巴拉圭总统（英语：President of Paraguay，西班牙语：Presidente de Paraguay）是巴拉圭共和国的国家元首、政府首脑，由普选产生，任期5年，不得连选连任。

巴拉圭是一个实行三权分立的国家，共和国总统行使行政权，议会（参议院和众议院）行使立法权，司法机关（包括最高法院、上诉法院和地方法院等）行使司法权。自1811年独立以来，巴拉圭先后颁布了六部宪法，每部宪法都是一个时代政治权力变动的反映，规定和调整立法、行政和司法之间的关系。正是在这种规定和调整的过程中，巴拉圭逐步建立和完善了国家政治体制，确立了国家的政治制度。

根据巴拉圭宪法规定，总统的任职要求是35岁以上，享有完全民事和政治权利的巴拉圭公民，总统由全民普选产生，简单多数即可当选，任期5年，从8月15日起计算，不得连选连任。

总统因故不能履行职务，由副总统接任。如果副总统也不能履行职务，则接任总统职位的顺序为：参议院议长、众议院议长和最高法院首席法官。如果在总统选举宣布前后总统职位空缺，由副总统接任总统，直到宪法规定的任期届满。总统大选必须在现任政府届满前90~120天内举行。如果总统选举在宪法规定的时间内没有结果，或选举被宣告无效，即将离职的总统应将政府移交给最高法院首席法官，该法官临时离开法官职务，担任临时总统，任期至新总统就职为止。新总统宣誓就职在议会举行，如果议会不足法定人数，则在最高法院举行。

宪法规定，下列人员不能成为总统候选人：1.副总统、内阁部长、副部长以及相当职务的官员，国有企业、自治机构或国家控股企业、合资企业的主要负责人；2.检察总署的法官和成员；3.公安部长、共和国审计员和审计长、政府特别律师、地方政务委员会主席和最高法院法官；4.从政府获得特权的国内外公司和组织；5.教会的主要负责人；6.市长和地方长官；7.武装部队和国家警察的现役人员；8.媒体的所有者和合伙人；9.在选举一年以内，任何与在任总统有亲缘关系的人，包括总统的配偶以及总统的四代血亲。凡属于第1、 2、3和第6条款的人员，如果想成为总统候选人，必须在大选前6个月辞职。曾经组织或参与政变或类似活动，试图推翻现有法律秩序，或在政变后建立的政府中担任过总统、副总统、内阁部长或拥有高级军事职位的人员，在两届任期内不具有担任任何公共职务的资格。总统任职期间，不得担任任何公私职务，而不论是否有酬劳，总统必须专注于总统的职责。

根据宪法规定，总统享有以下职权：1.代表政府，治理国家。2.遵守并实施宪法和法律。3.根据宪法，参与法律的制定，颁布法律，并保证法律的实施。4.部分或完全否决由议会批准的法律。5.与相关的部长一起联合署名发布命令。6.任命或罢免内阁部长、检察官和其他行政官员。7.负责共和国的对外关系。在外敌入侵的情况下，总统有权宣布国家的紧急状态。可以与外国谈判或签署协定，接见外国使团，任命领事并和参议院一起任命驻外大使。8.在每届议会开会伊始，向议会报告行政机关的活动和共和国的总体形势，并阐释政府的未来计划。9.作为武装部队的总司令，不得委派他人，须依法签署军事规章、安排、组织和调动军队。总统有权任命和罢免各兵种部队的司令长官，有权为了国防目的采取必要措施，有权任命上校级以下军官，如征得参议院同意，可任命更高级的军官。10.根据最高法院的报告，有权对法官和法院的判决加以赦免和减刑。11.有权召集议会特别会议，而议会必须优先开会讨论总统提出的问题。12.有权向议会提出法律草案，并根据宪法要求紧急审议。13.有权根据法律和国家总预算，安排共和国的税收收入和投资，并向议会就预算的实施情况作年度报告。14.准备并向议会提交国家年度总预算草案。15.确保由权威机构根据宪法制定的措施得到遵守。16.宪法赋予的其他权力。

巴拉圭总统府是位于巴拉圭首都亚松森的洛佩斯宫。总统专机是波音707。

2023年4月30日晚，巴拉圭最高选举法院宣布，执政党红党候选人圣地亚哥·培尼亚在当天进行的总统选举中获胜。

2023年8月15日，圣地亚哥·培尼亚·帕拉西奥斯在巴拉圭首都亚松森宣誓就任巴拉圭新一任总统，开始5年任期。

巴拉圭于1811年宣布独立，这一时期巴拉圭正处于国家危机时期，对外无法抵御入侵，国家内治混乱。当时的执政委员会主席弗朗西亚认为只有采取铁腕手段才能稳定局势，拯救国家。1814年弗朗西亚获得了3年的绝对统治权，1816年成为终身独裁者，并将统治延续到1840年。

