扁形动物的神经系统比腔肠动物有显著的进步。表现在神经细胞逐渐向前集中，形成脑及从“脑”向后分出若干纵神经索（longitudinal nerve cord）,在纵神经索之间有横神经（transverse commisure）相连。在高等种类，纵神经索减少，只有一对腹神经索发达，其中有横神经连接如梯形（或称梯式神经系统）,脑与神经索都有神经纤维与身体各部分联系，但仍然没有出现神经节。可以说扁形动物出现了原始的
中枢神经系统（central nervous system）。这种神经系统虽比腔肠动物的
网状神经系统高级，但它又是原始的,因为神经细胞不完全集中于“脑’，也分散在神经索中。