崇祯十一年（1638），清兵攻下山东各州县，昌祚年12岁，被掳往北方。后隶属于汉军镶白旗，官至
宗人府启心郎，
顺治元年（1644），随清兵入关，十八年（1661）由
工部侍郎任浙江
巡抚。主要政绩有平盗贼、减赋税、免欠饷、抚难民、除兵役等12项，均载入史册，被称作名宦。在任期间，大旱不雨，灾情严重，他劝说富户献粮，请求
朝廷赈济，自己也得捐出
俸禄救济灾民。由于他的积极操劳，得以全活的民众达数10万人。3年后，迁
江西总督，未到任。再迁
兵部尚书，督燕、
鲁、
豫3省。此时
辅政大臣鳌拜肆意圈地，令昌祚及尚书
苏纳海、
巡抚王登联理其事，昌祚毅然抗奏，力陈其不可。
鳌拜以忤己意，大怒，将昌祚及其子与王登联立绞。
康熙亲政，
鳌拜伏罪，知昌祚冤，诏复原官，赐祭葬，子朱绂以荫入监，官
大理寺卿。