宁夏南华山国家级自然保护区位于宁夏回族自治区中卫市海原县，分布于县域中心部位，地域范围分别与海城镇、史店乡、曹洼乡、红羊乡、树台乡和西安镇接壤。其地理坐标为东经105°31′-105°44′，北纬36°20′ -36°33′，呈西北-东南走向，南北宽19.2千米，东西长26.4千米，总面积20100.5公顷。其中核心区6182.1公顷，缓冲区5235.3公顷，实验区8683.1公顷。

宁夏南华山国家级自然保护区位于宁夏回族自治区中部的中卫市海原县，分布于县域中心部位。

南华山所属区域大地构造属于较活动的秦祁昆地槽褶皱系“北祁连褶皱系的北祁连走廊过渡带”，按板块构造观点，本区域所属大地构造位置位于秦岭—祁连活动带祁连—北秦岭褶皱系的北祁连加里东褶皱带南华山断褶带。

南华山出露地层由老到新包括中元古界长城系南华山群（Chnh）、蓟县系园河群（Jxyh）、下古生界志留系上统旱峡组（S3h）、上古生界泥盆系中统石峡沟组（D2s）和石炭系中统羊虎沟组（C2y）、中生界白垩系下统六盘山群（K1l）、新生界古近系始新统寺口子组（E2s）和渐新统清水营组（E2q）、新生界新近系中新统红柳沟组（N1h）和第四系冲、洪积物及黄土沉积。

南华山地区出露了早古生代中酸性岩浆岩，分布在山体西北、北东侧和西侧。南华山地区出露的花岗闪长岩体，受南西华山深大断裂控制，呈北西-南东向展布，构成岩浆岩带。分别沿南华山南、北断裂带侵入于元古界地层中，呈岩株、岩瘤状产出，属浅成侵入体。

南华山地区位于宁夏南部向北东突出的弧形构造体系之中，属于该体系年代最新，活动最烈的南西列构造带，晚新生代以来持续上升，构成西华山—南华山弧形构造山地。

南华山地区出露最老的地层为中元古界长城系南华山群（Chnh），为一套绿片岩-云母片岩-大理岩岩石组合，原岩为海底火山岩和优地槽型海相沉积，表明在中元古代早期发生强烈的拉张和裂陷，中元古代末期，在五台运动作用下，转变为挤压体系，经过北祁连洋壳向南侧西宁—兰州微板块下俯冲，海槽封闭，褶皱隆起。早古生代再度强烈拗陷，早古生代后期强烈的加里东运动使北祁连海槽前寒武纪地层褶皱抬升，并伴有中酸性岩浆岩体侵入。经剥蚀后，在山前低地堆积了泥盆系陆相红色碎屑岩，经过长期的夷平和沉降又接受了石炭系的深灰色泥岩夹砂岩和薄煤层沉积。二叠纪早期本区基本上脱离了海洋环境发育陆相沉积。印支、燕山运动使该地区多次发生褶皱与冲断，进而控制了中、新生代山间断陷盆地的发生与发展。山体进一步抬升，在山前前缘盆地内发育了白垩纪和第三纪沉积。

喜马拉雅运动在该地区表现非常显著，以差异性升降运动为特征。在断陷盆地边缘第四纪断裂异常发育，同时也为近代地震分布地带，尤其以1920年海原8.5级特大地震最为著名，沿南、西华山深大断裂形成了长约200千米的地表形变带。

南华山是宁夏南部六盘山、月亮山、南华山、西华山弧形山地的一部分，为侵蚀构造中山山地地貌。山体呈西北—东南走向，山体内部冲沟切割强烈，断层岩壁较为发育；沟系呈放射状，羽状展布；山脊呈尖棱状、鱼脊状、齿状，有的经风化剥蚀成浑圆状。最高峰马万山2954.6米，平均海拔2600米左右，沟口海拔一般北麓2000米，南麓2200米，相对高差700～900米左右。