执政委员会（Junta de Gobierno）1811年5月14日—1811年6月19日

执政委员会主席富尔亨西奥·耶格罗斯（Fulgencio Yegros）1811年6月19日—1813年10月12日

最高执政官何塞·加斯帕尔·罗德里格斯·德·弗朗西亚（José Gaspar Rodríguez de Francia）1813年10月12日—1814年2月12日

最高执政官富尔亨西奥·耶格罗斯（Fulgencio Yegros）1814年2月12日—1814年6月12日

最高独裁者何塞·加斯帕尔·罗德里格斯·德·弗朗西亚（José Gaspar Rodríguez de Francia）1814年6月12日—1840年9月20日

最高执政官 曼努埃尔·安东尼奥·奥尔蒂斯（Manuel Antonio Ortíz）1840年9月20日—1841年1月22日

临时国家元首 胡安·何塞·梅迪纳（Juan José Medina）1841年1月22日—1841年2月9日

最高执政官 马里亚诺·罗克·阿隆佐（Mariano Roque Alonso）1841年2月9日—1841年3月14日

双人执政（Segundo Consulado）1841年3月14日—1844年3月13日

1、卡洛斯·安东尼奥·洛佩斯（Carlos Antonio López）1844年3月14日—1862年9月10日

2、弗朗西斯科·索拉诺·洛佩斯（Francisco Solano López）1862年9月10日—1870年3月1日

巴拉圭战争结束之后，巴拉圭政局动荡，政令不通，政变迭起，社会动乱时有发生。这是巴拉圭战争之后巴拉圭历史进程的特点，也是其政治发展不成熟的表现与结果。至1870年，巴拉圭几乎还没有真正意义上的政党，已经带有政治色彩的团体尚未超出宗派组织的范畴，政党既未成为正式的组织，也没有自己的刊物。为了尽快实现自由选举，1887年，部分自由派人士成立了“民主中心”，同年，巴拉圭出现第一个真正意义上的政党——巴拉圭红党（又称科罗拉多党、巴拉圭国家共和党或巴拉圭全国共和联盟），而后，“民主中心”又改组为巴拉圭自由党（蓝党），从此巴拉圭进入了红党与自由党交替执政的时期。

三人执政（Triunviro del Paraguay）成员：西里洛·安东尼奥·里瓦罗拉（Cirilo Antonio Rivarola）、卡洛斯·洛伊萨加（Carlos Loizaga）、何塞·迪亚斯·德贝多萨（José Díaz de Bedoza）1869年8月15日—1870年8月31日

