第三新东京市（Tokyo-3）是由NERV所在地的日本政府提出执行之「第3新东京市迁都计划」下的产物。其
地理位置在相湾边，
神奈川、
静冈两县交界附近的
箱根山上，直径约2公里。邻近不远处有新
小田原港，离海岸线不远。不过毕竟是建立在山岭之上，所以都市附近都还是一派山林景色。
第三新
东京市虽然宣称为预计取代第二新东京市的首都，实际上，却是迎击
使徒的要塞都市，原本就是因应可能来袭的使徒所打造的城市。而迎击使徒的武力，就是EVA。城市本身提供支援与补给的功能。如丛林般屹立在城市中的武装大楼，大部分都是补给单位，在必要时都可以降至地下。在战斗状况发生时，还会从地下冒出「战斗支持 用伪装建筑物」对EVA提供支持。许多大楼内藏EVA的发射口、
电源供应器、备用弹药与武器。城市周围也配载了许多迎击用的武器。而且第一至第七辖区可以收容到地下，能够保护建筑不受战斗的影响，还有很多
避难所为市民开放。
在第三新东京市下方的，是广大的
地下都市（Geo Front），又称为「天井都市」，其中央坐落着特务机关NERV总部。并且在NERV上方有24层特殊钢板保护，直径约6公里，但约有81%被土埋着。若是说第三新东京市是要塞都市的话，那么这里就是要塞的内部了。相对于地面上多半用于军事用途的建筑物，这里则分布着一般市民的主要
收容所。建有轨道列车为出入的工具。而在电力方面，其靠近芦之湖的地方有一群「集光大楼」，是一种将光线透过光纤送到地下都市的系统大楼，构造上是以巨大凹面状的集光镜，配合太阳角度左右移动。究竟有多少栋并不清楚。地下都市利用它透过光纤将光线传送到这里，从而使得地下都市有源源不断的电力提供。
毕竟不是每个人都对所谓「挽救人类的战争」这么有兴趣；以对抗使徒为己任的「英雄」们，和一般人也还是有差别的。不管避难设施做的再好，大部分的市民还是无法长期忍受战斗的破坏和危险性，所以原本是经由计划迁移过来的市民，到后来也开始自动迁出了。在很多时候，美轮美奂的市区建设背后，都透着一种「废墟」的气氛，更在
零号机自爆后也变成了真正的废墟......在TV版后期，经历后期一些使徒的强力攻击后，第三新东京市遭到毁灭性的打击，约有90%被淹没以及摧毁，除
地下都市保存还算完好外，其余部分基本上已被摧毁，完全失去了要塞都市的能力。而在旧剧场版《
新世纪福音战士 Air/真心为你》中，该都市再次遭受
战略自卫队的攻击。战自大队甚至动用数以万计的N2炸弹轰开了地下都市，使其核心完全暴露在外。可以说，这些一系列的攻击，使得第三新东京市完全失去了要塞都市的能力。
第三新东京市装备有各类对地、
对空防御系统，且多为现实中存在的武器。对地攻击系统如：奥托-梅莱拉127mm舰炮群、标准-3型导弹发射基地、大型325mm炮群等；对空武器则有
爱国者-6型导弹等。除此之外，还有
联合国军的各式机动武器，陆军如：
90式主战坦克、
勒克莱尔主战坦克、“
龙卷风”
火箭炮、
M270多管火箭炮及各类
自行火炮等；空军如：
苏-34战斗轰炸机、
苏-33战斗机、
V-22倾转旋翼机、
P-3C反潜机；海军如：“金刚”
驱逐舰、“大隅”驱逐舰等；战略用武器N2炸弹等。总之，第三新东京市是一个密不透风的堡垒要塞。