花园夜市历史并不如其他台湾夜市有悠久历史，但在短时间内发展成今日近400个摊位的巨大规模。而在媒体及电视节目的报道后，今日花园夜市已与台北士林夜市齐名，得“南花园、北士林”之名。
台南市北区在早期有
东帝士百货以及相邻的小北观光夜市，其构成“小北商圈”兴盛一时，1986年开幕起的十年间为黄金时期。但是好景不常，东帝士百货于2001年正式结束营业，小北商圈曾有过的荣景不复存。与东帝士百货同年开幕的小北成功夜市为北区最早出现的大型夜市，其成功的
经营理念与地点考量，成为许多追随者开设夜市的指标之一。当时，附近有许多大型私人土地尚未兴建，仍有发展其他夜市的空间，花园夜市的业者便是看中了这里的人潮与商机，决定投入夜市的规划与经营。
花园夜市始于1999年，最初坐落于北区育德路与文成二街旁空地，招牌上的全名为郑子寮花园夜市，系业主向地主（王进福、王进成兄弟）承租郑子寮重划区内土地，于每周四、六、日经营夜市，并发展颇具规模，与邻近之小北成功夜市（西门路四段与和纬路口，每周二、五）相映，顺利承接原有小北商圈之人潮。
2003年因租约到期，花园夜市一度歇业。此段时间王姓地主对于经营夜市产生兴趣，于附近自家土地(万客隆西门店旧址)开办“大统一夜市”[3]，时间仍为四、六、日不变，既有摊贩亦响应之。唯2005年原业主重出江湖，承租海安路与和纬路口公19公园预定地，以花园夜市之名重新开幕。挟著面积充足以及提供免费停车位，不但造成大统一夜市摊贩集体回流新花园夜市，更在短时间内迅速发展为
台南市最大的夜市，与时间大致错开的大东夜市（每周一、二、五）、武圣夜市（每周三、六）并称
台南三大夜市，多数摊贩会以周为单位，固定在这几个夜市中流动，为一大特色。
自2007年底起，花园夜市屡次在主流媒体曝光后后始具有全国知名度，在多次网络票选中击败历史悠久的
台北士林夜市、
台中逢甲夜市、
高雄六合夜市等，享有相当之名声。2010年，
交通部观光局举办“2010年特色夜市选拔”，花园夜市在网友票选的“特色夜市票选”六个评定项目中，票选结果各项目皆为第四名。
花园夜市为流动夜市，一周内仅四、六、日营业，平日则作为停车场使用。除夜市用地外，另规划2000余坪的停车场，供机、汽车停靠，并雇请保全于营业时间管理停车场交通，是吸引人潮的一大特点。
摊位方面占有3000坪，约近400家摊位，规模为台南市之冠。共划分美食小吃、流行服饰、精品百货、休闲娱乐等四大区域。而摊位为了更吸引目光，多会在摊贩上方竖起高高的商家广告旗帜，方便游客在外面便能看到旗子吸引注意，旗海飘扬亦构成一大特色。