昌吉国家农业科技园区于2002年经国家科技部批准成立，是全国36家农业科技园区之一，也是新疆地方唯一的国家级农业科技园区。根据国家科技部和区、州党委、人民政府的有关要求，园区的主要功能和任务是：发挥农业科技园区农业科技示范与辐射功能、现代农业科技的孵化功能和新型农业科技人才的培训功能，加强农业技术的组装集成和科技成果转化，促进传统农业的改造与升级，为加快昌吉州乃至新疆现代农业的发展起到积极的示范、带动作用。
2022年4月，国务院发布《国务院关于同意建设新疆昌吉国家农业高新技术产业示范区的批复》国函〔2022〕37号，同意将新疆昌吉国家农业科技园区建设为
新疆昌吉国家农业高新技术产业示范区，纳入国家农业高新技术产业示范区范畴管理并享受相关政策。
新疆昌吉国家农业科技园区于2002年经国家科技部批准，是全国第二批国家级农业科技园区试点单位,全国36个国家级农业科技园区之一，是新疆地方第一个国家级农业科技园区。 园区地处
准噶尔盆地南缘、天山北麓的
昌吉市，距新疆首府
乌鲁木齐市35公里，距乌鲁木齐国际机场18公里。位于新疆经济发展最具活力的天山北坡经济开发带的前沿，是天山北坡经济带和乌昌都市经济协作圈的核心区，北疆铁路、乌奎高速公路、312国道穿境而过。这里民丰物阜，人杰地灵，有着厚重的农业文化积淀。
园区的总体布局分为核心区、示范区、辐射区。核心区以昌吉市为主，示范区以昌吉州为主，辐射区以天山北坡为重点，辐射南北疆各地。总规划面积49.8万亩，其中核心区3.6万亩（集体土地和部分国有土地），示范区46.2万亩（国有土地）。2004年园区实现
国内生产总值4.5亿元，完成出口创汇70万美元。
园区自成立以来，始终按照《农业园区指南》的要求，积极探索，开拓创新。自治区党委、人民政府高度重视园区的建设与发展，2002年10月下发了《关于昌吉国家农业科技园区建设有关问题的批复》等文件，成立了“新疆昌吉国家农业科技园区建设协调领导小组”和办公室，领导小组由自治区副主席担任，昌吉州州长和自治区科技厅厅长任副组长，成员由自治区计委、财政厅、科技厅、农业厅、水利厅、国土资源厅、建设厅、林业局、工商局、地税局、乌鲁木齐高新技术产业开发区以及金融、科研等单位的分管领导组成。园区协调领导小组办公室由昌吉州分管副州长担任，自治区科技厅一名副厅长任办公室副主任，成员由
昌吉市人民政府、昌吉州计委、财政局、科技局、农业局、水利局、
国土资源局、建设局、林业局、工商局、地税局、金融等单位的主管领导组成。2003年3月20日，昌吉州党委下文成立了昌吉国家农业科技园区管理委员会和党工委，实行一套机构，两块牌子，正县级建制。主要行使计划、财政、外贸、规划、建设等经济管理和行政管理权限。2003年4月29日园区管委会正式挂牌成立。园区管委会内设置6个职能部门：办公室、财政局、产业发展局、招商局、规划建设环保局、高新农业发展局。工商、税务、国土资源等实行垂直管理的部门在园区设立了分支机构和派出机构。管委会列事业编制45名，其中领导职数（专职）4名，科级职数12名。
政府引导、企业运作、中介参与、农民致富。园区发展理念建设新疆现代农业的绿色“硅谷” 发展思路 按照自治区农业结构战略性调整的基本要求，围绕昌吉州农业产业链的实施，充分发挥昌吉地区的资源优势，以市场为导向，以社会化服务为手段，突出昌吉特色，加强农业技术的组装集成和科研成果产业化快速发展，以改革创新为动力，完善运行机制，吸引和培养一支高水平、高素质的农业科研和营销队伍，促进体制创新和科技创新，把农业科技园区建成集科研、试验、示范、推广、培训、旅游观光于一体的多功能的农业现代化基地。 功能和任务 通过科技创新和技术集成与示范、推广，充分发挥昌吉特色农产品资源优势、科技优势，发挥园区农业科技示范与技术辐射功能，现代化农业科技产业的孵化功能和新型农业科技人才的培训功能，促进农业、畜牧业、林业、水利、农机、加工等整体发展水平，实现优质农产品生产标准化、专业化和产业化，提高农产品加工的附加值和国际竞争力，提高农业整体效益，增加农民收入，改善生态环境，带动自治州乃至全疆农业结构调整和区域经济快速发展。
结合昌吉州及全区的实际，根据区、州农产品资源优势的特点，大力发展一批科技含量高、国际竞争力强的农产品。努力把昌吉国家农业科技园区建成农业技术组装集成的载体，市场与农户连接的纽带，现代农业科技的辐射源，人才培养与技术培训的基地，建成适合昌吉特点的高新科技农业种植及示范基地、适合新疆特点的农副产品加工中心，为提高昌吉乃至全疆农业的整体效益，加速农业产业化与现代化进程做出积极的贡献。?
园区总体布局分为：核心区、示范区和辐射区，以昌吉市为主建设核心区，以昌吉州为主建设示范区，以天山北坡经济带为重点，辐射全疆各地。以核心区为技术依托，通过核心区，示范带动昌吉州周边县市农业科技的延伸发展，以昌吉为轴心，以天山北坡经济带为重点，辐射带动南北疆各地，引领全疆农业发展高新技术，使昌吉国家农业科技园区的先进技术和农业示范区发展模式在全疆得到推广，促进新疆
农业产业结构的优化升级。
按照科技部《农业科技园区指南》和《农业科技园区管理办法（试行）》，以及《关于加强“国家农业科技园区”工作的补充通知》等文件精神，围绕新疆农业结构调整的基本战略，突出地方特色，本着“适度超前，循序渐进，持续发展”和“内容建设高标准、形象建设精品化”的原则，委托中国农业大学编制完成了《昌吉国家农业科技园区发展总体规划》，并通过专家初步论证。正在编制核心区、示范区土地利用总体规划、基本建设规划、林业发展规划、水资源利用总体规划和农场庄园规划等控规和详规。核心区规划：核心区规划面积3.6万亩，前期规划主要以西域集团和周边原昌吉市六工部分村组的土地，以及
新疆农业职业技术学院为主。设置7大功能区：研发信息培训区、良种繁育区、特色作物区、绿色无公害蔬菜区、观光旅游农业区、综合创业区、农科贸市场区。示范区规划：示范区前期规划主要以原昌吉市老龙河和牛圈子湖地区开发和未开发的国有土地为主，总面积46.2万亩，以新疆特色产业制种、棉花、绿色无公害农产品、畜牧、农产品加工、特色旅游等为主导产业，带动相关产业的发展。