神佛分离为发生于明治元年（1868年）前后的一系列关于佛教的事件，该事件造成日本佛教的衰退。庆应四年三月二十八日，日本明治政府颁布了“神佛分离令”，以禁止天皇所遵从的神令与佛教混合。却因误解于引发“废佛毁释”运动，造成佛教空前的迫害浩劫，大量佛寺佛像被毁，僧侣被强制还俗。相反，神祇官职逐渐上升，并形成神道国教主义。而此前的日本佛教在此事件后，逐渐产生一群复兴佛教以己任的僧侣。江户年代亦有儒学昌盛的藩国施行神佛分离政策。

神佛分离是一项明治政府为了确立天皇的神威而实行的宗教政策。1868年（明治元年），政府基于政教一致的方针，为禁止神佛混淆而颁布《神佛判然之令》，命令讲神佛佛具从神社里撤出，将与神社有关的器物从寺院撤出，并命令原属于神社的僧侣还俗。