百塔寺始建于
西晋太康二年（281），隋开皇十四年（594）复建，称至相道场。因
三阶教创始人信行禅师圆寂后葬于寺院附近，故又名信行禅师
塔院。是隋、唐佛教三阶教的祖庭。唐大历六年（771）改名为百塔寺。百塔寺在隋、唐时期盛极一时，规模巨大，殿宇宏伟，寺僧众多，占地千亩，有“骑马关山门”之美誉。据
北宋宋敏求《
长安志》载：太平兴国三年（978）改名兴教院，后又复名为百塔寺。
同时的
金石学家张礼在《
游城南记》中说：“百塔寺在梓谷（即天子峪）口，唐信行禅师塔院，今谓之兴教院，小塔累累相比，因谓之百塔。”可见宋时百塔寺之规模犹存。此后寺院不断衰败。明代金石学家赵在长安附近游览时，著有《访古游记?游城南》一书，其中记载有：“（胡村寺）又东南五里为百塔寺，本信行禅师塔院。山畔，唐
裴行俭妻库狄氏葬塔尚存。余小塔，《记》（指张礼《游城南记》）所谓累累相比，‘谓之百塔’者。今止存三五而已。殿前石幢经，无可书，殊绝。寺亦入秦邸，故庄严稍胜。殿壁金元旧画，雄伟可观。寺僧又出一像，
纱帽金龙红袍，云得之承尘，意是金元达官修寺者像也，余为一诗而下。”诗即《游城南百塔寺》一诗：“遥望百塔寺，寺边塔累累。下有敷荣草，上有纷披枝……”根据对文献资料的分析，明代百塔寺的规模还相当巨大，颇为可观。
清同治元年（1862）南山一带诸多寺院均毁于战火，百塔寺亦未能幸免。时人王弘度《
游百塔寺》诗云：“谷口逶迤百塔深，望中烟雾费招寻。荒芜蒙蔽千年迹，新碣又留一代新。僧老那知思往事，客来犹自续高吟。凭栏舒啸情何极，
涧水苍茫隔暮阴。”由此可见当日百塔寺荒凉破败的景象。
民国初年，该寺残墟犹存，规模已大不如前，只留下北门城楼（即山门）垣墙、古槐、照壁依然可观。残垣内存殿堂三座，皆五开间，名禅兴堂、德道堂、十方道场。寺院后有
藏经楼，另有僧舍六十余间，当时寺院住持为心开和尚。院内外有唐槐四株，重达两千余斤的铁铸古洪钟一口，直径四尺的黑
铁锅两口，枝繁叶茂的参天
银杏树一株，寺西有方形五级砖塔一座，直插碧空，独立终南。在寺之
东南山下有塔院四十余亩，俗称“尚人坟”，存大小石塔数十座。
为了修建军队营房，将百塔寺大殿庙宇大多拆毁，法器什物抢劫一空，伐树毁像，寺内之古钟、
大锅、名人壁画、
经幢毁之净尽，荡然无存。至1949年，百塔寺仅存大殿三间，
僧房六间，留寺
二僧圆寂后，寺彻底毁弃。当地民间流传有
顺口溜曰：“第七分校，不干正道；白天睡觉，黑夜拆庙；不要砖瓦，单要木料。”反映出老百姓对
毁庙之深恶痛绝。
百塔寺自晋代开始即成为游览胜地，历代名人多有访游。东晋
王羲之在此写过《心经》石碑，碑现存
西安碑林内。北宋
苏轼游览
南五台诸寺及
草堂寺、
太平峪时，曾止宿于此寺。明赵、清王弘度都作过《百塔寺》诗抒情咏怀。寺内现存有刻于唐贞观五年（631）的《化度寺故僧邕禅师舍利塔铭》，
总章三年（670）的《道安禅师塔铭》及立于开元四年（716）的《太常协律裴公妻墓志》等碑铭。大殿后的银杏树，相传为隋、唐时栽植，被称为“中国第二银杏树”、“千年
活化石”，高约30余米，树冠达百余米，树围18余米，浓荫覆盖半个寺院。银杏树历尽千年风霜，依然枝叶茂盛，长势见旺，1998年
西安市公布为重点保护文物。1999年日本三阶教研究专家西本照真大师莅临百塔寺，称赞说“此树是
三阶教兴衰的活见证”。
最近一次修复百塔寺是在1986年，隆和老和尚带领僧众弟子，于银杏树旁新建
大雄宝殿一座，殿内塑有
释迦牟尼佛像一尊，流光溢彩，栩栩如生，东为大慈大悲观世音菩萨，西为幽冥教主地藏王菩萨，两边墙壁上有
十八罗汉拓版画像，姿态各异，肃穆庄严。宝殿前广植
松柏棕榈，竹木花卉，郁郁葱葱，曲径通幽，殿后千年古树生机盎然，浓荫覆盖，
庄严国土，利乐有情，晨钟暮鼓，淳朴典雅，再一次成为佛家弟子参禅礼佛的理想场所。现任住持隆和法师，长安人，童贞入道，今年愈八旬，为西安市佛教协会理事。
历史上与百塔寺渊源最为深远的僧人要数三阶教创始人
信行禅师。信行（540～594），隋僧人，
本姓王，
魏郡（今河南
安阳市）人。少年出家，博通经论，17
岁在相州（今河南安阳市）法藏寺出家，后舍
具足戒，行头陀苦行，重视行持，认为佛教应趋时宜，实行济度，不应空讲理论，极力宣扬大乘利他精神，一切众生皆为
真佛，发愿为众生施舍生命财物。主张亲执劳役，日止一餐，路见男女，皆行礼拜。著有《对根起行杂录集》、《三阶位别录集》、《三阶佛法》等35部著作，共44卷。开皇七年（587），受
隋文帝之召入京，于真寂寺建立别院，颇受众多僧俗的皈敬。曾先后在真寂、光明、
慈门、
慧日、弘善等寺院建立三阶道场，全盛时，在长安55寺内相继建立了别院。至此，
三阶教正式创立，盛极一时，相继传入朝鲜和日本。
隋开皇十四年，信行圆寂于真寂寺，弟子净名、慧了等300余人，依嘱
林葬信行法师，收其尸骨，建塔于梓谷鸱鸣阜（今
终南山天子峪）。后来其弟子数百人，效仿林葬法，“以身布施”，圆寂后皆葬于信行墓塔后或两侧。天长日久自然形成了以信行墓塔为中心的数百
塔院。因石塔累累，唐大历六年（772）改名为百塔寺，成为三阶教的祖庭。