南华山地区地貌形成与演化明显受地质构造和岩层控制。南华山—西华山深大断裂从元古代开始一直影响本区的构造和沉积。南华山山体自二叠纪早期脱离了海洋环境后，长时期处于隆升剥蚀状态，只是在山前前缘盆地内发育了白垩纪和第三纪沉积。中新世时，曾先后发生过两次构造变形，造成了山体隆升和红柳沟组与清水营组之间的角度不整合。上新世末期—更新世以来新构造运动活跃，构造变形在本区较中新世两次构造变形更加强烈，南、西华山北麓断裂强烈活动，山体进一步隆升，盆地进一步断陷，第四纪地层被错断，形成山边断陷，引起水系、山脊和阶地的变化。

宁夏南华山国家级自然保护区属北温带大陆性季风气候，气温由山麓向山顶逐渐降低。南华山最冷月在1月份，月平均气温为-9.8℃，最热月在7月，月平均气温为10.9℃，全年平均气温为0.8℃，年较差 20.7℃。平均年降雨量为 495.5毫米，降雨主要分布在植物生长季的5～9月份，占全年降雨量的77.15%。

宁夏南华山国家级自然保护区水文特点是山间河谷及山洪沟较多，但地表径流不大，多为间歇河，季节性变化大，遇到暴雨即发洪水，雨后基本干涸，部分降水渗入地下，以泉水的形式溢出；地下水受地质构造的影响，而大气降水是地下水的重要补给来源。南华山山体内部冲沟切割强烈，沟谷水系呈放射状、羽状展布，分别属于清水河水系二级流域的西河流域和苋麻河流域。南华山有大小冲沟约35条，分别汇入西河、苋麻河。

宁夏南华山国家级自然保护区内林草茂密，植被覆盖度高，有利于涵养水源，降水渗入地下，在山麓以泉眼的形成溢出地表，是周围乡（镇）人畜饮水的重要水源。

宁夏南华山国家级自然保护区由于不同的海拔高度，阴坡和阳坡，所接受的阳光不同、降水和相对湿度的不同、植被类型的不同，形成以垂直地带性土壤灰褐土和山麓为基带土壤黑垆土为主的土类。

灰褐土一般分布在海拔2000～2955米之间，其下部与水平地带性土壤黑垆土衔接，成土母质为红色、紫红色和杂色砂岩、灰绿色云母片岩的风化物，土壤有机质含量高，黑色腐殖质层较厚，有轻度淋溶现象发生，剖面中下部质地较表层土黏，有石灰淀积。分为暗灰褐土：主要分布在海拔2600米以上的山脊和阴坡中上部比较平缓处；石灰性灰褐土：大部分位于海拔2600米以下的阴坡及山谷两旁。

黑垆土类是南华山的基带土壤，一般分布在海拔2000米以下的山麓或低山丘陵区，成土母质多为第四纪黄土。最显著的特征是剖面中有比较深厚、暗灰色的有机质层和明显的石灰质假菌丝体，整个剖面质地比较均一，土壤比较肥沃。

宁夏南华山国家级自然保护区地域范围分别与海城镇、史店乡、曹洼乡、红羊乡、树台乡和西安镇接壤。其地理坐标为东经105°31′-105°44′，北纬36°20′-36°33′，呈西北-东南走向，南北宽19.2千米，东西长26.4千米，总面积20100.5公顷。

按照自然保护区功能区划要求，宁夏南华山国家级自然保护区被区划为实验区、缓冲区和核心区三个功能区。其中，核心区6182.1公顷，缓冲区5235.3公顷，实验区8683.1公顷。东南以乱堆子、洼里、老虎崾岘、柳树湾、苋麻湾、石塘为界，西部以种田沟、水担沟，新庄子、崾岘、阳屲、王坡、龚湾为界，北部以菜园、野狐坡、刺儿沟、小山、山门、芦子沟、油房院为界。四至界限以标牌、宣传栏、巡护道路及铁丝围栏为明显标志。

