明天启元年设，全称“巡抚登莱地方赞理军务”或称山东海防巡抚，号防
抚军门，有时简称“军门”，品秩为
正四品，其上为
山东巡抚兼
提督军务，当时的登州镇总兵和东江镇总兵都归登莱巡抚节制。
明朝天启元年（1621年），山东巡抚分离出登莱巡抚，
登州和
莱州二府从属。
有明一代，登莱巡抚计十四任，第二任
袁可立最有作为。收难民，练辽兵，是唯一被列入登州名宦祠特祀的登莱巡抚。（光绪《登州府志·祀典》）
登莱巡抚官署设在
登州府城内，以
蓬莱城钟楼西街路北旧登州卫署改建而成，具体位置即今天的蓬莱人民剧场所在地。