生化工程国家重点实验室依托中国科学院过程工程研究所。生化工程（Biochemical Engineering）兴起于20世纪80年代，涉及规模化制备生物产品过程的理论和应用基础，是生物学、化学和工程学的交叉学科。1988年，在我国生物学家和化学工程学家的联合建议与支持下，国家计委批准中国科学院过程工程所（原化学冶金研究所）利用世界银行贷款筹建生化工程国家重点实验室。1995年，实验室建成并通过国家计委组织的验收，2001年通过了国家科技部、国家自然科学基金委员会组织的评估。实验室主任为苏志国研究员，学术委员会主任为杨胜利院士。

实验室的学术方向是研究生物培养和生物分离过程的放大理论和技术，实现生物制备过程的优化。主要研究内容涉及动物、植物、微生物细胞规模化培养过程的代谢调控，侧重于具有节能、封闭性能好等特点的新型气升式和具有省水、使用廉价培养原料特点的固态式生物反应过程，探索传质理论、周期振荡理论和代谢调控理论的应用；在生物分离纯化上，针对生物技术产品纯度要求高、产品容易失活的特点，研究在分离纯化过程中保护蛋白质活性技术，开展蛋白质折叠复性、蛋白质的吸附分离、天然产物的吸附分离、蛋白质化学修饰、生物药物控释载体、生物分离介质的制备等。

自1996年以来承担了国家863计划、国家科技攻关计划、国家自然科学基金、国际合作和省部委重（大）点项目以及各种横向协作项目100多项。研制成功了大规模动物细胞培养反应器、半浸没式植物组织培养反应器、大型气升式双环流反应器、周期振荡环流反应器等新型生物反应器；研制出新型高效青霉素萃取破乳剂系列产品；提出了高分子伴随式生化分离新工艺，大幅度提高了蛋白质的提取收率和纯度；用分段多次结晶新工艺制备羟基磷灰石；发明了流态化成型干燥新技术、新设备及双水相法制备微载体技术。共获得国家科技进步二等奖1项，中国科学院科技进步奖一等奖2项、二等奖1项、三等奖6项；发表论文600多篇，其中国际学术期刊近200篇，SCI索引160多篇；学术专著4部；申请发明专利73项，已批准21项；技术应用推广60多项。

实验室建设了一支年轻、高水平的研究队伍，其中有苏志国、刘会洲、马光辉3人获得了国家杰出青年科学基金，苏志国和马光辉2人进入中国科学院“百人计划”。学术队伍中90%为研究生毕业，获得博士学位的占60%。九六年以来，利用各种渠道将20名青年骨干送往国外攻读、进修、合作研究。在本实验室承担的100多项国家级项目和省部委重点项目中，80%是不到45岁的年轻人任项目负责人或实质上的负责人。在研究生培养上，设有生物化工博士点和硕士点，已培养博士生42名，硕士生75名；其中80%以上获院长奖学金、所长奖学金及中国科学院“亿利达”等奖学金。本学科还设有博士后流动站，已有10名博士后出站，成为本实验室和国内外其它单位的生化工程科研开发骨干。实验室设立开放基金，采取公开申请、学术委员会评审程序，欢迎海内外学者申请。自1996年以来，本实验室共审批了20多项开放基金课题，其中国内外单位承担的课题占60%以上，平均每项资助5万元人民币。一部分开放课题已经转为国家级研究项目，另外一部分课题促进了生物技术上下游单位的合作，取得了优异成果。实验室对客座研究人员给予生活、科研条件的照顾，采取优于固定人员的一系列经济贴补政策，根据实验室制定的标准，给予客座人员生活补助费。

实验室拥有大型仪器多台，其中包括多用途自动高压液相色谱、大容量冷冻离心机、超高速离心机、蛋白及单克隆抗体提纯中试层析系统、葡萄糖乳酸生化分析仪、二极管矩阵紫外分光光度计、毛细管电泳系统、连续膜过滤系统、层析工作站、蒸发光检测器、激光散射器。其中的HP色谱-Finnigen多级质谱联用仪是国内外最先进的色质联用设备，面向全国服务，已成功地为多家单位测量了蛋白质、核酸、天然产物和有机化合物的分子量。实验室有自行研制各种发酵罐和分离纯化设备的能力，已经研制并向国内单位提供多台动植物、微生物细胞培养反应器和分离纯化介质、设备。与实验室密切合作国家生化工程技术研究中心（北京）拥有500立升发酵和提取规模的中试实验室。

加强原始性创新，紧密配合我国生物技术的发展，与其它生物技术实验室合作，发展生物产品规模化制备技术的平台，特别是生物药物和天然产物制备技术平台、可再生资源利用技术平台、生物脱初污染和生物剂型制备技术平台等。