圣若瑟修院位于中国澳门岗顶何东图书馆右侧。与圣保禄学院一样是培训进入中国传教修士的耶稣会修院。系耶稣会士于1728年创建。亦有三巴仔或小三巴之称。但1762年耶稣会士被驱逐后，由于缺乏合格教授，修院日渐衰微。

1774年祁主教(Alexandre da Silva Pedrosa Guimarães)来澳门任职时，修院已经没有修生，而成为一座孤儿院。1783年，高维牙主教邀请遣使会司铎数人来澳门重新开办修院，并于1784年开学，招收修生8名，经过艰苦的工作，修生人数大增。但到了1833年，由于查主教(Francisco de Nossa senhora da LuzChacim)迫走遣使会会士，修院的教授又逐渐星散殆尽，到了名存实亡的地步。直至1862年，葡萄牙政府批准了马杰罗主教(Jerònimo José da Mata)关于准许耶稣会士重回修院担任教职的请求，修院修生即骤然增加。1871年后，由于澳门总督府派遣政府敎师到修院任教，修院便变成一所市立中学 ：利宵中学前身。1893年利宵中学建校后，始改为一座专研神学的修院，为在澳门以至中国的传教事业作出贡献。该修院自创办以来，培训了数百名天主教的神职人员，为在澳门以至内地继续开展传教事务作出了贡献。

圣若瑟修院圣堂俗称三巴仔修院。由耶稣会会士兴建，1746年（清乾隆十一年）动工，1758（清乾隆廿三年）落成，与三巴仔教堂相连。在1903年重修，1953年罗若望主教策划再行修葺。圣堂的正面改用上海批荡，并采用假云石祭台。

圣堂内并设有古旧且具相当艺术性的告解亭。圣堂右边高塔上有大小铜钟各一，已有近二百年的历史，由意籍著名铸造家卑他利华建造。

修院建于一七四六年，是澳门历史上最主要的教育中心之一。并于一八零零年被授予“皇家修道院”的称号。该建筑物曾多次进行改建或重修。

但到九十年代，结构上已经出现严重问题，文化局耗资约八百万元重修圣若瑟修院教堂，经过九个月的工程后重开迎众 ，圣若瑟修院教堂焕然一新。修复范围主要在教堂部分。工程是在墙壁和柱位等结构部分加入钢筋水泥结构，并用水泥加固了地基，重新铺设地面，在保持原有风貌的前提下翻新教堂内的圣物和摆设，。

圣堂每天上午十时至下午四时免费开放，逢周三休息。