临时国家元首 法昆多·马查因（Facundo Machaín）1870年8月31日—1870年9月1日

3、西里洛·安东尼奥·里瓦罗拉（Cirilo Antonio Rivarola）1870年9月1日—1871年12月18日

4、萨尔瓦多·霍维利亚诺斯（Salvador Jovellanos） 1871年12月18日—1874年11月25日

5、胡安·包蒂斯塔·吉尔（Juan Bautista Gill）1874年11月25日—1877年4月12日

6、伊希尼奥·乌里亚特（Higinio Uriate） 1877年4月12日—1878年11月25日

7、坎迪多·巴雷罗（Cándido Barreiro） 1878年11月25日—1880年9月4日

8、贝尔纳迪诺·卡瓦列罗（Bernardino Caballero）1880年9月4日—1886年11月25日

9、帕特里西奥·埃斯科瓦尔（Patricio Escobar）1886年11月25日—1890年11月25日

10、胡安·瓜尔韦托·冈萨雷斯（Juan Gualberto González）1890年11月25日—1894年6月9日

11、马科斯·安东尼奥·莫里尼戈（Marcos Antonio Morínigo） 1894年6月9日—1894年11月25日

12、胡安·包蒂斯塔·埃古斯基萨（Juan Bautista Egusquiza）1894年11月25日—1898年11月25日

13、埃米利奥·阿塞瓦尔（Emilio Aceval）1898年11月25日—1902年1月9日

14、安德烈斯·埃克托尔·卡瓦略（Andrés Héctor Carvallo）1902年1月9日—1902年11月25日

15、胡安·安东尼奥·埃斯库拉（Juan Antonio Escurra）1902年11月25日—1904年12月19日

16、胡安·包蒂斯塔·高纳（Juan Bautista Gaona）1904年12月19日—1905年12月9日

17、塞西利奥·巴埃斯（Cecilio Báez）1905年12月9日—1906年11月25日

18、贝尼格诺·费雷拉（Benigno Ferreira）1906年11月25日—1908年7月4日

19、埃米利亚诺·冈萨雷斯·纳维罗（Emiliano González Navero）1908年7月4日—1910年11月25日

20、曼努埃尔·冈德拉（Manuel Gondra）1910年11月25日—1911年1月17日

21、阿尔比诺·哈拉（Albino Jara） 1911年1月17日—1911年7月5日

22、利贝拉托·马西亚尔·罗哈斯（Liberato Marcial Rojas）1911年7月5日—1912年1月14日

三人执政（Triunvirato establecido）成员：马科斯·卡瓦列罗·科达斯（Marcos Caballero Codas）、马里奥·乌谢尔（Mario Uscher）、阿尔弗雷多·阿庞特（Alfredo Aponte）1912年1月14日 -1912年1月17日

续任总统 利贝拉托·马西亚尔·罗哈斯（Liberato Marcial Rojas）1912年1月17日—1912年2月28日

临时总统 佩德罗·培尼亚（Pedro Peña）1912年2月28日—1912年3月22日

23、埃米利亚诺·冈萨雷斯·纳维罗（Emiliano González Navero）1912年3月22日—1912年8月15日

24、爱德华多·舍雷尔（Eduardo Schaerer）1912年8月15日—1916年8月15日

25、曼努埃尔·佛朗哥（Manuel Franco）1916年8月15日—1919年6月5日

26、何塞·蒙特罗（José Montero）1919年6月5日—1920年8月15日

27、曼努埃尔·冈德拉（Manuel Gondra）1920年8月15日—1921年10月29日

临时总统 费利克斯·派瓦（Félix Paiva）1921年10月29日—1921年11月7日

28、欧塞比奥·阿亚拉（Eusebio Ayala）1921年11月7日—1923年4月12日

29、埃利希奥·阿亚拉（Eligio Ayala）1923年4月12日—1924年3月17日

30、路易斯·阿尔韦托·里亚尔特（Luis Alberto Riart）1924年3月17日—1924年8月15日

31、埃利希奥·阿亚拉（Eligio Ayala）1924年8月15日—1928年8月15日

32、何塞·帕特里西奥·古基亚里（José Patricio Guggiari）1928年8月15日—1931年10月25日

临时总统 埃米利亚诺·冈萨雷斯·纳维罗（Emiliano González Navero）1931年10月25日—1932年1月27日

33、何塞·帕特里西奥·古基亚里（José Patricio Guggiari）1932年1月27日—1932年8月15日

34、欧塞比奥·阿亚拉（Eusebio Ayala）1932年8月15日—1936年2月17日

1936年至1989年是巴拉圭的军事独裁时期，这53年间共有11届政府相继执政，而政府首脑中有6人是军人，其中斯特罗斯纳的军人统治延续了35年之久，其他5位政府首脑不是在军队的支持下上台执政，就是在军队压力下被迫辞职。1936年~1954年的近20年中，每一次政府更迭都是军队直接插手的结果。1954年，阿尔弗雷多·斯特罗斯纳·马蒂奥达政变上台，开始了他长达35年的独裁统治，斯特罗斯纳不仅独揽三军的指挥权，而且亲任陆军司令，把军队牢牢控制在自己手中，使军队和红党在一起，成为其独裁统治的支柱。

临时总统拉斐尔·佛朗哥（Rafael Franco）1936年2月18日—1937年8月15日

35、费利克斯·派瓦（Félix Paiva）1937年8月15日—1939年8月15日

36、何塞·费利克斯·埃斯蒂加里维亚（José Félix Estigarribia）1939年8月15日—1940年9月7日

37、伊希尼奥·莫里尼戈（Higinio Morínigo）1940年9月7日—1948年6月3日

临时总统 胡安·曼努埃尔·弗鲁托斯（Juan Manuel Frutos）1948年6月3日—1948年8月15日

38、胡安·纳塔利西奥·冈萨雷斯（Juan Natalicio González）1948年8月15日—1949年1月30日

代总统 雷蒙多·罗隆（Raimundo Rolón）1949年1月30日—1949年2月26日

39、费利佩·莫拉斯·洛佩斯（Felipe Molas López）1949年2月26日—1949年9月11日

40、费德里科·查韦斯（Federico Chaves）1949年9月10日—1954年5月5日

41、托马斯·罗梅罗·佩雷拉（Tomás Romero Pereira）1954年5月5日—1954年8月15日

42、阿尔弗雷多·斯特罗斯纳·马蒂奥达（Alfredo Stroessner Matiauda）1954年8月15日—1989年2月3日

1989年2月，安德烈斯·罗德里格斯·佩多蒂将军发动政变，推翻了斯特罗斯纳的独裁政权，巴拉圭从此开始了民主化进程，1992年6月颁布新宪法。