康熙十一年,董纳出任云南
乡试主考官。以后董纳累迁升至江南总督。任职期间,施政维持大局,有恩惠于当地老百姓。不久,他出任
两江总督,重新倡导农事。他上奏请除官僚中的蠹虫,康熙帝采纳所奏,将劣官给以罢官。康熙二十二年,以侍读出任
提督直隶
学政。康熙二十四年,董纳以
礼部侍郎出任会试同考官。康熙二十七年,董纳因河工受处分,降五级,以
翰林官补用。
康熙二十八年,康熙帝南巡,到达江南,大批百姓举着香跪拜在董纳的
生祠堂前,向康熙帝请求,恢复董纳官职,让他回到江南任官。康熙帝南巡归来,对董纳笑着说:“你在江南做官,给百姓带来不少好处,百姓为你都建小庙了。”然后哈哈大笑。不久,授以
侍读学士,董纳又出任总督漕运事务。一改督察漕运办法,他设置交易的小单票等制度。在任上,剔除了逃避税眜奸商,堵住了做假的弊端,将漕政整肃一清。董纳处事待人峭直、沉稳、敢作敢为,有男子汉的气概。遇事不因为难易而退缩、委曲求全,无论朝里朝外,全都以高风亮节著称于世。