1996年10月，为实施“中欧高教合作项目”，根据教育部要求进行改组。中心挂靠经济学院，为集合本校
欧洲问题研究与教学骨干力量的实体性机构，受主管文科科研的校长领导，由校文科处与外事处归口管理。中心的任务是：着重组织和开展对
欧盟与
欧洲一体化的经济、政治、法律、社会文化及内外关系等方面的研究与教学，逐步建成为欧洲问题的研究基地、教学基地、学术交流基地与信息资料基地。
复旦大学有从事欧洲问题研究的长久历史，根据国务院布点，1964年成立“
资本主义国家经济研究所”，即明确以
西欧发达国家经济为研究重点。70年代后期，该所更名为世界经济研究所，在
德国、
英国、
法国等国别经济研究室外设立欧共体研究室，专事研究欧洲一体化。该室之后承担了多个国家、教育部与地方的科研项目，发表一系列有关欧洲共同体的专著，执行研究生培养计划和开设相关课程，编辑出版内刊《
欧洲一体化研究》，为开拓我国欧洲一体化研究做出重要贡献。该所学者积极参与全国性欧洲研究学术团体的组建与活动，1984年中国欧共体研究会成立后一直挂靠复旦。
欧共体是从70年代后期即与欧共体总部建立联系，1980年欧共体委员会在复旦建立我国第一个“欧洲资料中心”（EDC）。委员会前秘书长诺埃尔先生曾3次专访复旦，参加研究会组织的全国性研讨会，并受聘担任复旦大学顾问教授。欧洲问题研究中心成立以来拓展了对外学术联系，与国内外好些学术机构及学者建立了稳定的交流关系。2001年，欧盟委员会授予中心
戴炳然教授为我国首批3个“
让·莫内教授”之一。
中心以
经济、
政治、
法律、社会、
文化为主干学科，开展对欧洲问题的研究，组织论坛与研讨会，接受研究项目与咨询。在教学方面，中心在世界经济、
国际金融、国际贸易、
国际政治、
国际关系、
国际法、
社会学、
哲学、
历史学、
语言与
文学等学科或专业中开设有关欧洲的本科与研究生课程，招收硕士与
博士研究生。
中心现任常务副主任为丁纯教授，副主任为
陈志敏、
胡荣花教授，2007年
陆志安副教授被任命中心副主任。下设综合、经济、政治、法律、社会与文化6个研究室，集合校内各学科研究人员30余人。中心的职能部门包括办公室、资料室（“欧洲资料中心”）、《欧洲一体化研究》编辑部以及中国欧盟研究会秘书处。中心聘请校内外知名人士组成学术指导委员会，对中心工作进行指导，由特聘教授
梅兆荣大使任主席并主持“大使论坛”，戴炳然、
伍贻康、
燕爽教授任副主席。