日军到达锦山以后，
全罗道的治所移往
全州。权栗率军前往全州的大门梨峙，以遏日军兵锋。权栗亲自监阵，如有退却，立即斩首。民兵首领
黄进被火铳击中，依然奋勇战斗。权栗战胜了小早川隆景的偏师，并收复了全罗道。
朝鲜朝廷嘉奖了权栗的功绩，于次年任命他为全罗道观察使兼巡察使。权栗组织了民兵和僧兵共计一万余人，前往
京畿道，试图收复
汉城。途中继续募兵，兵力达到二万人。权栗到达
水原附近的秃城驻扎。日军
宇喜多秀家包围了该城达一个多月，城内断绝了水源。权栗急中生智，命令将几匹战马牵到城墙之上，用米饭洗马，使之就像用许多水冲洗过一样。日军本想使城中断绝水源而投降，见了此景，只得退回汉城。权栗趁机出击，击毙日军百余人。此战之后，
朝鲜纯祖在秃城的最高处建立“洗马台”，以示纪念。同时命令权栗向北攻击汉城的日军。（此战记载来源于赵庆男编纂的《乱中杂录》）
权栗率所部4000人到达破败的城堡——汉城附近的幸州山城。此时，日军在
碧蹄馆之战中被中国明朝军队击败，日军一路逃窜又对幸州山城附近朝鲜军的到来感到畏惧，于是组织了
宇喜多秀家、
小早川秀秋、
小早川隆景、
黑田长政、
小西行长、
石田三成、
吉川广家等部，共计三万人，围攻幸州山城。权栗率4000人奋战，使用从中国明朝引进的火车和飞击震天雷等武器，击退了日军的进攻。这次战斗就是历史上的
幸州大捷。
权栗虽然击退了日军，但所部也伤亡惨重，日军再次进攻幸州，权栗只能放弃幸州，退往坡州据守。同年6月，在
第二次晋州城之战中，权栗主张迎击日军，并于
咸安郡截击日军。然而，日军使用火铳攻击，权栗军大败，退往
全州。
后来权栗被任命为
都元帅，成为朝鲜全国抗日的总指挥。由于他使用非常粗暴的手段对待逃兵，曾经被朝鲜朝廷免职，但不久即官复原职。1597年，日军再次入侵朝鲜，朝鲜方面称
丁酉再乱。权栗命令朝鲜水军攻击日军，但水军总司令
元均却对此持消极的态度。权栗大怒，以鞭鞭打元均，胁迫其出战。元均被迫出击，在漆川梁海战中遭到日军
藤堂高虎的袭击，大败身亡。此后，日军席卷了
全罗道、
忠清道等地。朝鲜将军
李舜臣最终取得鸣梁大捷（该战役有争议，这里采取朝鲜说法）为明军和朝军赢得了时间。不久以后，权栗配合明军
麻贵部计划攻击日军正在建造的
蔚山倭城。权栗欲冒进，指挥官麻贵却要求他撤回。两军的意见不统一导致了失败，日军在次年的蔚山城之战中大败明、朝联军。9月至10月间，又在
顺天城之战中战败。
1598年，
丰臣秀吉去世，日军退出朝鲜。次年，权栗辞职还乡，同年7月病死。死后，被朝鲜朝廷追赠
领议政的官职，谥号忠庄。与李舜臣、元均同授一等宣武功臣。
韩国海军世宗大王级驱逐舰第三艘命名为“权栗号”作为纪念，弦号是DDG 993。