建州三卫，是明代在东北地区建州女真聚居地设置的三个地方军事行政机构的合称。包括建州卫、建州左卫、建州右卫。委任各部首领，俾仍旧俗，各统其属。

明初，原居于牡丹江与松花江汇流处的女真人胡里改部和斡朵里部开始向东南迁移。胡里改部迁至原渤海故地，今绥芬河流域。永乐元年（1403），明政府在此置建州卫，委该部首领阿哈出（明廷赐名为李承善，《李朝实录》作于虚出）为指挥使。斡朵里部迁至图们江流域，九年又迁至绥芬河流域，依附建州卫住牧。据《明实录》记载,不迟于十四年明政府在其地置建州左卫,委该部首领猛哥帖木儿（《满洲实录》等作孟特穆）为建州左卫都指挥使后两卫辗转迁徙。正统三年（1438）,建州卫迁至浑河上游的苏子河流域，以今新宾县老城镇为中心住牧。五年，建州左卫亦迁至此地。七年，明政府从建州左卫中析出建州右卫。委猛哥帖木儿子董山掌左卫，委猛哥贴木儿异父弟凡察掌右卫。建州三卫由此形成。

自正统年间至明末，建州三卫基本上定居于浑河上游苏子河流域，其活动地区东北至图们江流域，西南至鸭绿江下游，西至开原至辽东边墙一线。初隶属于奴儿干都司，但实际上多受辽东都指挥使司统辖。其首领受明政府册委，领奉诰印、受冠带袭衣；晋升官爵、更换书，迁徙住牧地区，都须呈报明政府批准；其军队听从明廷征调；各级首领每年都至京师（北京）朝贡，据《明实录》记载：三卫的最后一次朝贡，时间是万历二十三年（1594）。

努尔哈赤原属建州左卫，在其起兵前一年即万历十八年，还曾至京师朝贡。三卫还通过互市，以其马匹、人参、貂皮、松子等土特产换取内地的服饰、粮谷、铁锅以及耕牛、农具等。天顺八年（1464）明政府设抚顺关，专待建州三卫及依附于三卫的毛怜卫交易。

建州三卫会，以狩猎为主要生产部门，仍保持着血缘的氏族组织哈（姓），但地缘组织如嘎珊（村寨）已很普遍。明季，女真人内部发生阶级分化，出现由平民下降为属民的诸申和奴仆（阿哈），氏族贵族已拥有拖克雷（田庄），役使掳掠来的汉人和朝鲜人从事农业生产。明政府于成化三年（1467）、十四年，两次征调朝鲜军队与明军夹击建州三卫，使其遭受严重的挫伤。其后约六十年间，建州三卫对明保持着朝贡与互市。

三卫首领的世代承袭，大体为父死子继。嘉靖二十年（1541）前后，群雄争长。先是王杲自称建州右卫首领，以古勒寨（今辽宁新宾县古楼）为中心，统治三卫，遭到明军的攻击。万历三年被擒，死于京师。同时王兀堂自称建州左卫首领，崛起于今桓仁一带，其统辖之地北至清河，南抵鸭绿江下游。

万历元年，明朝边将李成梁展筑宽奠六堡（今辽宁宽甸一带）,危及建州女真的生计,招致王兀堂掠边。八年，为李成梁击败。十年，王杲子阿台重据古勒寨，数次犯边，翌年又被李成梁击杀，努尔哈赤的祖父、父均死于该役。同年，努尔哈赤起兵反明，于万历四十四年建立金，史称后金国，建州三卫结束。