微生物代谢是指微生物吸收营养物质维持生命和增殖并降解基质的一系列化学反应过程，包括有机物的降解和微生物的增殖。在分解代谢中，有机物在微生物作用下，发生氧化、放热和酶降解过程，使结构复杂的大分子降解；合成代谢中，微生物利用营养物及分解代谢中释放的能量，发生还原吸热及酶的合成过程，使微生物生长增殖。内源呼吸是细胞质进行自身氧化并放出能量的过程，当有机物充足时，细胞质得到大量合成，而内源呼吸则并不显著；当缺乏营养时，则只能通过内源呼吸吸收氧化自身的细胞物质而获得微生物生命活动所需的能量。

两大类型：包括两大类型，即分解代谢与合成代谢。

分解代谢(Catabolism)

又称“异化作用”：大分子物质可以降解成小分子物质，并在这个过程中产生能量。

分解代谢的三个阶段

第一阶段：将蛋白质、多糖及脂类等大分子营养物质降解成为氨基酸、单糖及脂肪酸等小分子物质；

第二阶段：将第一阶段产物进一步降解成更为简单的乙酰辅酶A、丙酮酸以及能进入三羧酸循环的某些中间产物，在这个阶段会产生一些ATP、NADH及FADH2；

第三阶段：通过三羧酸循环将第二阶段产物完全降解生成CO2，并产生ATP、NADH及FADH2。

第二和第三阶段产生的ATP、NADH及FADH2通过电子传递链被氧化，可产生大量的ATP

合成代谢(Anabolism)

又称“同化作用”，是指细胞利用简单的小分子物质合成复杂大分子的过程，在这个过程中要消耗能量。

吸收：生物体从外界不断摄取各种营养物及能量等。

合成：合成代谢利用吸收各种营养物、中间代谢物与能量转化成自身的组成物等。

分解与合成代谢的关系

分解代谢与合成代谢两者密不可分。其各自的方向与速度受生命体内、外各种因素的调节以适应不断变化着的内、外环境。

复杂分子（有机物）经过分解代谢酶系和合成代谢酶系生成简单分子+ATP+[H] （有机或无机物）