国库集中支付是以国库单一账户体系为基础，以健全的财政支付信息系统和银行间实时清算系统为依托，支付款项时，由预算单位提出申请，经规定审核机构（国库集中支付执行机构或预算单位）审核后，将资金通过单一账户体系支付给收款人的制度。

国库单一账户体系包括财政部门在同级人民银行设立的国库单一账户和财政部门在代理银行设立的财政零余额账户、单位零余额账户、预算外财政专户和特设专户。

预算单位按照批准的用款计划向财政支付机构提出申请，经支付机构审核同意后在预算单位的零余额账户中向收款人支付款项，然后通过银行清算系统由零余额账户与财政集中支付专户进行清算，再由集中支付专户与国库单一账户进行清算。在国库集中支付方式下，由于银行间的清算是通过计算机网络实时进行的，因而财政支付专户和预算单位的账户在每天清算结束后都应当是零余额帐户，财政资金的日常结余都保留在国库单一账户中。

国库集中支付系统功能的实现，在财政系统必须建立连接财政业务部门、央行国库、集中支付机构、预算单位和经办银行的财政支付管理信息系统，该系统向有关各方提供实时的预算指标信息和支付指令信息；在银行系统必须建立连接央行国库、财政集中支付专户经办银行和所有预算单位经办银行的银行间清算系统，该系统在预算单位发生支付时能实时提供央行国库与财政专户及预算单位零余额帐户的资金清算。另外，国库集中支付制度的改革，还涉及到现行的预算管理、国库管理、银行结算等方面的有关法规必须进行相应的修改，以保证此项改革的合法实施与规范运作。