当时，秦凉二州混乱，鲜卑人
秃发树机能起兵造反，势力很大，司马炎派去镇压的将领，不是战败，就是被杀。朝廷于是派遣石鉴都督陇右诸军事。石鉴
公报私仇，命令秦州刺史
杜预出击。杜预不肯去送死。他顶撞石鉴说，草盛马肥的六月根本不适合同鲜卑人作战，另外政府军队的兵源给养问题也必须集中力量预先解决，所以交战的时间只能定在第二年的春天。杜预拒绝出兵，激怒了石鉴。石鉴找个罪名，将杜预逮捕起来装入囚车押往京城，交给廷尉治罪。因杜预与皇室有婚姻关系，议亲议贵，以撤销侯爵免罪，成了一介平民。但后来石鉴还是无法镇压叛乱，最后因为论功时虚报而免官。
石鉴后来担任
镇南将军、豫州刺史，又因为伐吴时虚报所斩获的首级。司马炎下诏：“当年云中守将
魏尚因所报斩首的级数不实而受刑，武牙将军
田顺因诈增所获虏贼的首级而自杀，欺骗别人败坏法律，这是古今之人所痛恨的。石鉴备位大臣，是朕所信任的。当年凉州的事情，你欺骗朝廷，以败为胜，竟没有推究。之间黜免不久，再次起用，希望能够补过，但又与下属一同欺诈朝廷。所谓的大臣，于义可以吗！有关方面的上奏没错，只是因为不忍。现在遣归田里，终身不得录用，不要削减其爵土。”
很久之后，朝廷任命石鉴为
光禄勋，再次担任司隶校尉，不久加位
特进，迁任
右光禄大夫、
开府，兼领
司徒。前代
三公册拜时，都设有一个小会，这是尊崇宰辅的制度。自从魏末以后，已经废弃不再用了。到了石鉴为司徒时，下诏恢复这个制度，后来就以此为常例。
同年，司马炎驾崩后，石鉴与中护军
张劭监修晋武帝陵墓。当时
大司马、汝南王
司马亮为太傅
杨骏所忌恨，不敢临丧，驻扎在城外。当时就有人诬告司马亮想要举兵讨伐杨骏。杨骏大为惊惧，告诉杨太后让晋惠帝
司马衷下
手诏，命石鉴与张劭率修陵的士兵讨
司马亮。
张劭作为杨骏的外甥，率领部队催促石鉴速速出发。石鉴不以为然，不肯轻举妄动，派人秘密查看司马亮的行动。得知司马亮已从别道还于
许昌，杨骏停止行动，一场大战被石鉴平静地化解了，时论颇为好评。修陵完成后，石鉴被进封为昌安县侯。
元康（291年－299年）初年，石鉴升任
太尉。他当时已经八十多岁了，但仍然身体健康、意气风发，不减当年，众人因此很羡慕他。
石鉴年轻时，曾与
山涛共宿，山涛在夜里起来用脚踢一下石鉴，对他说：“现在是什么时候，你还在睡！知道太傅（指
司马懿）称病卧床是何用意吗？”石鉴回答说：“宰相多次不上朝，给他个尺把长的诏书让他回家就是了，你何必操心呢！”山涛说：“
咄！石生不要在马蹄间来往奔走啊！”
司马炎：“鉴备大臣，吾所取信。往者西事，公欺朝廷，以败为得，竟不推究。中间黜免未久，寻复授用，冀能补过，而乃与下同诈。所谓大臣，义得尔乎！”
曹毗《太尉石鉴碑》：“君为治书侍御史，朝廷以公雅节不群，直方其道，仍授绳之官，频居爪牙之任，鹰瞵虎视，而庶僚风靡。”
房玄龄等《
晋书》：“①晋氏中朝，承累世之资，建兼并之业，衣冠斯盛，英彦如林。此数公者，或以雅望处台槐，或以高名居保傅，自非一时之秀，亦曷能至于斯。惜其参缄于论道之辰，独善于兼济之日，良图鲠议，无足多谈。然退已进贤，林叔弘推让之美；自家刑国，宣伯协恭孝之规。子若之儒素为基，伟容之苦节流誉，庆垂来叶，不亦宜哉！石鉴以公亮升，温羡以明寤显，属于危乱，不陨其名。岁寒见松柏之后凋，斯人之谓矣。”“②让矣密陵，孝哉广陆。钦既博雅，表亦贞肃。鉴绩克宣，温声载穆。同锵玉振，争芬兰郁。”