1884年(高宗二十一年)十月十七日夜,
金玉均等
开化党人在
日本的帮助下发动“
甲申政变”,将
朝鲜高宗和王室从
昌德宫劫持到
景佑宫。时任
兵曹判书的李载元闻变后赶赴景佑宫,不过并未召他进入,其他被召入的大臣
闵泳穆、
赵宁夏、
闵台镐等都惨遭开化党杀害。第二日拂晓时,才将在景佑宫外守候了一夜的李载元召入宫中,随后他被
开化党推戴为议政府
左议政(
金玉均《
甲申日录》记载李载元为
领议政,应为讹误,此处以《高宗实录》及李载元本人的记录为准)。据
金玉均记载,他招李载元入景佑宫后,“与之倾谈时事之难,有此改革之举,
李辅国(李载元)乐以从之”,但李载元的日记却称自己是被胁迫的。
其后,高宗要求移驾
昌德宫,遭到
开化党反对,随即按照开化党的意思,在十月十八日巳时将高宗和王室暂时安置在桂洞李载元家。后来高宗招来
日本驻朝公使
竹添进一郎,在竹添的干涉下才让开化党同意回
昌德宫,于是在这日下午高宗一行又离开李载元家,回
昌德宫。李载元与其堂弟李载完在政变中始终侍奉高宗左右,到十月十九日下午,
袁世凯率领驻朝清军攻入
昌德宫,与日军及
开化党作战,李载元又侍奉高宗离开
昌德宫,李载完则背着
世子李坧逃走,后来由于“软弱不胜其力”而改由一名武监背负。高宗走到
昌德宫后苑
大报坛时,被日本兵及开化党劫走,李载元与李载完双双翻墙逃脱。
后来高宗为清军救出,李载元又前往清军大营谒见高宗。到十月二十一日,李载元“始得收拾心神而思之,吾为左相乃凶贼之胁制,则万无行公之道”,因此上疏请求高宗罢免其
左议政职位,于是他在
甲申政变后又还任
兵曹判书。
1885年夏,李载元再度被外放为江华留守。这时,亡命
日本的
金玉均图谋反攻
朝鲜,高宗对此感到恐慌,遂授意曾卷入
甲申政变的李载元假装和
金玉均交好,以便打探金玉均消息,并伺机将其诱回国内捕杀。李载元便用
谚文致信于金玉均,对
甲申政变失败佯表遗憾,约金玉均回国共谋大举,并“许为内应”。该信由
朝鲜间谍张殷奎(又名
张甲福)前往日本送抵金玉均,
金玉均看后大喜,其后回信三封。在金玉均的第一封回信中,详细阐述了他的反攻计划,并要求李载元负责“多结内应之人”,对中国人“外示亲密”,对
事大党假装“殷勤深结”,用金钱谋得营使或江华留守的职位,掌握军队,暗中招募敢死之士,所需活动经费,他可在日本设法筹措,并特别指示他要离间
闵泳翊和
闵应植之关系。
金玉均本人则负责在日本活动,并称在300年前
壬辰倭乱中被掳到
日本的朝鲜人后裔中随时可以招募千人,打回
朝鲜,“大监(指李载元)周旋于内,生(指
金玉均)周旋于外,内外相应,事可必成”。金玉均在其后两封回信中又提出联合
大院君的主意,但他表示不会轻易回国。
金玉均的反攻计划在朝鲜引发恐慌,后来由于
大阪事件的发生,其计划才破产了。
1887年,李载元因涉嫌支持
开化党而遭到两司(
司宪府、
司谏院)弹劾,要求对其予以调查审讯,
朝鲜高宗虽然没有同意,还任命李载元为
礼曹判书,但李载元迫于两司压力,抗旨不敢赴任,于是高宗先后下令将他流放到
京畿道安山郡和平泽县,两个月以后释放,任判
敦宁府事。1891年(高宗二十八年)二月十九日,李载元病卒,享年六十一岁,高宗赐
谥号“孝贞”。
大韩帝国建立后,李载元于1899年(
光武三年)被追赠为“完林君”。
李载元著有《立朝录》五册,以
日记形式记录他从1849年到1885年期间的从政经历。