生态河道是具有良好的整体景观效果；合理的生态系统组织结构和良好的运转功能；对长期或突发的扰动能保持着弹性、稳定性以及一定的自我恢复能力；河道整体功能表现出多样性、复杂性，能够满足所有受益者的合理目标要求。

生态河道的第一层内涵是河道内流水生态，河道生态主要由河流中的水生生物系统组成。河流中的水生生物系统由分解者、生产者和消费者所组成。水生生物系统中的分解者主要是异养生物，通常指细菌、真菌、放线菌等微生物，他们将有机质经过自身分解之后转化为无机物，最终返还到水生环境中。水生生物系统中的生产者主要是水生植物，包括沉水植物、挺水植物、浮叶植物、以及一些浮游植物。这些水生植物能通过叶绿素的光合作用将微生物分解的无机物合成有机物供消费者食用。水生生物系统中的消费者主要包括浮游动物、大型无脊椎动物和鱼类等水生动物。除了水体中的动植物本身外，其他影响水生生物生存的环境条件、物质代谢原料等因素也构成了它们的生境。

生态河道的第二层内涵是河道护岸的生态。河道护岸是河流与陆地的过渡地带，紧密连接了水陆带，是生态河道水体运动的外边界条件，是生态河道稳定的关键地带。河道护岸带主要由护坡、小型动物、水生植物以及微生物构成。河道护岸带植物可以缓冲水流，河道流速和对陆地的的侵蚀速度，水生植物根系一方面可以吸收氮磷等营养物质，另一方面可以增强河道护岸的稳定性。河道护岸带可以通过过滤、渗透、吸收、滞留、沉积等机械、化学和生物过程，使进入河道水体的径流污染物毒性减弱、污染程度降低。河道护岸带还能影响河道的泥沙搬运和沉积。

生态河道是通过在传统的河道建设和整治中加入生态学原理，并根据河道现状和功能，对工程进行生态设计，构建符合流域及地域生态特征的河道水生态系统和河岸生态系统，创造适宜河道内水生生物生存的生态环境，形成物种丰富。