布衣。少学制科，谢去，从杜琼游，曾在荻扁王氏教塾，得诗句“万事不如杯在手，一年几见月当头”，吴中诗坛皆激赏之。朱存理博学能文，精鉴别，富收藏，和
朱凯（字尧民）同称“二朱先生”。两人皆不乐
仕进，又不愿随俗为尘，以藏书赏鉴为乐。富于收藏，赏鉴既高，考证亦精。闻人有异书秘册，必访求，访求必得方休。群经诸史，下逮稗官小说，无所不收。喜抄书，与吴宽、都穆诸藏书家争相抄书，先后藏书达10万余卷。通书法画理，尤精篆隶楷法。濡染之余，遂善书、画。尤精
篆、
籀、
楷法。
著有《
珊瑚木难》此编记其所见书画，备录其中诗文题跋，有世所罕睹者均附录。随见随录成册，不分时代先后。每种有自评，并系以跋语。清乾隆间翁方纲节录其真迹稿本，并加以手抄整理，现收藏于湖南图书馆。以出于文徵明、文嘉、王穉登、王腾程四家收藏者为多。明以前著录书画之书，均不录原文及题跋款识，至朱氏此编始录之，实为首创。惜因辗转传写，讹脱颇多。其中《珊瑚木难》8卷保存了《凤台集序》，是现存唯一评论
高启在
金陵的诗歌论文。纂辑有《经子钩元》、《吴郡献征录》、《名物寓言》、《野航漫录》、《鹤岑随笔》、《铁网珊瑚》、《楼居杂著》、《经孝录》等。