新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区位于新疆塔城地区裕民县、托里县境内，地理坐标为东经82°26’~83°13’，北纬45°42’~46°03’，总面积为115037.3公顷，由东西两个区块组成，西区块是野巴旦杏保护区区块，面积为1832.0公顷；东区块是巴尔鲁克山林场区块，面积为113205.3公顷。

新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区位于新疆塔城地区裕民县、托里县境内，地理坐标为东经82°26’~83°13’，北纬45°42’~46°03’。

新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区所处的巴尔鲁克山是西天山余脉，介于天山山脉和阿尔泰山脉之间，整个山脉呈中高山型，全长250公里，最宽处80公里，平均海拔2000多米，地貌以高山、丘陵、谷地、平原为主。山体岩层大部分属于古生代的奥陶纪和志留纪，主要有厚层砂岩和页岩构成。

新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区属于温带大陆性干旱气候，年均温6.6℃，最高气温41.8℃，最低气温-35.9℃。

新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区总面积为115037.3公顷，由东西两个区块组成：西区块是野巴旦杏保护区区块，面积为1832.0公顷，占保护区总面积1.6%；东区块是巴尔鲁克山林场区块，面积为113205.3公顷，占保护区总面积的98.4%。保护区地跨塔城地区裕民、托里两县，其中裕民县境内面积为102958.4公顷，占89.5%；托里县境内面积为12078.9公顷，占10.5%。

新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区主要保护对象为新疆野苹果等种质资源与雪豹等重点保护野生动物，雪岭云杉林和野巴旦杏林等森林生态系统。

截至2015年，新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区内高等植物有81科444属1244种；苔藓植物有29科51属80种；山区包括天然林6800公顷，疏林地3000公顷，灌木林地面积13867公顷和野生巴旦杏林1600公顷。其中木本植物有107种。野生植物有欧洲荚莓、雪岭云杉、天山樱桃、野巴旦杏、野苹果、野蔷薇、贝母、块根芍药、阿魏等，其中濒危珍稀植物有65种。

截至2015年，新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区内野生动物59种，鸟类149种，各类昆虫585种，其中国家一级重点保护野生动物有金雕、北山羊、大鸨和雪豹4种，国家二级重点保护野生动物有棕熊、鹅喉羚和马鹿等44种。

新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区管理机构为新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区管理局，其下设三个管护站，在托里县巴尔鲁克山林场挂牌设立新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区托里管护站，保护面积为12078.9公顷；在裕民县巴尔鲁克山国有林管理局挂牌设立新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区裕民管护站，保护面积为102958.4公顷；在塔城地区巴尔鲁克山自然保护区管理局挂牌设立新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区野巴旦杏管护站，保护面积为1832.0公顷。三个管护站由保护区管理机构统一领导、协调，各管护站所在地的林场场长分别兼任管护站站长。

1980年，塔城地区成立了野巴旦杏自然保护管理所，为保护野巴旦杏奠定了基础。

2005年，更名为巴尔鲁克山自然保护区管理局，配备工作人员19名、明确了土地所有权和管理权，并开展了多项保护基础设施建设。

2009年，塔城地区邀请了新疆大学专家对区内动植物资源与森林植被进行了科学考察，对动植物物种、区系地理成分、植被类型进行调查研究，建立了较为完整的区内野生植物标本和照片样本材料，先后编制完成了综合科学考察报告、《巴尔鲁克山自然保护区总体规划》。

1980年，经自治区人民政府批准的“新疆野巴旦杏林自然保护区”，总面积为1832公顷，是新疆建立的首批自然保护区之一。

2005年1月，巴尔鲁克山林场部分范围也纳入到保护区内，并更名为“新疆巴尔鲁克山自然保护区”。更名后的保护区总面积11.51万公顷，由东西两个区块组成：西区块是野巴旦杏保护区，面积占保护区总面积的1.6%；东区块是巴尔鲁克山林场。

2012年，经自治区人民政府同意，正式推荐巴尔鲁克山自然保护区晋升为国家级自然保护区。

2013年3月，全票通过国家林业局的评审；12月19日，通过国家级自然保护区审核委员会的评审。

2014年12月5日，国务院办公厅印发《关于公布内蒙古毕拉河等21处新建国家级自然保护区名单的通知》，批准新建国家级自然保护区21处，其中包括巴尔鲁克山国家级自然保护区。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区入选。

巴尔鲁克山自然保护区是塔城地区植物物种基因库、西北生态屏障和野生动物栖息的乐园。在保护珍稀濒危植物，维护区域生物多样性，促进当地社会经济可持续发展，优化当地及周边区域生态系统上起到不可估量的作用。

巴尔鲁克山国家级自然保护区内现存有世界最大面积的野巴旦杏林2.4万亩，具有重要的科研和保护价值。

乘车路线：景区内公共交通不太方便，游客可以乘坐长途车抵达裕民县城，后找当地的旅游车或包车前往。

自驾路线：塔城地区走S201→S221→S318即可；乌鲁木齐方向走连霍高速→G312→S305→S205→S318即可。