宝可梦整理箱：红宝石·蓝宝石（日文︰ボケモンポックス ルビー&サファイア，英文︰Pokémon Box Ruby&Sapphire）是对应第三世代游戏的宝可梦整理与收纳软件。

本软件必须全程使用GBA以及第三世代游戏，且必须全程使用附带的NGC TO GBA链接线。

进入游戏（软件后）会出现两个选项：

点选ばうけんにでる以后，打开GBA，等连接后出现黄色框时，按A键，就可以在NGC上进行《宝可梦红宝石·蓝宝石》游戏了。这时GBA屏幕会出现宝可梦整理箱：红宝石·蓝宝石的LOGO，此时必须使用NGC手柄。

按NGC手柄的Z键后出现操作菜单：

点选ボケモンポックスへいく后，请先将《宝可梦红宝石·蓝宝石》和《宝可梦绿宝石》中的人物移动到宝可梦中心的交换柜台前，《宝可梦火红·叶绿》中人物需站在七之岛第１岛的宝可梦网络中心的计算机前，直到GBA屏幕出现宝可梦整理箱：红宝石·蓝宝石的LOGO。

连接成功后，会遇到梓美（第三世代宝可梦寄放系统管理员真由美的姐姐），此时如果是初次使用宝可梦整理箱，梓美会向玩家赠送一颗宝可梦的蛋，可以孵化出会点到为止的青绵鸟。

之后会出现菜单：

箱子一共有25个，每个箱子的规格是12行×5列=60位，所以每个箱子能存60只宝可梦，一共25个箱子，总存储量是1500只。

每个游戏的主角必须在图鉴中登录100只宝可梦才可以取出非本人存储的宝可梦。

上方为宝可梦整理箱的箱子，下方为游戏中的箱子。

つかむ：拿起/放下宝可梦。

ようすをみる：宝可梦基本信息，与游戏不同，不可调整招式顺序。

マーキング：标记。

いちらんヘ：检索功能。

检索条件选项总共有6页，其中内容如下：

在箱子的铭牌处按A键，出现菜单：

选择ディスプレイする后可以进入展示模式。摆放箱子里的宝可梦，第一次进入出现选择场地菜单，可选择能放置60个，240个，81个，225个，64个，441个，221个，421个，600个，1500个宝可梦的场地。之后会出现菜单：

当存放在宝可梦整理箱里的宝可梦达到一定数目的时候，梓美就会赠送给玩家具有特殊招式的宝可梦的蛋，这些招式都是正常游戏中无法学会的招式。

这是第一款对应宝可梦游戏的纯辅助应用软件。

北美版游戏仅在纽约宝可梦中心销售，欧洲版是和宝可梦圆形竞技场捆绑销售。

日版宝可梦整理箱 红宝石＆蓝宝石共有两个版本：单体版和同捆NGC TO GBA连接线版。

《宝可梦红宝石·蓝宝石》无需任何条件可直接使用宝可梦整理箱，《宝可梦火红·叶绿》需得到全国图鉴才可以使用，而且仅能传输第一世代和第二世代的宝可梦，在完成第二轮游戏后，才可交换全部第一世代至第三世代的宝可梦。《宝可梦绿宝石》则需得到全国图鉴后才可使用。

左上角游戏卡示意图标会根据《宝可梦红宝石·蓝宝石》的版本而显示为红色或蓝色的游戏卡，由于《宝可梦火红·叶绿》和《宝可梦绿宝石》是反向兼容，因此在进行通信时，显示的是灰色未知版本的游戏卡。

宝可梦整理箱游玩《宝可梦红宝石·蓝宝石》功能与Game Boy Player虽然形式相似，但运行原理完全不同，前者与之前的宝可梦竞技场类似，是将GBA作为读取设备，将游戏卡数据实时读入到至NGC中进行模拟运行，在报告时游戏还会暂时中断。后者是直接硬件上运行游戏并将NGC作为视频输出设备，也不需要借助GBA。

由于《宝可梦火红·叶绿》的系统有修改，所以不能使用NGC游玩的功能，而且《宝可梦绿宝石》因为使用了《宝可梦火红·叶绿》的系统，所以也不能使用。

由于仅需要NGC TO GBA线和GBA即可游玩，因此Wii也可借助宝可梦整理箱游玩《宝可梦红宝石·蓝宝石》，但Wii没有扩展接口，GBP不能使用。

宝可梦整理箱是第三世代获得会冲浪的皮卡丘的方式之一，软件中可以获得会冲浪的皮丘。

宝可梦整理箱的“3D展示模式”实际上只是将原本GBA游戏中宝可梦的形象粘贴在3D的“站立牌”上，并放置在特殊的3D场景中。

在日版宝可梦整理箱中必须使用专门的红蓝颜色59格NGC记忆卡（游戏内自带）并插入记忆卡插槽A中才可使用，且存档直接会填满59格，其他普通的记忆卡无法存储宝可梦整理箱的报告。

海外版取消了这一设定。