坐37、K4路公交车到呼市二中站；

乘坐4、29、K1、82路公交车到新世纪广场站；

乘坐3、16、19、21、26、58、76路公交车到新华社内蒙古分社站。

呼和浩特地铁1号线，人民会堂站下车。

呼和浩特博物馆占地18000平方米，其建筑形制为亲王级四进五重传统府园建筑。由南向北中轴线为照壁、府门、仪门、静宜堂、寝殿、后罩房等主体建筑，东西两侧辅建配殿、配房等左右两路跨院。

呼和浩特博物馆建馆初始，为打开呼和浩特市博物馆事业困窘局面，改变工作困难状况，加强社会影响，首先利用馆藏壁画优势，借用内蒙古自治区博物馆场地，于1990年8月，推出建馆第一部陈列—《呼和浩特召庙壁画艺术展》，产生巨大反响。

公主府经过初步维修，举办了《历史文化名城—呼和浩特》《呼和浩特召庙壁画艺术展》《全区流散文物精品展》三部陈列。

《历史文化名城—呼和浩特》追溯了呼和浩特作为历史文化名城的历史渊源和发展进程，成为掌握历史上不同时期，不同民族，不同文化，共同创造、互相融合的平台，和由此奠定的呼和浩特为政治、经济、文化中心地位的重要因素。

《呼和浩特召庙壁画艺术展》大召是蒙古地区召庙政治地位和宗教地位的代表和中心，以大召壁画为重点，集中反映了召庙壁画的宗教思想、教义和艺术构思。因此，推出的这部陈列是藏传佛教文化召庙壁画研究的开创性展览。

《全区流散文物精品展》由内蒙古文物总店筹办。展览集中了多年来流散于民间的文物精品，展示了中华文化的博大精深和源远流长，还有以蒙古民族为主的特色文物。

1991—1996年期间，先后参与了文浩的《敕勒川民俗展》，托克托县《古瓷精品展》等展览；引进《周恩来青少年时期》《辽庆陵壁画展》《辽瓷精品展》《墓志铭拓片展》《中国古代科技展》等展览。

经过四年的筹备研讨，推出《土默特蒙古民族民俗陈列》《满族民族民俗陈列》《回族民族民俗陈列》，以地区特色、民族特色为突出表现形式的三部陈列，在内蒙古自治区成立五十周年大庆之际于1997年5月对社会开放。

《杨鲁安藏珍馆展览》杨鲁安是内蒙古地区集收藏、篆刻、书法为一身的名人，2000年向市政府捐献各类文物共万余件，部分文物以公主府为展览场地，2002年8月1日全面开馆。杨鲁安藏珍馆与呼和浩特博物馆合署办公。

据中国博物馆志显示，有文物3000余件，其中国家一级品10件，二级品38件，三级品37件。2002年杨鲁安藏珍馆馆藏品文物8000多件、图书善本共2000多册（专定级）。

截至2019年末，呼和浩特博物馆藏品数22663件/套，珍贵文物170件/套。

北魏双羊五轮金饰牌：呼和浩特市郊区征集。饰牌长方形，长9.5厘米，宽7厘米，边框内两侧对应盘角羊，双羊嘴部衔接三个竖向轮，足腿部各呈轮形。整体构思巧妙独特，艺术效果浑然天成，是鲜卑民族的金器精品。

