主持国家社科基金项目“地市城乡经济协调发展研究”等多项国家级和省部级研究课题。出版《
区域大学的使命》等专著4部，在国内外发表《20世纪西方主要发达国家大学理念的演进》《经营大学：借用企业管理理念提高管理效益》《创建一流：体系还是大学》等学术论文60余篇，其中多篇论文被《
高等学校文科学术文摘》《人大复印资料》等转摘、转载。
2000年，主持国家教育“十五”规划课题“地市级高等教育发展战略研究”，以临沂师范学院为试点单位，全方位进行了区域大学创新试验，经过五年探索，基本完成了试验指标，构建起一个中国新型大学模型，产生了相当大的影响。
2014年4月30日，据中央纪委监察部消息，齐鲁工业大学党委书记徐同文
涉嫌严重违纪违法，
接受组织调查。
2014年7月2日，山东省纪委对齐鲁工业大学原党委书记徐同文涉嫌严重违纪违法问题进行了
立案调查。
经查，徐同文在担任临沂师范学院院长、党委书记和齐鲁工业大学（山东轻工业学院）党委书记等职务期间，利用职务之便为他人谋取利益，索取、收受贿赂；贪污公款；接受他人礼品（礼金）；与他人
通奸；违反规定经商办企业。14年里先后117次收受贿赂共计400多万元。
徐同文的上述行为已构成严重违纪违法并涉嫌受贿、贪污犯罪。依据《
中国共产党纪律处分条例》、《
事业单位工作人员处分暂行规定》等规定，经山东省纪委常委会研究并报山东省委批准，决定给予徐同文
开除党籍、
开除公职处分；将其涉嫌犯罪问题及线索移送
司法机关依法处理。
2015年6月，齐鲁工业大学原党委书记徐同文（
正厅级）涉嫌受贿、贪污一案，经山东省人民检察院依法指定管辖，已由山东省菏泽市人民检察院向山东省菏泽市中级人民法院提起公诉。
2015年10月27日， 山东省菏泽市中级人民法院一审公开宣判齐鲁工业大学原党委书记徐同文受贿、贪污案，法庭认定被告人徐同文犯受贿罪、贪污罪，决定执行有期徒刑十三年，并处没收个人财产50万元人民币(下同)。
法庭经审理查明，2000年中秋节至2014年4月，被告人徐同文利用担任临沂师范学院党委副书记、院长、党委书记、山东轻工业学院党委书记、
齐鲁工业大学党委书记的职务便利，在学校工程招标、土地使用权转让、高考招生录取、教师进修、职务晋升等方面为多家单位和个人谋取利益，本人或通过其妻
秦桂芳(另案处理)、特定关系人等索取或者非法收受贿赂折合423.491964万元。
2009年5月，被告人徐同文利用担任临沂师范学院党委书记、主持地市城乡经济协调发展研究课题的职务便利，安排时任临沂师范学院科研处副处长、课题组主要成员李波，采取虚列支出评奖材料印刷费、结题印刷费的手段，套取科研经费1.455万元，徐同文非法占为己有。
菏泽市中级人民法院认为，被告人徐同文的行为已构成受贿罪、贪污罪，依法应数罪并罚。同时，司法机关对扣押在菏泽市人民检察院的赃款355.020964万元和车牌号为鲁AQ091X的“丰田威飒”轿车一部予以没收，上缴国库。
“信仰缺位，从根基不牢到垮塌颠覆。反思自己犯错误的深层原因，是党性修养和锻炼不够。信仰、理念、人生价值目标的缺失导致我在人生道路上走向歧途，不仅没有感恩党组织、服务人民，反而突破制度的笼子、党纪国法的约束，贪赃枉法，蜕化变质。”