宁夏南华山国家级自然保护区的主要保护对象为山地森林生态系统和山地草原与草甸生态系统。

截至2013年，宁夏南华山国家级自然保护区共有野生维管植物 426 种（包括种以下单位），隶属58科，203属。其中蕨类植物2科2属4种；裸子植物2科5属6种；被子植物54科196属416种。保护区近一半的植物种都有程度不同、类型不同的资源价值，多属于资源植物。其中有药用植物60余种，如黄芪、升麻、党参、天仙子、补血草等；有油料植物十余种，如山杏、风花菜、虎榛子等；有饲草植物20余种，如大针茅、长芒草、短花针茅等；有园林绿化与材用经济植物30余种，如华北紫丁香、毛叶忍冬等。南华山的野生植物中还有淀粉植物、纤维植物、单宁植物、花卉观赏植物、食用果菜类、蜜源植物、芳香植物等多种用途的野生植物，有的植物兼具多种价值。有国家一级重点保护植物发菜，二级重点保护植物蒙古扁桃、华北驼绒藜、短芒披碱草、中麻黄。

宁夏在中国动物地理区划上跨蒙新区的东部草原亚区、西部荒漠亚区和华北区的黄土高原亚区三个亚区。宁夏南华山国家级自然保护区处在蒙新区的西部荒漠亚区边缘。从动物区系成分上来看，蒙新区成分占有优势，华北区与蒙新区物种混杂程度大，带有明显的过渡特征。

截至2013年，宁夏南华山国家级自然保护区有脊椎动物有5纲26目57科126属173种（含116亚种）。其中，鱼纲2目3科8属9种，两栖纲1目2科2属3种，爬行纲2目5科6属10种（含1亚种），鸟纲15目33科80属115种（含80亚种），哺乳纲6目14科 30属36种（含35亚种）。以鸟类占优势，哺乳类次之，两栖类最少。

在脊椎动物资源中，有国家重点保护动物22种，其中属于国家Ⅰ级重点保护动物为金雕1种，Ⅱ级重点保护动物21种，其中鸟类Ⅱ级重点保护物种17种（有：鸢、苍鹰、雀鹰、松雀鹰、大天鹅、草原雕、秃鹫、白尾鹞、猎隼、燕隼、红脚隼、红隼、雕鴞、长耳鴞、纵纹腹小鴞等），哺乳类Ⅱ级重点保护物种4种（荒漠猫、兔猕、豹猫、岩羊）。《濒危野生动植物物种国际贸易公约》（CITES）规定的种类25种，列入国际自然保护联盟（IUCN）濒危物种等级动物名录的有24种，列入《中国濒危动物红皮书》动物名录的有9种，有中日保护候鸟及其栖息环境协定规定的保护鸟类42种，有中澳保护候鸟及其栖息环境协定规定的保护鸟类13种，列入国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录的有65种，属于宁夏重点保护动物有35种。

宁夏南华山国家级自然保护区有昆虫16目132科530种。主要由鞘翅目、鳞翅目、半翅目、双翅目、直翅目和膜翅目种类组成，其中鞘翅目34科179种、鳞翅目26科156种、半翅目18科56种，6个目的科数为110科、占保护区昆虫总科数的83.33%，物种数为480种、占保护区昆虫总种类数的90.56%。

宁夏南华山国家级自然保护区管理机构为南华山自然保护区管理处，实行三级管理体制，行政上直属海原县人民政府领导，业务接受宁夏林业局和中卫市林业局指导。保护区管理处下设办公室、科研中心、计划财务科、管理站、保护点、检查站。

截至2013年，宁夏南华山国家级自然保护区有在职职工71人，行政管理人员5人，专业技术人员41人，巡护人员25人。

宁夏南华山国家级自然保护区功能区划调整后，原来设立在四桥的管理机构成为核心区，管理机构搬迁到县城，由县政府调剂办公场地。

截至2013年，宁夏南华山国家级自然保护区有管理站6个、瞭望塔2个、设立解说牌2块，大宣传牌2块，小宣传牌60块。在周边设立固定标准地60块。配有少量计算机等办公设备，及公务车、对讲机、GPS、通讯和科研设备等。

