酶的活性位点通常是蛋白质表面一个能够让底物结合和嵌入的凹陷或裂隙，底物通常通过不同的相互反应
结合位点上与现存的
氨基酸结合，如：氢键、
离子键、
范德华力相互作用或
偶极-偶极相互作用。例如，底物可能通过氢键结合在
丝氨酸残基上，也可通过离子键结合在
天冬氨酸残基上，或通过范德华力结合在
苯丙氨酸残基上。这些结合作用必须足够大才能使底物在
酶催化反应中与受体充分结合，但一旦有产物生成，这些结合作用减弱以保证产物能解离出来。
由于过量的
键合反应存在，可造成
酶抑制剂粘附在结合位点并锁住此位点，这对与酶抑制剂的设计是非常重要的。