绥远城将军衙署是清代绥远将军管辖归化城、漠南蒙古及统领大同、宣化等地驻兵的办公衙门，按清一品封疆大吏衙署的格式营造，砖木构制，占地约3万平方米。

绥远城将军衙署作为绥远城统领满、蒙、汉八旗驻军及掌管西北军政的最高权力机构，也在绥远城告竣时落成。驻守在将军衙署的绥远将军，号为“建威将军”，拥有广泛的实权。

除统帅绥远城的驻防八旗官兵、管理内蒙古西二盟（伊克昭盟、乌兰察布盟）旗的蒙古王公、民众外，遇有战事，还具有调遣宣化、大同二镇（总兵）、节制沿边道、厅等权力。

绥远将军乃属清廷一品封疆大吏，是以国家大帅的身份驻节在这里的。

从乾隆二年二月，驻守在山西右卫的建威将军王昌奉旨改驻绥远城起，到清末宣统末年最后一任将军堃岫被北洋军人张绍曾所取代止，将军衙署历时172年，清廷正式授封的绥远将军有78 任，均在此管理驻扎。

这一历史阶段，将军衙署的体制、作用，正如光绪十六年（1890年）绥远将军克蒙额亲立在衙署大照壁上一块石额所书“屏藩朔漠”那样，一直未变。

民国元年，北洋军人、二十师师长张绍曾被委任为绥远城将军，仍驻节衙署内。

民国三年（1914年）改将军为都统，随之将军衙署改为“都统公署”。民国十七年（1928年），衙署为“临时区政府”占用。

民国十八年（1929年）设置绥远省。衙署改牌绥远省政府。

1937年10月，在日本帝国主义扶持下，由德王拼凑的伪“蒙古联盟自治政府”的军队占据绥远，衙署一度为伪政权属下“巴彦塔拉盟公署”占用，后又为伪“蒙疆联合政府”所占据。

1945年后，绥远省政府再次迁回衙署。

1949年9月19日，时任绥远省主席的董其武将军在爱国将领傅作义将军的帮助影响下，率领全体军政人员六万五千余人，宣告起义，绥远自此和平解放，这就是毛泽东主席所倡导的“绥远方式”。

从1912年起到1949年短短三十七年中，先后有二任将军、十四任都统、一任区政府主席、二任省政府主席入主了这座官邸（日伪时未计）。绥远将军衙署自修建日起，一直是统治绥远地区的政治军事中心。

解放后，衙署为绥远省人民政府并内蒙古人民政府办公地，乌兰夫兼两府主席。

1985年，衙署交由内蒙古文化厅管理，为内蒙古文物考古所所使用。

1992年，衙署成立内蒙古自治区书画院暨内蒙古自治区将军衙署博物院。

1997年，划归内蒙古博物馆。

2002年，划归内蒙古文物交流中心，由将军衙署博物院和文物交流中心二机构合并管理、保护。

2003年6月30日，将军衙署博物院对外正式开放。

2006年5月25日，将军衙署与绥远城城墙被合并公布为第六批全国重点文物保护单位。

衙署照壁上一块石额所书“屏藩朔漠”为光绪十六年（1890年）绥远将军克蒙额亲立。正门口当街有两座石狮子。按清工部工程则例规定一品封疆大员级建造，砖木构制，占地面积3万平方米，门前有高大的影壁，上有“屏藩朔漠”匾额，门侧立石狮一对，大门内厅堂凡3进，前为公廨，后为内宅。

自大门进入须经过仪门，仪门凡3门，中门形同过殿但不常开，平常出入经由两旁门。

仪门正北为大厅，为议事决策中心；东西各建有庑堂和厢房，为官吏办公场所。第二进正中建有宅第门房3间，东西各建厢房3间，同是官吏的办公场所；第三进为将军宅第，建在正中高台基上，东西两侧各建配房3间。宅第与配房间并建有走廊相通。在大厅东面建有花园，园内建有亭榭；东南隅建有马号；大厅西南面建有更房，为卫戍官兵住所。

绥远将军衙署位于新城区哲里木路和新华大街相交的鼓楼立交桥西北。

将军衙署的主题为军事文化和战争文化，拟进一步扩充军事历史文化展示内容，重点推出“清代八旗武备陈列”、“清代边疆六大政策与实效陈列”、“将军衙署历史陈列”等。

将军衙署内举办有清代内蒙古八旗，清将军衙署复原陈列等展览。