元绞胎高足杯：杯高6厘米，口径8.7厘米，内蒙古大学院内出土。侈口，弧腹，高圈足。由褐色和白色胎泥绞合而成，呈木纹状，外施透明釉。

辽菩萨头像：呼和浩特市白塔出土。菩萨面颊丰满，双目低垂，毫光内凹，束高髻，云鬓，耳垂至颈。表情较富生动，为辽塑精品。

元中统元宝交钞：呼市白塔村出土。交钞绵纸长方形，木版印制。正面额首横书“中统元宝交钞”，面值壹拾文。背面印章、铜钱图案。这是世界上发现最早的纸币。

清大召麦达里佛壁画：原位于大召大经堂东壁。佛为藏传佛教菩萨造型，半踟趺坐莲台，双手捻莲枝，呈转法轮印，风度超凡，为壁画之绝版。

科学研究呼和浩特博物馆立馆于首府特色、民族特地色、地区特色之研究，先后共推出八部影响较大的特色陈列，打下开创事业的坚实基础。在呼市地区对召庙文化、召庙璧画的内容、工艺、风格方面的研究取得了显著成果。对公主府建筑的历史背景、建筑格局与形制、府内地灶清理等方面都有研究发现。

2004年以后，对壁画保护修复的科学技术方法和工艺研究成果突出，获得内蒙古考古在博物馆学会第六届文物保护科技成果一等奖，《大召壁画保护修复研究》论文获二等奖。呼和浩特博物馆的出版物有：孙利中《呼和浩特文物》（内蒙古人民出版社，1997年）；孙利中《大召》（内蒙古画报社，1997年）；孙利中《昭君墓》（内蒙古博古出版公司，1999年）；孙利中（合著）《内蒙古古城》（内蒙古人民出版社，2003年）；张慧君《国家历史文化保名城—呼和浩特》（内蒙古画报社，1997年）。呼和浩特博物馆发表的研究论文（部分）：卜扬武《呼和浩特地区鲜卑墓所反映的北方社会问题》（《内蒙古文物考古》1991年第1期）；卜扬武《历史文化名城—呼和浩特》（《内蒙古文物考古》1995年第1、2期）；卜扬武《内蒙古地区铜（铁）镬的发现及初步研究》（《内蒙古文物考古》1995年第1、2期）；孙利中《明清呼和浩特儒释道三教寺庙概述》（《内蒙古文物考古》1995年第1、2期）；杜晓黎《中国内蒙古自治区呼和浩特博物馆大召壁画的分析》（《日本文化财科学会》第18回2001年8月）；武成《清和硕恪靖公主府地灶清理简报》（《内蒙古文物考古》2003年第1、2期）：张慧君《<绥远城溶濠种树记>碑及其价值》（《内蒙古文物考古》2002年第2期）；张慧君《绥远城兴工竣工档案查考》（《内蒙古文物考古》2007年第2期）；李丽雅《呼和浩特草原第四纪古地理环境变迁综述》（《内蒙古文物考古》1995年第1、2期）；李铁钢《清代绥远城将军德勒克多尔济其人及其“御赐碑记”》（《内蒙古文物考古》1995年第1、2期）。

公主府古建维修工程全面展开，就公主府专题研究与故宫博物院、恭王府、中国第一历史档案馆、南开大学历史系、河北省古代建筑研究所等单位正在进行多方面的交流与合作。

2001年，呼和浩特博物馆壁画保护修复中心与敦煌研究院、中国文化遗产研究院、日本奈良文化财研究所开展“馆藏大召壁画保护修复”项目研究，在壁画颜料分析方面取得成果，并多次在国内外学术会议上发表交流。

2005年，与内蒙古文物考古研究所合作开展“吐尔基山辽墓璧画保护修复”项目。

2007年，与中国文化遗产研究院开展“濒危馆藏壁画保护综合研究”。

2001年6月，国务院公布清和硕恪靖公主府为第五批全国重点文物保护单位。

2009年，评为国家二级博物馆。

2010年，获批AAA级旅游景区。

呼和浩特市博物馆为国营事业单位。

呼和浩特市博物馆经费来源是财政拨款。

呼和浩特市博物馆设立了办公室、陈列研究部、宣传教育部、保管资料部、安全保卫中心。

呼和浩特市博物馆共有工作人员41人，其中大专以上文化程度31人，专业技术人员32人。

呼和浩特市博物馆截至2006年以前，年参观人数约5000人参观指南。