自20世纪80年代中期，南华山腹地的海原县水冲寺、五桥沟、灵光寺林场等几个林业单位，成为当地林草植被建设的重点区域。

1993年10月，海原县在南华山成立10万亩水源涵养林基地建设指挥部。

1997年，在水源涵养林基地建设指挥部的础上，合并原南华山牧场，成立南华山水源涵养林总场。

2004年，宁夏回族自治区九届人大二次会议上，部分人大代表递交了建立南华山自然保护区的议案，划定南华山为省级自然保护区，2004年底，宁夏回族自治区人民政府批准成立海原县南华山区级自然保护区。

2022年，宁夏将对南华山国家级自然保护区开展自然资源确权登记工作，进一步摸清自然保护地范围内湿地、草原、荒地等自然资源的数量、质量、种类、分布等自然状况。

2014年12月5日，经国务院办公厅批准，晋升为国家级自然保护区。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，宁夏海原南华山兽类及鸟类重要栖息地入选。

2015年，对宁夏南华山国家级自然保护区北坡主要泉水量进行调查，并调查了降水量、蒸发量，简要分析了宁夏南华山自然保护区北坡的主要泉水量，并对调查结果的合理性和准确性进行了探讨。

2016年，对宁夏南华山国家级自然保护区气候特征进行监测与分析，通过长期监测南华山的气候条件，分析评价了南华山保护区气候资源。

菜园新石器文化遗址

菜园遗址囊括了新石器时代遗存基本组成元素，有居址，有墓葬。居址中房屋、场院、窖穴、灰坑、陶瓷齐备。根据已测定的C14年代数据推断，菜园文化遗存的年代在距今3980-4240年前后，属新石器时代中晚期，相当于中原仰韶文化晚期。菜园遗存是以农耕文化为主，兼营畜牧的文化遗存，其崇尚简朴、兴盛蓝纹素陶的土著文化，使之既不同于马家窑文化、也不同于齐家文化，但又与其有着密切联系。菜园遗存以清水河、泾河上游为活动中心，存在时代略晚于马家窑文化，从当地的远古文化中发展成熟，又从中孕育出齐家文化的主体，是齐家文化的前身。

灵光寺风景区

灵光寺风景区位于海原县南华山西麓，处于保护区的实验区，为海原县著名风景区，该景区有近10平方公里的原始森林、灌木林。

宁夏南华山国家级自然保护区位于青藏高原边缘及黄土高原周边山地物种传播廊道上的重要节点，拥有中国黄土高原森林草原地带最为典型、保存最完整的森林草原复合生态系统，生物多样性丰富。

宁夏南华山国家级自然保护区有保存完好的灌丛植被生态系统，具有很好的防风固沙、蓄水、集水和保水功能。保护区内有很多的季节性的河流和茂密的灌丛植被、成片的林地，对保持水土、涵养水源、净化水质、减少泥沙等具有不可估量的作用。

宁夏南华山国家级自然保护区生态系统类型和生物多样性具有非常重要的地位，生存、繁衍的野生动植物极为丰富，其中有许多是珍稀特有的物种，是生物多样性丰富的重要地区。宁夏南华山国家级自然保护区是利用和改善自然生态系统和自然资源的战略基地，是保存干旱半干旱地区遗传多样性，物种多样性和生态系统多样性的必要条件和有效措施，这些特有物种长期在恶劣的生境生存进化，保留了丰富的抗逆性基因，是可供人类利用的特种遗传资源，是十分宝贵的遗传资源载体，是全世界共同拥有的资源和财富。对物种保存和保护物种多样性发挥着重要作用。

宁夏南华山国家级自然保护区可以更准确地认识干旱半干旱地区生物与自然间的关系，它对于研究合理的生态结构，积极保护生态平衡有重大意义。该自然保护区的建设有助于探索和揭示黄土高原干旱半干旱地区植被退化、恶化及其演变规律，以及人类经营活动对环境的影响。