新疆医科大学中医学院是新疆医科大学下设的二级学院。

学院的历史可上溯到20世纪40年代三区革命时期阿合买提江学校卫生班。1950年搬迁至乌鲁木齐，遂更名为乌鲁木齐卫生学校，1956年秋迁于现址。1961年改制为新疆维吾尔自治区中医学校。1985年5月31日经国家教委教计字[07]号文件批准，并经自治区政府1986年“新政办〔1986〕10号”文件决定，在原中医学校、中医医院和中医研究所基础上正式成立新疆中医学院。后于1998年4月7日经国家教育部批准与原新疆医学院合并成立新疆医科大学，并继续保持了与自治区中医院等附属单位教研医“三位一体”的格局。

1988年开始举办中医各专业、各层次的成人教育（1998年合并进入新疆医科大学成人教育学院）。1994年与上海中医药大学联合招收中医内科、中西医结合内科、针灸和医古文等专业的硕士研究生。1998年进入医科大学后的中医学院在各方面有了进一步的发展。与此同时，从2004年开始由新疆医科大学博士生导师周铭心教授独立或与上海中医药大学联合招收博士生共七名，进入了中医学院在硕士、博士培养教育方面新的历史阶段。现有中医学专业（五年制）、中西医临床医学专业（五年制）、中西医结合本硕连读专业方向（七年制）、中药学专业（四年制）及中维药资源开发与利用专业方向（四年制）以及针灸推拿学专业及针灸推拿外向型专业方向（五年制）等七个专业及专业方向。

中医专业是该院办学最早，历史、人文积淀最为深厚，影响最为深远，对新疆中医药事业贡献卓著的专业学科。本专业教育始建于1961年新疆中医学校建立之始，后经发展，至1978年开始招收本科生。就教育层次来讲，有了一个质的飞跃。其师资力量包括了历年来疆工作的专家学者，如汪大春、褚鸿义、张绚邦、刘欢祖、金洪元、沈宝藩、孙殿甲、陈坚等。1985年新疆中医学院挂牌成立至1998年两院合并前，本专业已发展为中医专业及中西医结合专业方向，三个办学层次即本科、专科及硕士研究生（与上海中医药大学联合招生），培养出了疆内及部分省市中医医疗、药学及管理部门的骨干，为新疆中医药事业的发展作出了贡献。该院中医专业借助大学办学平台，更有突飞猛进的发展。五年制中医专业与中西医结合专业方向生源充足、发展稳定；七年制中西医结合专业方向成为大学招生的热门专业，尤其是研究生教育，发展迅猛，该专业在读研究生已达133人，中医专业建设奠定了良好的基础。随着社会的发展进步，医药学教育与医药行业的竞争日趋激烈，对中医药和中医药教育提出了新的、更高的要求。面对诸多机遇和挑战，为了从发展战略高度，明确专业建设指导思想、发展原则和战略意图，制定切实可行的发展目标和计划，明确工作重点和具体任务，创造本专业发展的良好环境，抓住现有优势和有利条件，积极迎接挑战，解决前进中遇到的各方面的问题，把该院中药专业建设成为“继承不离古，创新不离宗”的具有现代化的高等中医院校的优势专业。

在新疆中医学院诞生之时，就设置了中药学专业。原新疆中医学院中药学专业是新疆办学最早，发展迅速，影响力大的学科之一。对新疆中医药事业作出了贡献。本专业教育始于1961年新疆中医学校建立之始，后经发展，至1980年开展本科时就有中药界知名专家褚鸿义、程竹安、孙殿甲、陈坚、张彦福、李永和都曾执教，培养出的学生遍及疆内及内地部分省市。中药学专业凭借大学办学平台，学科建设更是突飞猛进。又根据新疆地域特点新增加维药专业方向，尤其是研究生教育，发展迅速，本专业已具2个硕士学位点，为中药专业建设奠定了良好的基础。

1986年挂牌新疆中医学院时，即开始有针灸专业的本科招生。近三十年来，针灸专业为新疆的针灸事业发展做出了贡献，为自治区培养了大批针灸人才。活跃在新疆各大医院从事针灸工作的专家及业务骨干绝大多数均为该院针灸专业的毕业生。针灸推拿专业已是该院重点发展专业有本科、硕士层次的教育。2004根据社会发展及周边国家医疗市场的需要，开设了针灸推拿外向型专业方向。

学院现下辖两办三系（学院办公室、教学科研办公室和中医系、针推系以及中药系）五个正处级内设机构和一个正科级学生工作办公室，共有教职员工78人。其中党政和教学管理人员14名、教师教辅人员64名。14个教研室，1个实验中心，有一个近千种（含部分维吾尔民族药）药物的校级中维药标本馆。药物蜡叶标本馆、中药样品馆、药用植物标本园和设施齐全的实验室正在建设之中，将为培养现代中药人才提供优良的环境，为中药现代化发展提供强劲的智力支持。

学院一直坚持“特色办学、科研强院”的办学理念，科研成果斐然，在2003-2006三年中：

1、共有科研课题51个，其中国家级4项，省级7个，厅局级19个，校级21个。

2、出版著作和教材16部，共发表论文195篇，其中在核心刊物上发表102篇，省级83篇，学术会议交流10篇。

3、《中医期刊论文计量研究》于2002年获自治区科技进步三等奖。

40多年来，学院为中医药行业输出了大量的专业人才。

多年来学院坚持教书育人宗旨，弘扬民族精神，倡导科学思维，实施素质教育，把人文理念灌注于中医学教育全过程，为边疆培养各类高级中医药人才6300余人，其中少数民族约1000余人。他们遍布天山南北，已成为“留得住、信得过、用得上”的专家教授、中高级干部和学术带头人。陶亮、王力等已成为企业家，维吾尔族女医生祖丽培叶等已成为全国和全区的先进标兵。太极剑、太极拳等传统体育项目曾在全国大学生运动会和全国高等中医药院校运动会上夺金捧银，成绩喜人。同时，学院凭借特有的地缘优势和改革开放的东风，先后接待了美、日、法、俄等30多个国家、地区政要学者的来访诊疗，也有数十位专家学者组团出访进行讲学诊疗和学术交流，并受到有关国家总统等政要的接见和赞许，扩大了中医在周边国家的影响和知名度。