寿永元年(公元1182年)8月12日,在
镰仓的比企能员家中,
北条政子产下了
源赖朝的嫡子万寿(后来的二代将军
源赖家)。由于能员的养母比企尼乃是源赖朝的乳母,并且自源赖朝被流放
伊豆时就一直跟随其左右照料支持,前后长达20年,所以一直以来深得源赖朝的尊敬信任。在比企尼的推荐之下,比企能员夫妇遂成为了源赖家的乳父母。
文治5年(公元1189年)的奥州合战中作为北陆道大将军、
建久元年(公元1190年)平定大河兼任叛乱中作为东山道大将军出阵。同年又随源赖朝进入京都,担任了右卫门尉,此后被任命为
上野国和
信浓国守护。
建久9年(公元1198年),女儿若狭局成为源赖家侧室,并为其生下长子
源一幡,作为外戚的比企能员的权势大振。
正治元年(公元1199年),源赖朝去世后,成为镰仓幕府执政团体十三人合议众一员,并被认为在排挤梶原景时的行动中扮演重要角色。
据
北条氏所编纂的《
吾妻镜》记载,
建仁3年(公元1203年)8月,二代将军
源赖家病笃,源赖朝岳父
北条时政准备让赖家之子
源一幡领有关东28国,赖家之弟
源实朝领有关西38国,实现分权统治。作为源一幡的外祖父,比企能员自然对这一安排不满,于是向
源赖家告发
北条时政谋反,赖家也下令比企能员讨伐北条时政。但是这一密谋却被赖家之母的北条政子听闻,于是政子向其父时政告发密谋。北条时政先是争取到了幕府另一实权人物
大江广元的支持,然后以讨论佛事为名,邀请比企能员前往其家。不知密谋已泄露的比企能员拒绝了家人的劝阻,身着常服前往北条时政家中,刚进入屋内,便被时政手下武士杀害。
在得知比企能员被杀之后的比企氏一族逃往源一幡所居住的小御所进行防守,但北条时政随即率大军前来,并纵火焚烧小御所,包括源一幡及其生母若狭局在内的比企一族全部丧命。比企能员的嫡子余一兵卫尉化女装出逃,之后也被抓捕斩首,并将残留的比企氏亲旧党羽全部诛灭。
关于比企氏之乱,京都方面的《愚管钞》记载,二代将军
源赖家病重后有意出家,并准备让嫡子源一幡继承将军之位。害怕作为源一幡外祖父的比企能员势力做大,
北条时政遂将能员约出杀害,赖家也在逃往
大江广元家的路上被刺杀,源一幡被其母抱出潜逃,但不久也被
北条义时捕获并杀害。