盐田港保税区于1996年9月经国务院批准设立，位于盐田港区中部，南片区0.71公里，北片区0.68平方公里，南片区与盐田港的作业区相连；北片区位于盐田港大道以北，紧临盐田港，南、北两片以全封闭专用高架桥连接。1999年1月8日南片区经海关总署封关验收合格，开始运作。

盐田港保税区于1996年9月27日经国务院批准成立。2004年8月16日国务院批准盐田港保税区和盐田港 实施“区港联动”，盐田港保税物流园区的基础上设立，盐田港保税物流园区0.96平方公里，于2005年12月30日通过海关总署等国家部委联合验收。盐田港保税区将置换到紧邻盐田港保税物流园区的后方陆域。

盐田港保税物流园区高起点、广空间的现代物流发展园区；与国际大港盐田港“无缝对接”；国内货物进区享受“入区退税”。保税物流园区享受保税区相关政策，在进出口税收方面，比照实行出口加工区的相关政策，即国内货物进入保税物流园区视同出口，办理报关手续，实行退税；保税物流园区货物内销按货物进口的有关规定办理报关手续，货物按实际状态征税；区内货物自由流通，不征增值税和消费税。

盐田港保税物流园区于2004年8月16日经国务院批准设立，与2005年12月30日正式封关运作。园区总面积0.96平方公里，分南北片区，两片区以全封闭立交桥相连，南片区0.17平方公里，北片区0.79平方公里。 在地理位置上盐田港保税物流园区是在原盐田港保税区的基础上建立的，与世界十大集装箱港之一的盐田港港区浑然一体，在南片区以一条24小时开通的“绿色通道”与盐田港码头直接相连。

园区与毗邻的港区实施一体化运作，专门发展现代物流业；园区内的企业在海关、检验检疫、外汇、税收等方面享受保税区的优惠政策，实行“入区退税”，即国内货物入园区视同出口，办结出口报关手续后即可申请退税。

现已盐田港保税区与原沙头角保税区、盐田港保税物流园区整合升级为深圳盐田综合保税区。

保税仓储：除国家禁止进出口的商品外，园区内可保税储存各种贸易方式的进出口货物及其他未办结海关手续的货物。

流通性简单加工和增值服务：园区企业可以对所存货物开展不改变货物化学性质的流通性简单加工和临港增值服务，包括分级分类、分拆分拣、分装、组合包装、打膜、加刷码、刷贴标志、该换包装、拼装、拆拼箱等具有商业增值的辅助性作业。

全球采购和国际配送：根据需求面向国内外两个市场进行全球采购和国际分拨、配送、深度分销等。

国际中转和转口贸易：对国内、国外集装箱货物（包括来自不同国家、地区的）进行快速拆拼、集运、转运至境内外其他目的港。同时，可开展转口贸易为核心的服务贸易活动，提升口岸功能。

检测维修：在园区设立专业检测维修中心，提供检测、维修服务，延伸保税物流产业链，进一步提升物流园区功能。

商品展示：经园区主管海关批准，园区企业可以在园区综合办公楼专用的展示场所举办商品展示活动。