《宝可梦 水晶版》是GAME FREAK开发的角色扮演游戏，为系列游戏《宝可梦》第二世代的组成作，也是《宝可梦 金·银》的资料片，于2000年12月14日在Game Boy Color平台上发售。以《宝可梦 金·银》为原型，包含了《宝可梦 水晶版》剧情的重制版《宝可梦 心金·魂银》于2009年9月12日在日本发售。

《宝可梦 水晶版》的游戏舞台设定在城都地区以及东边的关都地区。城都地区的设计来源于日本的关西地方和东海地方，这两地的许多寺庙和传统日本建筑都在城都地区有所体现。满金市类似于大阪，其磁悬浮列车直达关都地区的金黄市，这与新干线连通大阪和东京相似。此外，缘朱市与京都类似，缘朱市内的烧焦塔和铃铛塔与鹿苑寺和慈照寺相似，鹿苑寺标志性的凤凰雕塑是凤王的原型。而关都地区则源自日本的关东地方。

居住在城都地区的若叶镇的主角，从空木博士那里选择了一只宝可梦，就此开始了旅行。主角在获得最初的宝可梦后，以成为宝可梦联盟的冠军为目标，在城都地区开始了自己的冒险。

在冒险途中，主角除了完成挑战所有道馆的任务、与经常出现的劲敌小银进行对战、邂逅追寻水君的迷之青年水京外，还会遇到利用宝可梦做坏事的火箭队残党。原先被赤红击溃的火箭队为了唤回他们的老大坂木而四处作恶，在挫败他们的阴谋后，主角完成了与四天王和冠军阿渡的挑战，成为了新的冠军。而后，主角开始前往关都地区挑战当地的八位道馆馆主，最终在白银山深处与对战传说赤红进行对战。

游戏开始时，玩家能够选择主角的性别。玩家选择的主角为男性时会以“阿响”开始游戏，选择女性时会以“克丽丝”开始游戏。

主角最初的伙伴会从草属性的菊草叶、火属性的火球鼠和水属性的小锯鳄这3只宝可梦中选择。其中草属性克制水属性、水属性克制火属性、火属性克制草属性。

玩家在游戏中主要通过赠予、捡拾、购买、兑换这四种方式获得各类道具，而可捡拾的道具会以一个球形图标出现于游戏各处。

玩家得到的道具会按照得到的先后顺序排放在背包中，玩家还可将自己暂时不用的道具存放进电脑内，亦或是选择丢弃。

需要注意的是，玩家在背包中可存放的道具总数设有上限，如果玩家在背包已经满了的时候又得到了新的道具，那么系统会提示因为主角的背包已满而无法得到新的道具，此时玩家要么选择放弃得到新的道具，要么选择使用或丢弃背包里的道具来腾出空位。

故事背景设置在以日本的关西地方、东海地方为原型的城都地区以及以关东地方为原型的关都地区。

在开始冒险后，玩家一旦在旅行途中的草丛或洞窟等地遇到野生宝可梦，或是与宝可梦训练家四目相对，就会开始宝可梦对战。在对战中，玩家可使用若干只宝可梦对抗以取胜。在菜单的设置中，玩家可将对战规则设定为“替换”或“连战”。在替换规则下，当对手的宝可梦倒下后，玩家可在对手选择上场的宝可梦前替换宝可梦，而连战规则下则不能。

游戏中的宝可梦对战采用的是回合制的方式，每回合的实际行动顺序以双方所采用的命令的优先度和双方宝可梦的速度为判断标准。开始战斗后，屏幕的右下方会浮现出四个选项，分别为“战斗”、“背包”、“宝可梦”、“逃走”。战斗，玩家指示自己的宝可梦来战斗；背包，玩家使用身上带着的各类道具；宝可梦，玩家查看同行宝可梦的信息或换下当前战斗的宝可梦；逃走，逃离宝可梦对战，但在与训练家对战时无法逃跑。

玩家需要指示自己的宝可梦使出各种招式来削减对方宝可梦的HP，当HP归零时宝可梦就会倒下。当击败了对手同行的所有宝可梦时，玩家就获得了当前这场对战的胜利，此时对手会支付一定金额的钱，具体数量一般由训练家类型决定。而如果玩家的同行宝可梦均被击败，玩家会被送到最近到访过的宝可梦中心或者家中，而且还会失去部分零花钱。

通过与宝可梦中心二楼的女性NPC对话，玩家可以与另外一名玩家互相交换宝可梦或进行简单的对战。与《宝可梦 金·银》相比，由于《水晶版》中存在着部分无法获得的宝可梦，玩家可通过交换宝可梦来完成自己的宝可梦图鉴。而通过最右侧的时光胶囊，玩家还可以交换到第一世代的宝可梦。

《宝可梦 水晶版》的音乐与《宝可梦 金·银》的相同，它没有独立推出CD，而是收录在了2009年发售的《宝可梦 心金·魂银》的音乐CD中。

玩家在《宝可梦 水晶版》中可以感受得到GAME FREAK在各处做出的努力，无论是主角造访不同地点时出现于屏幕下方的地点提示框，还是新增的宝可梦们的登场动画，这些都足以让玩过《宝可梦 金·银》的玩家感受到不小的惊喜，而游戏新增的水君剧情也足够有趣。（Nintendo Life 评）

与原版的《宝可梦 金·银》相比，身为资料片的《宝可梦 水晶版》不仅修复了原版中不少不合乎情理的内容，而且还引入了女性主角这一要素，为日后《宝可梦》游戏系列可以选择男女主角这一内容打下了基础。尽管《水晶版》是一部资料片，但它的可玩性并不比原版差，其增设的水君剧情也完善了《宝可梦》系列的世界观。（DualShockers 评）