鸦片战争以后，英、法、美、德、俄、日等帝国主义国家相继侵入中国，他们用洋枪火炮打败了腐朽的清政府，迫使签订了一个个丧权辱国的不平等条约，使中国迅速沦为半殖民地的国家。特别是在1896年前后，外国列强在中国神圣国土上任意划分势力范围，对中国加紧进行军事，政治侵略和经济掠夺。清政府逆来顺受，屈膝求和。在仇视外强的条件下，阴差阳错地与中国传教士发生误会，至此酿成巨野惨案。

1897年11月1日夜，阴云密布。十多个手拿匕首，短刀的人，闯进磨盘张庄教堂，杀死了德国神甫能方济和韩理迦略。能、韩二人原本分别在阳谷和郓城一带传教，因去兖州

1897年11月13日，即教案发生后的第12天，德政府派军舰多艘，强行占领胶州湾，迫使清政府签订了丧权辱国的中德《胶澳租界条约》。惩办了山东巡抚李秉衡、兖沂曹济道锡良、曹州镇台万德力、巨野知县许廷瑞等近十名地方官；赔银20万两，并在巨野、济宁、曹州等地建造教堂及传教士防护住所。从此山东成了德国的势力范围，正如当时日本《外交时报》所称：“华政府于山东一举一动，皆受德人指使，似满洲之实权归俄人掌握。彼山东之实权，亦将归诸德人矣。”

巨野教案已成为历史长卷中的一页，它记载着中国人民反帝反封建斗争的光辉史迹。也饱含着外来侵略的欺凌和耻辱，这一切将被中华民族后世子孙永远铭记在心。

巨野教案遗址位于山东省菏泽市巨野县城东北5公里的麒麟镇磨盘张庄（现为北张庄）村内，为省级重点文物保护单位。可惜的是，磨盘张庄教堂于1967年被拆除，唯神甫用的椅子，大床，教堂门窗幸存，为县文物管理所收藏，原教学遗址尚存当年水井一眼。1977年，巨野教案遗址被公布为省级重点文物保护单位。

光绪十六年（公元1890年），德国夺得法国在山东传教的护教权后，开始在山东积极进行传教活动。巨野县磨盘张家庄教堂德国天主教神父薛田资（公元1869年―1928年），在当地发展教会势力，唆使教徒欺压平民，激起公愤。

二十三年十月初七（公元1897年11月1日）下午，分别在阳谷和曹州郓城一带传教的德国天主教神父能方济（公元1859年―1897年）和韩·理加略，来到张家庄，参加天主教纪念“诸圣”的例会“诸圣瞻礼”。薛田资因能方济和韩·理加略是来客，就把自己的寝室让给两人住，自己住于门房里。当天晚上，天下小雨，约11时，巨野县大刀会组织会员和民众惠二哑巴、雷协身、萧盛业、姜三绿、张允等二、三十人手持刀、红缨枪进入教堂院子里。他们见堂内已经熄灯，就砸开西边窗户，杀死能、韩两人。躲在门房里的薛田资则侥幸逃命。

早在光绪二十一年至二十三年曾几次向清政府要求租借东南沿海港湾的德国政府，即以此为借口，于二十三年十月二十日出兵强占胶州湾，并强迫清政府签订《胶澳租界条约》，允许德国租借胶州湾、在山东享有修筑胶济铁路和开采铁路沿线矿产等特权。

在强占胶澳之后，德国天主教会以军事力量做后盾，迫使清政府在谈判方面作出如下决定:

巨野教案发生后，天主教会由于有本国军事势力做后盾和清政府地方官吏的悉心庇护，对中国人民的压迫、敲诈更加残酷，为所欲为，飞扬跋扈。张家庄常有教民指控某某为大刀会员，某某参加过杀教士事件，唆使清廷捕杀。有的教民还公开抢劫大刀会家属的财产，强迫他们为教会做苦工。正是在这种情况下，反教会侵略斗争的怒火又燃烧起来。巨野教案和“大足教案”“冠县教案”，堪称19世纪末揭开义和团运动序幕的三大教案。